| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 758452 = | NA (NA) | 7 (0.080) | 4/164 | NT | NA | noncoding (44/118 nt) | RIP67 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site | RIP67 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | NC_000913 | = 4554508 | NA (NA) | noncoding (4/34 nt) | REP346 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP346 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTA > NC_000913/4554411‑4554607 | tgaccagtTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGc > 1:2114376‑M2/9‑100 (MQ=255) gaccagtTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGcc < 1:2426876‑M2/93‑1 (MQ=255) ccagtTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCgg > 1:401731‑M2/6‑100 (MQ=255) cagtTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGa > 1:2545648‑M2/5‑100 (MQ=255) gtTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATa < 2:19432‑M2/98‑1 (MQ=255) tgtCGTGTTTTTGCCCACGTGTACGTGCCAACTTCCATTTCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAg < 2:2137546/98‑1 (MQ=255) tCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGc < 2:1999942/100‑1 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATCGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGt > 1:1720670/1‑100 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGCTTAACGGGGGCCGTAAAATTGGCCGTTGTAGGCCGGATCAGGc > 2:2538648/1‑98 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCg > 1:1219476/1‑99 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGt > 1:79809/1‑100 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGt > 1:867004/1‑100 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGt < 2:2643109/100‑1 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGt > 1:1171840/1‑100 (MQ=255) ttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAc > 2:2631792/1‑100 (MQ=255) tGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 2:712309/100‑1 (MQ=255) tGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 1:2247019/100‑1 (MQ=255) tGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 1:1889329/100‑1 (MQ=255) tGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgcc > 1:2208822/1‑100 (MQ=255) cccACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccgc > 1:1682687/1‑100 (MQ=255) ccTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatcc > 1:2036706‑M2/1‑73 (MQ=255) ccTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATcc > 1:1285521/1‑100 (MQ=255) ccTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTAAGATTAACGGTGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatcc > 1:2230442‑M2/1‑73 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCgg > 2:565141/1‑100 (MQ=255) gTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCgg < 1:1291178/99‑1 (MQ=255) gTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGc < 1:2045418/100‑1 (MQ=255) tACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcc > 1:2305939‑M2/1‑69 (MQ=255) aCGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaccgccttatccggcc > 2:2448695‑M2/1‑68 (MQ=255) tGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaaa > 2:1767013/1‑100 (MQ=255) gCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAt > 2:2104800/1‑100 (MQ=255) ccACCTTCCCGTGCTCATGGTATCGTTTGAGATTACCGGCGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCCCATCCGGCAAAAAtt < 2:2041069/100‑1 (MQ=25) cAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAttt > 2:610532/1‑100 (MQ=255) cAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAttt > 2:1106426/1‑100 (MQ=255) aagttCCAGTGCTAATGTCTTTGTTAGGGATTTACCGGGGCCGTAAAATTGTCTGTTGTAGCCCGGACAAGGTGTTCTCACCTCATCCGGGAAAGAtt > 2:649719/4‑98 (MQ=255) aaCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCGGGCAAAAATTTg < 1:1806264/100‑1 (MQ=255) aaCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTg < 1:751236/100‑1 (MQ=255) aaCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTg < 2:2724076/100‑1 (MQ=255) cTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCTGGCAAAAATTTGAt > 2:374375/1‑100 (MQ=255) cTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGAt < 1:1040048/100‑1 (MQ=255) cTTCCAGTGCTAATGGTATACTTTGAAATTACCGGGGGCCGTAAACTTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGAt < 2:1191435/100‑1 (MQ=37) actCCAGTGCTAATGGTAGAGTTTAACATTGCCAGGGGCGGTAAAATTGCCCGTTGTAGAACGAATAAGGCGTTCACCCCGCATCCGGCTAAAATTTGAt < 2:149435/98‑1 (MQ=255) ttCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGTCAAAAATTTGAtt < 1:1871060/100‑1 (MQ=255) tCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTa > 2:1506732/1‑100 (MQ=255) tCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTa > 1:587450/1‑100 (MQ=255) ccAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTAACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTaa > 2:169198/1‑100 (MQ=255) cAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAc < 2:2276659/100‑1 (MQ=255) cAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAc > 2:276311/1‑100 (MQ=255) cAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAc < 1:1119005/100‑1 (MQ=255) aGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAc < 1:387398/99‑1 (MQ=255) gTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAGATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATGAACCg < 2:942370/100‑1 (MQ=255) gTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCg > 1:2352907/1‑100 (MQ=255) gTGCTAATGGTATAGGGTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCg > 2:811153/1‑100 (MQ=255) gCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCa > 1:991805/1‑100 (MQ=255) cTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCAc < 1:2201895/100‑1 (MQ=255) aaTGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCt > 1:2276211/1‑100 (MQ=255) ggTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAAc < 2:715454/100‑1 (MQ=255) ggTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAAc > 2:2010887/1‑100 (MQ=255) gTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACg < 2:1009501/100‑1 (MQ=255) tataGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACgg < 2:355595/100‑1 (MQ=255) gTTGGAGATTAATGGGGGCCGCGGAATTGCCCGTTGTAGGCCGGCTAAGGCGTTCACGCCGCGTCCGGCAGAACGTGGATTACCCGCATCTAGAGGaca > 2:908116/1‑99 (MQ=12) tttGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGAcaca < 1:1665898/100‑1 (MQ=255) tGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACacaac > 1:2562428/1‑100 (MQ=255) gagaTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACacaaca > 1:1566536/1‑100 (MQ=255) agaTTAGCGGGGGCCGTAAAATTGCCTGTTGTAGGACGGATAAGGCGTTGACGCCGCATCCGGCAGAAACTTGATTAACAGCACCTAACGGACACAacac > 2:2449892/1‑100 (MQ=25) agaTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAacac < 2:2193216/100‑1 (MQ=255) agaTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAacac > 1:991998/1‑100 (MQ=255) gaTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACAcc > 1:2008083/1‑100 (MQ=255) gaTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACAcc > 1:583/1‑100 (MQ=255) aTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCa < 1:2108235/100‑1 (MQ=255) aTTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGATGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCTCATAACGGACACAACACCa < 2:1965585/100‑1 (MQ=37) ttAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCAt > 2:1079820/1‑100 (MQ=255) ctAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCCCCTAACGGACACAacac < 2:1331084/96‑1 (MQ=255) tAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATg < 1:1493665/100‑1 (MQ=255) aaCGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGa < 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2:1250713/100‑1 (MQ=255) tGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTgcg < 2:867000/100‑1 (MQ=255) gCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTgcgc > 1:1244608/1‑100 (MQ=255) cccGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCCTCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTacgc > 2:2108174/1‑99 (MQ=255) ccGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCaa > 1:2096529/1‑100 (MQ=255) gTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAg < 1:1687947/100‑1 (MQ=255) ttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGa < 2:2555534/100‑1 (MQ=255) tGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGAc > 1:559937/1‑100 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGAcc < 2:1185811/100‑1 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCtt > 2:1359948/1‑100 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACAATGAAATCTGCAACCTCTGCGCAAAGACCtt > 1:1830286/1‑100 (MQ=255) ggccggataaggcgttcacgccgcatccggcctacaagtcattacccgtaggcctgataagcgcagcgcctcaggcgtaacaaagaaatgcaggaaatct < 2:856711‑M2/100‑100 (MQ=255) | TGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTA > NC_000913/4554411‑4554607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |