| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 183661 | 103 (0.650) | 13 (0.090) | 10/246 | NT | 11.3% | intergenic (+41/+48) | cdaR/yaeH | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator; autoregulator/UPF0325 family protein |
| ? | NC_000913 | = 183674 | 109 (0.750) | intergenic (+54/+35) | cdaR/yaeH | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator; autoregulator/UPF0325 family protein | |||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GGACAATAACGGCTTGCTGCGACGAACGCTGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCTCATCAATGATATACCGTAGATTCGGGCTGATTTCCTGGACTTCTTTATAACCCTGACCCACACCATCAGCGACGACCGTTTTACG > NC_000913/183413‑183936 | ggACAATAACGGGTTGCTGGGACGAACGCGGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTTCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGcc < 4:409554/274‑1 (MQ=255) gCTTGCTGCGACGAACGCTGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTCTGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCCCATTCCCCTCAGCCCCAAGGGTAAAGGGGAATGCCCGAATTCACCGt > 4:409817/1‑275 (MQ=255) ctgcGACGAACGCTGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTCCAACTGGATGAAGAGAGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGCAGGGTAGAGGGGAATGCCCGCATTAACCGTCAGt > 1:131016/1‑274 (MQ=255) ttcgacgaACGCTGGGGGCGTGGTTTCGTCACAATGTGCAACCGCTGGCAACTTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGGATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGtt < 4:188237/272‑1 (MQ=255) tGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGTTTATTTAc > 1:51681/1‑275 (MQ=255) agacGCTGGCAACGTCAAAGGCGGTGTTTATTCATCGTAATACCCTGAGGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCaa < 2:435444/272‑1 (MQ=255) aaCCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTaaa > 2:398971/1‑275 (MQ=255) cacTGGGAACTTCAAAGGCGTTGTTGATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTTACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAAtct < 2:409709/273‑1 (MQ=255) cTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCg < 1:89618/275‑1 (MQ=255) gCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTg < 2:189276/275‑1 (MQ=255) 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aCCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGGAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCACGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTCTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGCGGATCTTACGCTTACGATCAACTTCg > 2:278678/1‑275 (MQ=255) tGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAga < 8:728212‑M2/123‑3 (MQ=255) tGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAga > 7:728212‑M2/1‑121 (MQ=255) ttGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAgagg > 8:519652‑M2/1‑117 (MQ=255) ttGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCg < 7:193428/148‑1 (MQ=255) 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ggCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAg > 5:637440/1‑148 (MQ=255) cTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑Ctt > 5:1114496/1‑91 (MQ=255) cTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCTCATCAATGATATACCGTAGATTCGGGCTGATTTCCTGGACTTCTTTATAACCCTGACCCACACCATCAGcgac < 2:465580/275‑1 (MQ=255) cATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCTTAt < 6:947056/107‑1 (MQ=255) cATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTa < 5:1074963/134‑1 (MQ=255) 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cGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCtt > 7:686505/1‑91 (MQ=255) ggTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCTTa < 7:1032812/87‑1 (MQ=255) | GGACAATAACGGCTTGCTGCGACGAACGCTGGCGGCGTGGTTTCGCCACAATGTGCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGG‑CTTCAATCTCGCTGATCTTATTGGTTACGACTGACTCCAGGTGACGTAAGTCGTCGAGGATCTTACGCTTAAGATCAACTTCGCTGCGGTCACGCTGGCAGATTTGATCAAGCTCATCAATGATATACCGTAGATTCGGGCTGATTTCCTGGACTTCTTTATAACCCTGACCCACACCATCAGCGACGACCGTTTTACG > NC_000913/183413‑183936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |