| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3083831 = | 88 (0.960) | 16 (0.200) | 11/160 | NT | 17.2% | intergenic (‑34/+104) | speB/speA | agmatinase/biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding |
| ? | NC_000913 | 3083868 = | 75 (0.920) | intergenic (‑71/+67) | speB/speA | agmatinase/biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACA > NC_000913/3083733‑3083930 | gtacggttatacttatcttgaagatgagtaagtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccaa < 2:678127‑M1/2‑1 (MQ=255)gtacggttatacttatcttgaagatgagtaagtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccaa < 1:629821‑M1/2‑1 (MQ=255)gtacggttatacttatcttgaagatgagtaagtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccaa < 2:1954497‑M1/2‑1 (MQ=255) ggCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAAc < 1:514755/100‑1 (MQ=255) ggCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAAc < 1:796165/100‑1 (MQ=255) gCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAAcc > 2:2188188/1‑100 (MQ=255) gCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAAc < 2:2044591/99‑1 (MQ=255) gCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTACCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAAcc < 2:1723585/100‑1 (MQ=255) gCGGAAAAAAACAAAAACAATGGAAACAAGTGAGCTGTCGTATTGATGACCTAAAGTGCTTATGGATGGACGCCTATTACAAAAAAAATAaaaaaaaa < 2:1099962/98‑1 (MQ=255) acggttatacttatcttgaagatgagtaagtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAAcc > 1:453516‑M1/97‑100 (MQ=255) tAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGGTATAAAAAAACCCtt > 1:2520579/1‑100 (MQ=255) tAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCtt > 1:219803/1‑100 (MQ=255) tAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCtt < 1:688139/100‑1 (MQ=255) aaaaaaCCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTc > 1:350398/1‑100 (MQ=255) aaaaaaCCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTc > 1:2411799/1‑100 (MQ=255) tatacttatcttgaagatgagtaagtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgtcacaatttattgtgacatatccAACcctttc > 1:1727963‑M1/92‑98 (MQ=255) aCCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGcgt > 2:556992/1‑100 (MQ=255) aCCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGcgt > 1:2276908/1‑100 (MQ=255) ccAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGcgtc < 1:1297426/100‑1 (MQ=255) aaGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGtt < 1:2521596/100‑1 (MQ=255) aGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTa < 1:1061910/100‑1 (MQ=255) ggCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAg > 1:2435524/1‑100 (MQ=255) gCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATAAACTAAGGCGCTCATGTATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATGAAAAAACCCTTCCGcggcgtga < 2:267069/98‑3 (MQ=255) cATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGc < 2:583224/100‑1 (MQ=255) ttGGAAACCGGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTAATGGGTGTACTCCTATTACAAAGTCGATATACAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGccc > 2:111930/1‑100 (MQ=255) agatgagtaagtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGccc > 2:1079307‑M1/78‑100 (MQ=255) ggAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCcga > 2:872740/1‑100 (MQ=255) ggAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCcga > 1:2100290/1‑100 (MQ=255) ggAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTACTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCcga > 1:1810033/1‑100 (MQ=255) agAAACCAAAGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAAGCCaga > 2:1497530/2‑100 (MQ=255) gaggccAGTGAGTTAGCGTATTGATGACCTATGGTGCTCATGGATGGGCTCCGATCACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCcgac < 2:2217535/96‑1 (MQ=255) agtaagtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCcgacga < 2:1357541‑M1/28‑1 (MQ=255) aaCCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCcaacga > 2:1212073/1‑100 (MQ=255) ccAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAgg > 1:630483/1‑100 (MQ=255) cAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGa > 1:1146902/1‑100 (MQ=255) cAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGa > 1:1557030/1‑100 (MQ=255) cAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATCGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGa < 2:1780642/100‑1 (MQ=255) agtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGaa > 1:415795‑M1/69‑100 (MQ=255) aGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGaa > 1:2279823/1‑100 (MQ=255) gtcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAg > 2:2237680‑M1/68‑100 (MQ=255) tcctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAgg > 1:1446863‑M1/67‑100 (MQ=255) gAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAg < 2:2147769/98‑1 (MQ=255) cctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAggg > 1:1357550‑M1/66‑100 (MQ=255) cctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAggg > 2:564778‑M1/66‑100 (MQ=255) ctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGt > 1:1396757‑M1/65‑100 (MQ=255) ctgtgttacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGt > 2:1440145‑M1/65‑100 (MQ=255) agctATCGTATTCATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTCCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGt < 1:1146964/97‑1 (MQ=255) gtgatacttgaatccgcttaatttagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTg > 1:763705‑M1/63‑100 (MQ=255) tCGTAGTGATGACCTAAGGTGCTCAGGGATGGACTCCTATTACAAAGACGATATGAAAAGGCCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGAt < 2:2017916/100‑1 (MQ=255) aTTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATGACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGt > 1:1802881/1‑100 (MQ=255) 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2:1815184/1‑100 (MQ=255) aaGGCGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCATCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAAtt < 2:636/100‑1 (MQ=255) ggTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATtgt < 2:582121/100‑1 (MQ=255) gTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATtgtg < 1:2366243/100‑1 (MQ=255) gTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATtgtg > 1:496008/1‑100 (MQ=255) tGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTgg < 1:263155/100‑1 (MQ=255) tagcggtgataatccgccacaatttattgtgacaaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGc > 1:2043271‑M1/40‑100 (MQ=255) gCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGc > 1:1254280/1‑100 (MQ=255) 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1:1674601/1‑100 (MQ=255) caaatccAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAg > 1:1456652‑M1/8‑100 (MQ=255) ataAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAg < 2:710321/100‑1 (MQ=255) taAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGt < 1:1268308/100‑1 (MQ=255) taAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGt > 2:345917/1‑100 (MQ=255) taAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGt > 2:133833/1‑100 (MQ=255) aaaaaaaCCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTa > 2:159356/1‑100 (MQ=255) aaaaaaaCCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTa > 1:703177/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |