| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3613601 = | 145 (1.030) | 30 (0.240) | 14/158 | NT | 19.4% | intergenic (+45/‑66) | acpT/nikA | 4'‑phosphopantetheinyl transferase/nickel/heme ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913 | 3613631 = | 120 (0.960) | intergenic (+75/‑36) | acpT/nikA | 4'‑phosphopantetheinyl transferase/nickel/heme ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TACTCCCTTTACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGC > NC_000913/3613502‑3613700 | atggacgataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggcgagcatggtacgcccaatggagtaaaataggtggcgggaataa < 2:1302295‑M1/1‑1 (MQ=255) tggacgataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAg < 2:942010‑M1/2‑1 (MQ=255) tggacgataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAg > 1:2433040‑M1/99‑100 (MQ=255) tggacgataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAg > 1:2048274‑M1/99‑100 (MQ=255) aCTCCCTTTACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAg < 1:75267/100‑1 (MQ=255) ggacgataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGt < 1:2037431‑M1/3‑1 (MQ=255) ggacgataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGt < 2:268932‑M1/3‑1 (MQ=255) tCCCTTTACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTa < 1:1383622/100‑1 (MQ=255) tCCCTTTACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTa < 2:2637779/100‑1 (MQ=255) gacgataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagaatgcggcggagtgtggagagcatgttaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTa > 2:2440364‑M1/97‑100 (MQ=255) cccTTTACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTAt > 1:1083094/1‑100 (MQ=255) acgataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTAt > 2:3589098‑M1/96‑100 (MQ=255) cgataaaagacgcactagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATg > 1:3886996‑M1/95‑100 (MQ=255) ataaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGAc < 2:3496557‑M1/8‑1 (MQ=255) ttACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGAc < 1:378050/99‑1 (MQ=255) ttACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACg < 2:686210/100‑1 (MQ=255) ttACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACg > 1:3537985/1‑100 (MQ=255) ttACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACg < 1:1502647/100‑1 (MQ=255) taaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACg < 1:235972‑M1/9‑1 (MQ=255) taaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACg < 2:2826029‑M1/9‑1 (MQ=255) taaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACg < 2:1426421‑M1/9‑1 (MQ=255) taaaagacgcacaagccagcagcgcaaatagagtgcggcgaagtgtggggagcatggtaactccaatggattaaaatagttggcagaaataactacaac < 2:258448‑M1/8‑8 (MQ=255) aCGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGaa < 2:3311236/100‑1 (MQ=255) cTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGCCTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATa > 1:3067918/1‑99 (MQ=255) cTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCGTCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATAc > 2:2153613/1‑100 (MQ=255) aCCGCCGCCAGTGTGCAATGGGTAGATTCAGTTAACAGAACCGCCCACCCGACTGCCAAGATATTGATCCAAAACAGGTAACCAGTATGACGAATACtt > 2:840255/1‑99 (MQ=255) acgccgACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTaa > 1:3699666/2‑100 (MQ=255) gccgACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTaaaa < 1:28035/100‑1 (MQ=255) cgACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGTCTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATc < 1:2299133/100‑1 (MQ=255) gACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCg < 2:1428107/100‑1 (MQ=255) gACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCg < 2:1229588/100‑1 (MQ=255) aGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCa < 1:1084806/100‑1 (MQ=255) gtgtGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCAt < 2:2625424/100‑1 (MQ=255) gtgCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATAc > 1:2524351/1‑100 (MQ=255) agcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATAc > 1:1851353‑M1/72‑100 (MQ=255) gcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACt > 1:2102289‑M1/71‑100 (MQ=255) gcgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACt > 2:2963571‑M1/71‑100 (MQ=255) gcgcaaatagagggcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACt > 1:273722‑M1/71‑100 (MQ=255) gCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACtt > 1:665206/1‑100 (MQ=255) cgcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACtt > 2:2892588‑M1/70‑100 (MQ=255) gcaaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTa > 2:3763813‑M1/69‑100 (MQ=255) cAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTa < 1:223474/100‑1 (MQ=255) caaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTAt > 1:1899568‑M1/68‑100 (MQ=255) aaatagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcgtaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTAtt > 2:1853204‑M1/67‑100 (MQ=255) atagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTc > 1:3092251‑M1/65‑100 (MQ=255) tagagtgcggcgtagtgtggagagcatgttaacgcttatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTcc > 2:1340984‑M1/64‑100 (MQ=255) tagagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTcc > 1:2562905‑M1/64‑100 (MQ=255) tagagagcggtagagtgtggagagcatggtaaccccaaaggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTcc > 2:3223373‑M1/64‑100 (MQ=255) agagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAAACGTCATACTTATTTCCg > 2:3839007‑M1/63‑100 (MQ=255) tCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGc < 2:2319342/100‑1 (MQ=255) gagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGc > 1:2948917‑M1/62‑100 (MQ=255) gagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGc > 1:2160103‑M1/62‑100 (MQ=255) gagtgcggcggagtgtggagagcatggtaaccccaatggattaaaatagatggcggaaataAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGc > 1:963876‑M1/62‑100 (MQ=255) cGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGcc < 2:69800/100‑1 (MQ=255) tCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCt < 1:1274853/100‑1 (MQ=255) gTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTAtt > 1:1176160/1‑100 (MQ=255) ttAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTAttt < 1:1778143/100‑1 (MQ=255) ttAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTAttt < 2:2561689/100‑1 (MQ=255) ttAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGAGCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTAttt < 2:513964/100‑1 (MQ=255) tAACTGATCCGGCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTAtttn < 2:146836/100‑2 (MQ=255) tAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTAtttt > 2:1724124/1‑100 (MQ=255) tAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTAtttt < 1:1636459/100‑1 (MQ=255) aaCTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGTCGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTa > 2:2531377/1‑100 (MQ=255) aCTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTaa < 1:3619172/100‑1 (MQ=255) gATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAATAGGTAATCAGTATGACGACTACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATcc > 2:2106633/1‑100 (MQ=255) gATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATcc > 1:3924936/1‑100 (MQ=255) gATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTCAATcc > 2:3294391/1‑100 (MQ=255) aTCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCa > 1:3002615/1‑100 (MQ=255) tCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCAt < 1:581380/100‑1 (MQ=255) cGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCAtt > 2:3200968/1‑99 (MQ=255) cGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTg > 2:2747190/1‑100 (MQ=255) gCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTgg > 1:707931/1‑100 (MQ=255) 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2:3796695/1‑100 (MQ=255) cccATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGctc > 1:2421692/1‑100 (MQ=255) aTTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCacac > 1:2150963/1‑100 (MQ=255) ttGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGTTCTCCACACt < 2:3362207/100‑1 (MQ=255) tGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTGCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACt > 1:1548199/1‑99 (MQ=255) gATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTcc > 1:3438896/1‑100 (MQ=255) gATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTcc > 2:3435008/1‑100 (MQ=255) tCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTccgc > 2:3572028/1‑100 (MQ=255) tCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTccgc < 1:449872/100‑1 (MQ=255) tCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTCTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTccg > 2:1742899/1‑99 (MQ=255) cAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGATTACCATGCTCTCCACACTccgccg > 2:1453808/1‑100 (MQ=255) gAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCa < 1:1502599/100‑1 (MQ=255) atctggTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCAc < 1:28128/96‑1 (MQ=255) atctggTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCAc < 1:32732/96‑1 (MQ=255) aaCAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCAc < 2:42874/100‑1 (MQ=255) aaCAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCAc < 1:3838497/100‑1 (MQ=255) aGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCActct < 2:1130996/100‑1 (MQ=255) tAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTAtt < 2:152693/100‑1 (MQ=255) aaTCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTAttt > 2:3678315/1‑100 (MQ=255) tctAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTg > 1:854235‑M1/4‑100 (MQ=255) AGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTAtttgaga < 2:854230‑M1/100‑4 (MQ=255) | TACTCCCTTTACGCTCACCGCCGACAGTGTGCAATGGATCGATTCAGTTAACTGATCCGCCCACCCGACTGCCCATCTATTGATCCAGAACAGGTAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGC > NC_000913/3613502‑3613700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |