New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | = 3809140 | 360 (3.620) | 3 (0.030) | 5/314 | NT | 0.83% | coding (601/1278 nt) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) |
? | NC_000913 | = 3809156 | 371 (3.850) | coding (617/1278 nt) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
AACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGATGCGATTAACCTTGTCCGCCAGGCTGGACTAAGCTATATCACACGCTCTTCAGGGGAAGTCCC > NC_000913/3808882‑3809429 | aaCCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACCGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCCAAATGAAGAAGATGATGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAAACAGGTGACCGTTCCCGCTAg > 1:93327/1‑275 (MQ=255) tttCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACCCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAACATGGGTAAATTCGTCAGACGCTTGCTGCGTCGTTTTACGATGATTGCTTCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCCCTGGGCGCAAAAAATTAACAGGGTACCGTTACCGGTAGcctta < 4:83023‑M2/275‑6 (MQ=255) tCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGaaa < 2:396854/275‑1 (MQ=255) aCCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCTGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGTGCCGTATTACGGTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCCCTGGGCGCAAAAAATAATCCGGTTACCGTTACCGGTCGCCTGAAATTAGATATTTCTg > 2:385966/1‑273 (MQ=255) aCCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCACGCTCGGCCGCAGGGTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCATGCTGCGTCGTATTACGCTGCTTGCTGCTCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGGTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATACTCAGGTGGCCTGTACCGGTCACCTGGAATTCGattatgtgtt > 4:332696/1‑266 (MQ=255) gtgtTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCATGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGtt > 1:17983/1‑275 (MQ=255) tgtTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGAGCTGGGCACAACAACTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTAGAAATTTCCGTAACCCCGAAGTTg > 4:53385/1‑275 (MQ=255) gATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCGGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAAGCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAAGTCGATATTTCCGTAACGCCTCAGTTgggtc > 4:420253/1‑272 (MQ=255) gggAAACCGAACGATGGCCGAACATGGTTGCGGGGCTAAATAAACGTCAGATTCCTATGGTGATCGCTAACGGGGGGCTCTCTGCCCGGTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTaa < 4:312620/273‑1 (MQ=255) aCCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCg > 2:365313/1‑274 (MQ=255) aCCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGAAGTTGGCTGCTAAAGCCg > 2:231553/1‑274 (MQ=255) cGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTTATCGCTAACGCTCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTTCTGCGTCGTATTACGCCGATTGCTGCGCAAAGTGAAGACGATGGTTCACGTTTTGTGGCCCTTGGCCCAAAAAATAATCAGGTTACCGTTCCCGGTACCCTGAAATTCGATATTTCTTTAACGCCGCAATTGGCTGCTACAGCCGtaa > 4:467149/1‑273 (MQ=255) ccTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGt < 1:45592/275‑1 (MQ=255) ggcgCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTTACCCTTCCCCGCCAGTGGGcaccac > 2:73058/1‑275 (MQ=255) ggcgCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGGGGGcaccac > 2:437820/1‑275 (MQ=255) ttaagagacagcGTAAAATTCCGCTGTTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTATGCCAAACTGGGTAAATTCGTCCGTCGCTTGCTGCGTCGTATTACGCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACcaca < 2:174988/263‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTGATTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGt > 5:455652/1‑149 (MQ=255) aTTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAAt > 4:121812/1‑88 (MQ=255) aTTGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGc < 7:21081/149‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGca < 5:415590/149‑1 (MQ=255) ctgcGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGcacca > 7:180724/1‑149 (MQ=255) ctgcGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGAACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATcgcc < 2:309781/209‑1 (MQ=255) tgcGCAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCt > 2:278297/1‑94 (MQ=255) tgcGAAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTGTTGTGGCGCTGGGCGAAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGACTGAAATTAGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGaa < 1:8003/274‑1 (MQ=255) gcgcAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACcaca < 6:476685/149‑1 (MQ=255) cAAAATGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTaa < 4:278293/94‑1 (MQ=255) aaaaTGAAGAAGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAACCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGGGGTGATCGCCGCCCATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGTACGCtt > 2:93321/1‑274 (MQ=255) gaagaaGATGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTACAGCAATTCCCGAATTTATTGCTCATCCTGGTACCCCGTCATCCGGAACGCTTCCCGGa < 2:4248/275‑1 (MQ=255) gaagaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATg > 6:159546/1‑149 (MQ=255) gaagaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATg > 7:430005/1‑149 (MQ=255) gaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGAt > 8:320906/1‑149 (MQ=255) gaTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGAt < 6:297243/149‑1 (MQ=255) aTGGTGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCTCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGCTTGCCACCAGCACTCACGAAGTCGAAGAGAGCGCGGTGATCGCCGCACATCACGCATTGTTACAGCAATCCCCGATTGTGTTGCCCAACCTGGTACCCCGTCATCCGGCACGCTTCCCgggagcggt > 4:439280/1‑267 (MQ=255) tGCACGTTTTGTGGCGCTGGGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCCCTCACGAAGGCGAAGAGAGGTTGTTGATCGCCACACATCAGGCATTGTGACAGCAATTACCGAATTTATTGCGCATCCTGGTCCCCCGCCCTCCGGAACCCTTCCCGGaaccgtattacc > 4:398770/1‑264 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |