| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 734637 = | 41 (0.380) | 7 (0.070) | 6/164 | NT | 15.6% | pseudogene (505/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family |
| ? | NC_000913 | 734715 = | NA (NA) | pseudogene (583/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family | |||||
GCACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/734742‑734637‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cggtggcAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCA > NC_000913/734715‑734813 GCACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACC > 1:2831318/1‑100GCACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACC < 1:654246/100‑1GCACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACC > 1:155160/1‑100GCACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGCTTTCGCCAGCTCACC > 2:1521452/1‑100 CACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCG > 1:2954243/1‑100 CACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCG > 2:1931680/1‑100 CACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCG > 1:859278/1‑100 CACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCG > 2:1005070/1‑100 CCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGT > 1:1709744/1‑100 CCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCCGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGT > 2:95592/1‑100 GCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGC < 1:2896836/100‑1 GCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATACGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGC > 2:2186113/1‑100 GCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGATGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGC > 2:1723274/1‑100 CCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCGGTGGGGTGTTCCCG > 2:1449309/1‑100 CCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGCGCATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCGGTGTGGTGTTCCCG > 1:2008661/1‑100 ACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGCATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTGTCGCCAGCTCACCGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCC > 1:2183002/1‑100 CTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGT > 1:58627/1‑100 TGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGCATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTG > 2:1557267/1‑100 GCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGCATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGC > 1:1229081/1‑100 GCCGCCGGACTGCTGAAGGGCATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGC > 1:2470774/1‑100 CGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGG < 2:789706/100‑1 CGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGG > 1:3025593/1‑100 CGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGG > 1:3080621/1‑100 CGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGG > 2:2775302/1‑100 GGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGC < 1:2928262/100‑1 GGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGC < 1:117728/100‑1 GGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGC < 1:1696139/100‑1 GGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGC < 1:2124910/100‑1 GGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCCACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCTGCTGGC < 1:1437489/100‑1 GGTGGCAGTGTGGTGTTCCCACCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGC > 2:1902439/1‑100 GTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCT > 1:604636/1‑100 GTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCT > 1:722500/1‑100 GTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCT > 2:568489/1‑100 GTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCT > 2:446542/1‑100 GTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCT > 2:309314/1‑100 GTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCT > 1:1864119/1‑100 GTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCATGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGC > 2:1755087/1‑99 TGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGATATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAACCCGCCGCTGGCcg < 1:2104567/100‑3 TGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTG < 2:2032921/100‑1 TGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTG < 2:1521885/100‑1 TGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTG < 2:2985448/100‑1 TGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTG < 2:592472/100‑1 TGGCAGTGCGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGGCCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTG < 2:65403/100‑1 ctCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG < 1:1454582/98‑1 aGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG > 2:2889698/2‑100 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG > 1:32682/1‑100 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG < 2:2519540/100‑1 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG < 1:265717/100‑1 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG < 1:1252565/100‑1 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG < 1:1410639/100‑1 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG > 2:1614752/1‑100 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG > 1:522580/1‑100 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG < 2:1251313/100‑1 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG < 2:1227214/100‑1 GGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGG < 1:747005/100‑1 GCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGACATCCTGGCTGACCGGCTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGC < 2:394256/100‑1 GCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGC < 1:2936329/100‑1 CAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACTGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGC < 1:2123571/99‑1 CAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGag > 2:1454572/1‑98 CAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCA < 2:2571694/100‑1 CAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCA > 1:2380363/1‑100 CAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCA < 1:614559/100‑1 GCACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/734742‑734637‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cggtggcAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGACCGGGTGAGTGAGGAAAGCCGCCGCTGGCTGGCA > NC_000913/734715‑734813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |