New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | = 3809140 | 360 (3.620) | 3 (0.030) | 5/314 | NT | 0.83% | coding (601/1278 nt) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) |
? | NC_000913 | = 3809156 | 371 (3.850) | coding (617/1278 nt) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 407 total aligned reads displayed.
TGCCCGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACG > NC_000913/3808868‑3809411 | tGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCACGCTCGGCCGCAGGGTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTCCGCGGATTGCTTCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTTTGGCCGTGGGCGGAAAAAATAATCGGGTGaaggttc > 4:328027/1‑269 (MQ=255) tttCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACCCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAACATGGGTAAATTCGTCAGACGCTTGCTGCGTCGTTTTACGATGATTGCTTCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCCCTGGGCGCAAAAAATTAACAGGGTACCGTTACCGGTAGcctta < 4:83023‑M2/275‑6 (MQ=255) gtgtTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCATGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGtt > 1:17983/1‑275 (MQ=255) gATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCGGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAAGCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAAGTCGATATTTCCGTAACGCCTCAGTTgggtc > 4:420253/1‑272 (MQ=255) ttATGGAAACCGAACGATGGCCTAACCTGATTGCGGCCCTCCATAACCGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGGCCGACTCTCTGCCCGCCCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGgctgct < 2:441313/275‑1 (MQ=255) gggAAACCGAACGATGGCCGAACATGGTTGCGGGGCTAAATAAACGTCAGATTCCTATGGTGATCGCTAACGGGGGGCTCTCTGCCCGGTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTaa < 4:312620/273‑1 (MQ=255) aCCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCg > 2:365313/1‑274 (MQ=255) 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atgggtgagcTACCTAAACGTAAAATTCCGCTGGGGATCGCTCACGCGGGACTCCCTGTCCGCATGCCCGCCGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTACGTCGTGTGCTGCTTCGTATGACGCTGCTTGCTGCGAAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGc < 4:73057/267‑1 (MQ=255) cgacgttACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGGGCGACTCTCTGCCCGCTCNGCCGCAGGTTATACCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGt < 3:132785/194‑1 (MQ=255) cgcTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCacac > 2:51397/1‑275 (MQ=255) aCATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGcc < 2:473196/275‑1 (MQ=255) aaaTTCCGCTGTTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGAtt < 2:431653/275‑1 (MQ=255) aaaTTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAGTGAAGAAGATGGTGCACGCTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCCGTAACGCCGAAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGCGGGCACCACACCGCC‑CGGTATgaac > 2:136593/1‑271 (MQ=255) cGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGNGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTGGGCTGCTANAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGGGGNGACCACACCGCA‑CGGGATGGAGGGccacc > 3:91052/1‑275 (MQ=255) gTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGa < 2:196317/185‑1 (MQ=255) ttCGCCAACGCGCCACTCGCTTCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGTCAAACTGGGTAAAGTCGTCCGTCGCGTGCTGCTTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATGCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGAGTGCCACCAGCACTCa < 1:51634/274‑1 (MQ=255) 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tGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTgg > 8:289068/1‑149 (MQ=255) tGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTgg < 6:295619/149‑1 (MQ=255) aTTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGc < 7:21081/149‑1 (MQ=255) aTTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGc > 6:98228/1‑149 (MQ=255) aTTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATcc > 2:318724/1‑275 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aaaTGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGcc > 6:426840/1‑149 (MQ=255) agaagaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTAt < 6:14123/149‑1 (MQ=255) gaagaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATg > 5:251210/1‑149 (MQ=255) gaagaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATg > 7:430005/1‑149 (MQ=255) gaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTATCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGAt > 5:408132/1‑149 (MQ=255) gaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGAt > 8:320906/1‑149 (MQ=255) tGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTg > 7:312501/1‑149 (MQ=255) ggTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTa > 2:452937/1‑274 (MQ=255) tGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTGcca > 6:321315/1‑149 (MQ=255) 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gggCGCAAAAAATAATCAGGGGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGa < 1:147247/274‑1 (MQ=255) ggCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGt < 7:355793/83‑1 (MQ=255) ggCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGt > 8:355793/1‑83 (MQ=255) ggCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTTGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTGCCACCAGCACTCCCGAAGGCGAAGAGCGTGGGGTTACGGCCGCACATAAGGCATTGTTACAGCAATTCCACAATTGTTTGCTCATCCTGGTCCCCCGTCTTCCGGAACTCTTCTCGCAGTCGATGACCCTTGTCCTCCactcgcaca > 4:144915/1‑266 (MQ=255) gcAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAaga < 5:349500/149‑1 (MQ=255) 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TGCCCGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCC‑CGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACG > NC_000913/3808868‑3809411 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |