Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | NC_000913 | 1,293,033 | IS1 (+) +9 bp | 100% | intergenic (‑111/‑486) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | 105 (0.740) | 66/178 | NT | 99.0% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | NC_000913 | 1293033 = | 1 (0.010) | intergenic (‑111/‑494) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
* | ? | NC_000913 | = 1293041 | 1 (0.010) | 119 (0.840) | 82/178 | NT | 99.1% | intergenic (‑119/‑486) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1292943‑1293041 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA < NC_000913/1979270‑1979172 ATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCG < 1:3255756/100‑1 TTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGG > 1:1113805/1‑100 TTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTACTTTGTGCCGCCGG < 1:2653454/100‑1 GGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTG < 2:3259046/100‑1 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GTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACT < 1:757634/100‑1 AATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGA < 1:1977160/100‑1 ATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT > 2:3054326/1‑100 TAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCGATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT > 1:2394016/1‑100 TAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT < 2:1557393/100‑1 ATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGGGATGCTGCCAACTTACTGATTTA > 2:1873454/1‑100 AGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATACTGCCAACTTACTGATTTAGT > 2:259332/1‑100 GAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG > 1:2380171/1‑100 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AATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGG < 1:3026358/100‑1 AATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGG > 2:1194013/1‑100 ATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGT > 1:361042/1‑100 TTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTG < 2:2698116/100‑1 GTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTT < 1:3120938/100‑1 GTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTT < 2:165893/100‑1 TGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTG < 1:1203097/100‑1 TGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTG < 1:1604090/100‑1 GTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 2:136695/100‑1 GTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 2:820337/100‑1 TGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG > 1:1548108/1‑100 GCAATAGCCAGGGATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGG < 2:3166467/100‑1 GCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGG > 2:1205259/1‑100 GCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGG > 1:3728720/1‑100 AATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGACAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTG > 2:3828669/1‑100 AGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTC > 1:1746661/1‑100 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ATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1292943‑1293041 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA < NC_000913/1979270‑1979172 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |