| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4266888 = | NA (NA) | 7 (0.090) | 7/164 | NT | NA | noncoding (1/97 nt) | RIP318 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP318 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | NC_000913 | 4266918 = | NA (NA) | noncoding (31/97 nt) | RIP318 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP318 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TACGCGCCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTG > NC_000913/4266819‑4267017 | taCGCGCCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGcc < 2:910832/100‑1 (MQ=255)taCGCGCCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGcc < 2:2040379/100‑1 (MQ=255)taCGCGCCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGcc < 2:1499061/100‑1 (MQ=255)ccgccagaggcacgacctttataagagcatgaaagaacatcaacttattgaatttttaggattttattgGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGcc > 1:2011775‑M1/70‑100 (MQ=255) cgccagaggcacgacctttataagagcatgaaagaacatcaacttattgaatttttaggattttattgGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCa > 2:1135856‑M1/69‑100 (MQ=255) aCGCGCCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCa > 2:911760/1‑100 (MQ=255) aCGCGCCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCa > 2:1732754/1‑100 (MQ=255) aCGCGCCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGAGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCa > 2:1267630/1‑100 (MQ=255) cgcCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAAAATTTGTTTGTCTGTACCGGATACGGCGTGAATGACTTATCCGGCCAATa > 2:1530425/1‑100 (MQ=255) gcCTGAATTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCaa < 2:517946/97‑1 (MQ=255) aggcacgacctttataagagcatgaaagaacatcaacttattgaatttttaggattttattgGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATaaaa > 1:652265‑M1/63‑100 (MQ=255) tGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAAt < 1:882679/100‑1 (MQ=255) tGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAAt < 1:1565260/100‑1 (MQ=255) tGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAAt > 1:16505/1‑100 (MQ=255) cacgacctttataagagcatgaaagaacatcaacttattgaatttttaggattttatttaacggataaggcatttacgccgcatcccgaCAACAAAATc > 1:345722‑M2/90‑99 (MQ=255) cacgacctttataagagcatgaaagaacatcaacttattgaatttttaggattttattgGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATcc > 2:2240255‑M1/60‑100 (MQ=255) aCTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATcc < 2:1937855/100‑1 (MQ=255) aCTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATcc < 1:1871389/100‑1 (MQ=255) aCTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAAAAAAATcc < 2:659881/100‑1 (MQ=255) tCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTaa > 2:1217641/1‑100 (MQ=255) gTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTc < 2:53052/100‑1 (MQ=255) ttttgATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCa < 2:1735099/96‑1 (MQ=255) tCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCa < 1:478140/100‑1 (MQ=255) tCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCa < 2:214137/100‑1 (MQ=255) tCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGAGTGAATGCCTTATCCGGTCAATAAAATCCTAAAAATTCa < 2:1144736/100‑1 (MQ=255) cgcgATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGAGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCaa < 2:1151239/100‑1 (MQ=255) aTGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAg > 1:1067013/1‑100 (MQ=255) aTGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAg < 2:239106/100‑1 (MQ=255) aaTACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGa < 1:952893/100‑1 (MQ=255) tACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATg > 2:56224/1‑100 (MQ=255) aCGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGt < 1:2283338/100‑1 (MQ=255) cGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCGAATAAGATCCTAAAAATTCAGTAAGTTGATGtt > 2:1302836/1‑100 (MQ=255) cGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTTATGtt > 2:793403/1‑100 (MQ=255) cGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGtt > 1:331855/1‑100 (MQ=255) gTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTc < 1:960735/100‑1 (MQ=255) gTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTc > 1:1009712/1‑100 (MQ=255) gTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTc < 1:1575051/100‑1 (MQ=255) ggATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCtt > 1:342231/1‑100 (MQ=255) ggATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCtt > 1:1117329/1‑100 (MQ=255) gATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCttt > 2:1506471/1‑100 (MQ=255) gATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCttt < 2:4898/100‑1 (MQ=255) aTTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCTGATGCGGCGTTAATGCCTTATCCGGCCAATCAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTCCttt > 2:1993375/1‑99 (MQ=38) aTTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTc < 2:1869926/100‑1 (MQ=255) aTTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTc > 2:1891987/1‑100 (MQ=255) ttAATCTTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCa < 1:794589/100‑1 (MQ=255) ttAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCa < 2:824329/100‑1 (MQ=255) aTCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGACTTATCAGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGc > 2:602799/1‑100 (MQ=255) gtgcTGTAATATTTGATTGTCTGTGCAGAATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAATTTGATGTTCTTTCATGctct < 2:1045148/97‑1 (MQ=39) gTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGctct < 2:2373298/100‑1 (MQ=255) ttCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCtt < 1:573935/100‑1 (MQ=255) ttCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCtt < 2:1450280/100‑1 (MQ=255) ttCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCtt < 1:1217652/100‑1 (MQ=255) tCTGTAATATTTTATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTta < 1:8848/100‑1 (MQ=255) tCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCAGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTta < 2:1782496/100‑1 (MQ=255) tGTAATATTTGATTGTCTGTGCCTGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTtata > 2:685872/1‑100 (MQ=255) gTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATaa > 1:2217381/1‑100 (MQ=255) gTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATaa > 2:1499362/1‑100 (MQ=255) atatTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGGTCTGATAAAgg < 2:1253031/100‑1 (MQ=255) atatTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAgg > 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ttttattggccggataaggcattcacgccgcatccggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCct > 1:652265‑M2/39‑100 (MQ=255) attggccggataaggcattcacgccgcatccggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTgg > 1:1667351‑M2/35‑100 (MQ=255) tggccggataaggcattcacgccgcatccggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCg > 2:1135856‑M2/33‑100 (MQ=255) gtgCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCg < 2:1801827/100‑1 (MQ=255) gtgCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCg < 2:2253375/100‑1 (MQ=255) ggccggataaggcattcacgccgcatccggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCgg > 1:2011775‑M2/32‑100 (MQ=255) GCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGa > 2:667458‑M1/1‑100 (MQ=255) 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2:1481226/100‑1 (MQ=255) tgttttATCTGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGGTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAGAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGa < 1:370232/95‑1 (MQ=255) gCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGt > 1:1022201/1‑100 (MQ=255) ccTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCACTAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGtc > 2:1638113/1‑100 (MQ=255) ccTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGtc > 1:2063105/1‑100 (MQ=255) ccTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGtc > 1:703883/1‑100 (MQ=255) atccggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCAc > 1:1212965‑M2/8‑100 (MQ=255) ccggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCActc < 1:398799‑M2/95‑1 (MQ=255) ccggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCActc > 1:1706484‑M2/6‑100 (MQ=255) ccggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCActc > 2:1096921‑M2/6‑100 (MQ=255) cggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCActct > 1:670989‑M2/5‑100 (MQ=255) ggcCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTg < 1:1135866‑M2/97‑1 (MQ=255) cAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATCTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGtt > 1:1791498/1‑99 (MQ=255) | TACGCGCCTGACTTCAAGGGTCGCGATGAAATACGTGGATTAATCGTTCTGTAATATTTGATTGTCTGTGCCGGATGCGGCGTGAATGCCTTATCCGGCCAATAAAATCCTAAAAATTCAATAAGTTGATGTTCTTTCATGCTCTTATAAAGGTCGTGCCTCTGGCGGATGTACGTTTGTCATGAGTCTCACTCTGTTG > NC_000913/4266819‑4267017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |