| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 734637 = | 41 (0.380) | 7 (0.070) | 6/164 | NT | 15.6% | pseudogene (505/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family |
| ? | NC_000913 | 734715 = | NA (NA) | pseudogene (583/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCACTCATCAGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAC > NC_000913/734616‑734780 | ccACTCATCAGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGTCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCa > 1:346740/1‑100 (MQ=18)ccACTCATCAGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCa > 2:137268/1‑100 (MQ=33)ccACTCATCAGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCa < 2:2328072/100‑1 (MQ=33)caccggcgggaacaccacactGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCa > 2:1557267‑M1/22‑100 (MQ=255) cACTCATCAGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAg < 2:336311/100‑1 (MQ=33) cACTCAGCAGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAg < 1:1132791/100‑1 (MQ=17) accggcgggaacaccacactGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAg > 1:58627‑M1/21‑100 (MQ=255) ggcgggaacaccacactGCCACCGGTGAGCTGGCGACAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAgtgt > 1:2183002‑M1/18‑100 (MQ=255) catcaGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGtgtg > 1:471471/1‑100 (MQ=33) ttccgatctGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtgg < 1:2023811/92‑1 (MQ=255) cgggaacaccccaccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtgg > 2:1449309‑M1/16‑100 (MQ=255) cgggaacaccacaccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATGCGCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtgg > 1:2008661‑M1/16‑100 (MQ=255) atcaGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtgg > 1:246035/1‑100 (MQ=33) atcaGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtgg < 1:674807/100‑1 (MQ=33) atcaGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtgg < 2:2241072/100‑1 (MQ=33) tcaGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggt < 1:1935198/100‑1 (MQ=33) tcaGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggt > 2:710176/1‑100 (MQ=32) caGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggtg < 1:1255861/100‑1 (MQ=33) gggTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGtt > 1:2186133/1‑100 (MQ=33) ggTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTc > 2:1283615/1‑100 (MQ=33) ggTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTAAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTc > 1:804972/1‑100 (MQ=17) gTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTcc < 1:1488421/100‑1 (MQ=33) ttGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTccc < 1:81966/100‑1 (MQ=33) tGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGTCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg > 1:1148013/1‑100 (MQ=18) tGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg > 2:177900/1‑100 (MQ=33) tGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg > 1:2968432/1‑100 (MQ=33) gAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggagatcggaa > 2:2023794/1‑91 (MQ=255) aaaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgcc < 2:1752467/100‑1 (MQ=33) aaCCGCCGCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGTCTGGCGGATACCCCTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgccg < 1:3058115/100‑1 (MQ=255) aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccgccg < 2:2260004/100‑1 (MQ=33) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGTCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCgg < 2:346738/100‑1 (MQ=18) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCgg < 1:1738469/100‑1 (MQ=33) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt > 2:2104550/1‑100 (MQ=33) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 2:734869/100‑1 (MQ=33) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:899242/100‑1 (MQ=33) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt > 1:1681032/1‑100 (MQ=33) ccGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGAGGCAGTGTGGTGTTCccgcc > 1:676133/1‑97 (MQ=17) cGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 2:2426798/100‑1 (MQ=33) cGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 2:1976319/100‑1 (MQ=33) GCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGTATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGc > 2:2186113‑M1/1‑100 (MQ=255) GCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCATCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGc > 2:1723274‑M1/1‑100 (MQ=255) GCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGc < 1:2896836‑M1/100‑1 (MQ=255) ACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg > 1:1709744‑M1/1‑100 (MQ=255) CGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTg > 2:1931680‑M1/1‑100 (MQ=255) CGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTg > 1:2954243‑M1/1‑100 (MQ=255) CGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTg > 2:1005070‑M1/1‑100 (MQ=255) CGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTg > 1:859278‑M1/1‑100 (MQ=255) GGTGAGCTGGCGAAAGCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc > 2:1521452‑M1/1‑100 (MQ=255) GGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc > 1:155160‑M1/1‑100 (MQ=255) GGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc > 1:2831318‑M1/1‑100 (MQ=255) GGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc < 1:654246‑M1/100‑1 (MQ=255) gTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCa > 2:726732/1‑100 (MQ=33) gTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCa < 1:229780/100‑1 (MQ=33) gTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCa < 1:796718/100‑1 (MQ=32) gTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCa < 2:26078/100‑1 (MQ=32) gTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCa < 2:863417/100‑1 (MQ=32) aGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGAt < 2:495302/100‑1 (MQ=33) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATg > 1:1763495/1‑100 (MQ=33) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCt < 2:2975158/100‑1 (MQ=33) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCt < 2:1157354/100‑1 (MQ=32) ggCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTc > 1:976708/1‑100 (MQ=32) ggCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTc > 2:896949/1‑100 (MQ=33) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGa > 1:2397935/1‑100 (MQ=33) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGa > 1:2565013/1‑100 (MQ=33) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGa > 1:2709775/1‑100 (MQ=33) 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1:2515927/1‑100 (MQ=33) cTGGCGGATACCCTACAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATcc < 2:2122478/100‑1 (MQ=18) ccgatcttACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCt < 1:64148/93‑1 (MQ=9) ggCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTg < 1:2730322/100‑1 (MQ=32) ggCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTg > 1:889575/1‑100 (MQ=33) gCGGATACCCTTCGGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTg < 2:1016187/99‑1 (MQ=17) gCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTgg < 2:2680223/100‑1 (MQ=32) cGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGc < 2:2432687/100‑1 (MQ=33) cGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGc < 2:323107/100‑1 (MQ=32) cGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGc < 2:2143436/100‑1 (MQ=32) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCt < 1:2999821/100‑1 (MQ=32) gATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGGTGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTg < 2:405730/100‑1 (MQ=17) tACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCtagatcgg > 2:64146/1‑93 (MQ=9) | CCACTCATCAGGGTTGAAACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGCGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAATCCTGGCTGAC > NC_000913/734616‑734780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |