| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4484333 = | NA (NA) | 6 (0.050) | 6/164 | NT | NA | noncoding (1/84 nt) | REP342 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP342 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 4484365 = | NA (NA) | noncoding (33/84 nt) | REP342 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP342 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CGTCGCGTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGC > NC_000913/4484266‑4484463 | ggcaaggctgttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacacagcactgaactcgtagGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGcc > 1:2370731‑M1/68‑100 (MQ=255) gTCGCGTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCt < 1:253010/100‑1 (MQ=255) gTCGCGTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCt < 2:723612/100‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTAc < 2:2690063/100‑1 (MQ=255) gTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAg < 1:3565726/100‑1 (MQ=255) gTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAg < 1:1569442/100‑1 (MQ=255) gTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAg < 2:797767/100‑1 (MQ=255) ctgttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacacagcactgaactcgtagGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGt > 2:1100328‑M1/61‑100 (MQ=255) ttttCATATATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAATTTCGTAGTAGGTATACACCGCAGCGCTAGATGTGACGCTATGGTGTCTTATCAGGCCTACGAGtt < 1:1836133/100‑1 (MQ=255) tttCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGCTGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTc > 2:3335998/1‑100 (MQ=255) ttCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGTCCTACGAGTTCa < 2:2461283/100‑1 (MQ=255) tCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAg < 2:874260/100‑1 (MQ=255) cATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAg < 2:3369459/99‑1 (MQ=255) cATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGt > 1:1158964/1‑100 (MQ=255) aTAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTg > 2:1992419/1‑100 (MQ=255) tAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGc > 1:50226/1‑100 (MQ=255) aaTGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCtg < 2:2483283/100‑1 (MQ=255) ggggCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGGGCtgt > 2:3354805/1‑98 (MQ=255) ggCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAg > 2:3061142/1‑100 (MQ=255) gCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAgg < 1:3394033/100‑1 (MQ=255) gCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAgg < 1:2205666/100‑1 (MQ=255) tcttGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCg > 2:1050869/1‑100 (MQ=255) tcttGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCg < 1:2932396/100‑1 (MQ=255) cttGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAg < 1:447657/95‑1 (MQ=255) cttGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCgg < 1:2375087/100‑1 (MQ=255) tgtgGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGAt > 1:3346194/1‑100 (MQ=255) gtggtgGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATa < 1:2605511/100‑1 (MQ=255) gtggtgGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATa < 2:2140639/100‑1 (MQ=255) tggtggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATaa > 1:3590147/1‑100 (MQ=255) ggtggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAg > 2:1596233/1‑100 (MQ=255) ggtggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAg > 1:1136821/1‑100 (MQ=255) ggtggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAg > 1:1265625/1‑100 (MQ=255) gtggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAgg < 1:692741/100‑1 (MQ=255) tggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGc < 1:2473531/100‑1 (MQ=255) tggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGc > 1:2895290/1‑100 (MQ=255) ggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCg > 2:894696/1‑100 (MQ=255) ggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCg < 2:1158970/100‑1 (MQ=255) ggATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCg < 2:2668301/100‑1 (MQ=255) gATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGt < 2:2242387/100‑1 (MQ=255) aTTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGtt < 2:2806567/100‑1 (MQ=255) aTTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGtt < 2:140327/100‑1 (MQ=255) ttAAATCCGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCCGATAAGGCGttta < 2:2520590/100‑3 (MQ=255) tAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGTGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAc > 1:982951/1‑100 (MQ=255) aaaTACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcg < 1:1870373/100‑1 (MQ=255) gacctacacagcactgaactcgtaggcctgataagacacaacagcgtcgcatctggcCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 1:2065931‑M2/43‑1 (MQ=255) aTACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 2:3423868/100‑1 (MQ=255) aTACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcgcc > 2:147472/1‑100 (MQ=255) tACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATATGGCGTTCAcgctg < 2:2534373/100‑3 (MQ=255) tgCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGTCGCTGTTGTGTATTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATACGGCGTTCAcgccgga > 1:3204204/2‑98 (MQ=38) gCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAt < 1:1921209/100‑1 (MQ=255) gCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAt > 2:3146771/1‑100 (MQ=255) cATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATc > 2:2571273/1‑100 (MQ=255) aTCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATcc < 2:3169436/100‑1 (MQ=255) aGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGc < 1:2632971/100‑1 (MQ=255) aGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGc < 2:3506651/100‑1 (MQ=255) aGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGc > 2:1265059/1‑100 (MQ=255) aGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGc < 2:3590175/100‑1 (MQ=255) ggTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGc > 1:1901768/1‑99 (MQ=255) ggTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTAACAGGCCTACGAGTTCAGTGGTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCa > 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ctgataagacacaacagcgtcgcatcaggcCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGa > 1:58673‑M2/31‑100 (MQ=255) TGATGCGACGCCGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGCTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTTCCTGAc < 1:944882‑M1/100‑1 (MQ=255) TGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCa < 2:3679343‑M1/100‑1 (MQ=255) cGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCTGGTAAGTCGCTCACTCCTCATCCGACAATAACAGCCTTGCCTGACGCAAt > 1:2773638/1‑100 (MQ=38) cGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAAt > 1:2788051/1‑100 (MQ=255) cGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAAt > 1:173744/1‑100 (MQ=255) aCGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTa > 2:1322595/1‑100 (MQ=255) 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2:2745058/1‑100 (MQ=255) gtgtCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGc < 1:3092359/100‑1 (MQ=255) gtCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCg > 2:1914045/1‑100 (MQ=255) gtCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCg > 1:2972373/1‑100 (MQ=255) gtCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCg > 1:568053/1‑100 (MQ=255) cTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGtt > 2:3196457/1‑100 (MQ=255) cTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGtt > 1:3436828/1‑100 (MQ=255) tATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTaa > 2:2780755/1‑100 (MQ=255) tATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTaa > 2:2027035/1‑100 (MQ=255) aggcCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAAccc < 1:3495059‑M2/96‑1 (MQ=255) aggcCTACGAGTTCAGTGCTGTGGAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTGCGCCGTTAAAccc < 1:90625‑M2/96‑1 (MQ=255) ggcCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCa > 2:1248190‑M2/4‑100 (MQ=255) cCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGc > 1:2117782‑M2/2‑100 (MQ=255) | CGTCGCGTTTTTCATAAATGGGGCTTCTTGTGGTGGATTTAAATACGCATCAGGTATACACCGCAGCGCCTGATGCGACGCTGTTGTGTCTTATCAGGCCTACGAGTTCAGTGCTGTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAACAGCCTTGCCTGACGCAATTACTCTTCGCCGTTAAACCCAGC > NC_000913/4484266‑4484463 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |