| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3884855 | 110 (0.810) | 23 (0.180) | 9/166 | NT | 17.9% | coding (40/258 nt) | yidD | membrane protein insertion efficiency factor, UPF0161 family inner membrane protein |
| ? | NC_000913 | = 3884868 | 109 (0.860) | coding (53/258 nt) | yidD | membrane protein insertion efficiency factor, UPF0161 family inner membrane protein | |||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GGCGAAAAAAGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCA > NC_000913/3884756‑3884954 | gCGAAAAAAGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCACGGGTCCTGATAGc < 2:1131565/100‑1 (MQ=255) cGAAAAAAGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGcc > 1:3111792/1‑100 (MQ=255) cGAAAAAAGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGcc < 2:2155940/100‑1 (MQ=255) cGAAAAAAGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCGCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGcc > 2:1317524/1‑100 (MQ=255) gAAAAAAGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGccc > 2:465819/1‑100 (MQ=255) aaaaaaGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCt < 1:1470605/100‑1 (MQ=255) aaaaaGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTc > 1:760296/1‑100 (MQ=255) gggTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCgg < 1:234920/100‑1 (MQ=255) ggTTGCCGATCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCGACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCggg < 1:2077150/100‑1 (MQ=255) ggTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCggg < 2:1237355/100‑1 (MQ=255) ggTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCggg < 2:3287138/100‑1 (MQ=255) ttGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAGAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTc > 1:1535726‑M2/1‑99 (MQ=255) gCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTcta < 2:3311093‑M2/100‑4 (MQ=255) cGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCCGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatc < 1:2039567‑M1/100‑19 (MQ=255) gACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTctatca > 2:3306383‑M2/1‑94 (MQ=255) gACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTctatc > 1:987184‑M2/1‑94 (MQ=255) aCCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcag < 2:352528‑M1/100‑21 (MQ=255) aCCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCaa < 2:3137624/100‑1 (MQ=255) ccTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCTACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcagg < 2:219891‑M1/100‑22 (MQ=255) ccTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcagg > 1:3555198‑M1/1‑79 (MQ=255) ccTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcagg < 2:1854575‑M1/100‑22 (MQ=255) cTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcagga < 2:159377‑M1/100‑23 (MQ=255) cTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACg < 2:2359721/100‑1 (MQ=255) tCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAGAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcaggac < 1:875158‑M1/100‑24 (MQ=255) tCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcaggac < 2:3563677‑M1/100‑24 (MQ=255) tCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcaggac < 1:2697068‑M1/100‑24 (MQ=255) tCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcaggac < 1:358272‑M1/100‑24 (MQ=255) tCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGc > 1:804990/1‑100 (MQ=255) cGATAGCCGGTCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGTTCTTGATAGacccgaatgagggctatcagggcc < 1:2509222‑M1/100‑25 (MQ=255) gATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCt > 1:3644937/1‑100 (MQ=255) aTAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTg < 2:5312/100‑1 (MQ=255) aTAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCCGGTCCTGATAGacccgaatgagggctatcaggacccg < 1:2041330‑M1/100‑27 (MQ=255) tagccGTGCCCTCTTGGACGCCTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCATTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGGTAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGct < 1:444161/94‑2 (MQ=255) tAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGa < 2:1882862/100‑1 (MQ=255) tAACCATACTCTCTCGGAATCGTTGTAACAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCCGATAGacccgaatgagggctatcagg < 1:2181086‑M1/94‑22 (MQ=255) aCCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGAtt < 1:322772/100‑1 (MQ=255) aCCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGAtt < 2:3272873/100‑1 (MQ=255) aCCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGAtt < 2:2171733/100‑1 (MQ=255) tGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTc < 1:408286/100‑1 (MQ=255) gCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTcc < 2:2911501/100‑1 (MQ=255) gCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTcc < 1:1780188/100‑1 (MQ=255) gCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTcc < 2:3065884/100‑1 (MQ=255) ctctctCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCg > 1:3605110/1‑100 (MQ=255) ctctctCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCg < 2:2398992/100‑1 (MQ=255) nctctcGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGc > 2:3680164/2‑100 (MQ=255) cGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTAc < 1:907821/98‑1 (MQ=255) cttccgatctgAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCACTACTCg < 2:1998985/90‑1 (MQ=255) gCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGcc < 2:796888/100‑1 (MQ=255) ggAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCAtt > 1:2192644/1‑100 (MQ=255) gAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTg > 1:335599/1‑100 (MQ=255) aaaaaTTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGt > 2:1073357/1‑100 (MQ=255) aaaaaTTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGt > 2:1373472/1‑100 (MQ=255) aaaTTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGCTAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCGACTCGGGCCGCATTGTCg > 1:3252173/1‑100 (MQ=255) aTTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGGCTTTCAACGCCTGATTCGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGtt > 1:2930860/1‑100 (MQ=255) ttATGGCGCCGCCACTGTGGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGttt < 1:59287/100‑1 (MQ=255) ttATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGttt < 2:2872057/100‑1 (MQ=255) tATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTc < 2:1468242/100‑1 (MQ=255) tATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTc > 1:2523646/1‑100 (MQ=255) 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cTGATAGCCCTCATTCGGGTctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggt < 2:1140069‑M2/100‑81 (MQ=255) tGATAGacccgaatgagggctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtc < 1:280226‑M1/100‑95 (MQ=255) tGATAGacccgaatgagggctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataagttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtc < 1:3202‑M1/100‑95 (MQ=255) gATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTg > 1:700962/1‑100 (MQ=255) aTAGacccgaatgagggctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtcgg < 1:638962‑M1/100‑97 (MQ=255) aTAGacccgaatgagggctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtcgg > 2:357343‑M1/1‑4 (MQ=255) aTAGacccgaatgagggctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtcgg < 2:1790983‑M1/100‑97 (MQ=255) tAGacccgaatgagggctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtcggc > 1:252305‑M1/1‑3 (MQ=255) tAGCCCTCATTCGGGTctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtcggc < 2:1506050‑M2/100‑85 (MQ=255) gacccgaatgagggctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtcggcaa > 2:2819734‑M1/1‑1 (MQ=255) gacccgaatgagggctatcaggacccgcgagccaggcgacagtggcggcgccataatttttccaacgcttccgagagagcacggttatcgaggtcggc < 1:271100‑M1/98‑98 (MQ=255) gCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCa > 1:2198947/1‑100 (MQ=255) gCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCa > 1:2663089/1‑100 (MQ=255) | GGCGAAAAAAGGGGTTGCCGACCTCGATAACCGTGCTCTCTCGGAAGCGTTGGAAAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCA > NC_000913/3884756‑3884954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |