New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3666120 = | 132 (1.070) | 19 (0.190) | 7/148 | NT | 15.8% | intergenic (‑310/+60) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent |
? | NC_000913 | 3666163 = | 93 (0.910) | intergenic (‑353/+17) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent |
GATCACCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3666233‑3666120 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctgggcattcggttTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAG > NC_000913/3666163‑3666261 GATCACCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAG > 1:1442067/1‑100 TCACCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCT > 2:1981490/1‑100 CACCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCT < 1:2269650/99‑1 ACCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGG < 2:3030606/100‑1 caCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGG > 2:2286694/3‑100 CCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGG > 1:3388377/1‑100 CCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGG > 2:879303/1‑100 CCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGG > 2:775400/1‑100 CCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGG < 2:3262871/100‑1 CCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGG > 2:154908/1‑100 CCCGAAACTGCAGGGTATTGACCAGCAGAACAGCGTTAAACACACCTGATAACAGAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGG < 1:106501/100‑1 CCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGC > 2:523672/1‑100 CGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCA > 2:1145495/1‑100 AACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTC > 2:320456/1‑100 AACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGAACAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTC < 1:3353756/100‑1 CTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGG < 2:1388006/100‑1 CTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGG > 2:1282582/1‑100 CTGCAGGGTATTGACCAGCAGACCAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGACTGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGG < 1:2515949/100‑1 GCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTT > 1:1293261/1‑100 CCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTA > 2:3078603/1‑100 ACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGC > 2:1468507/1‑100 CCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAG > 1:2045577/1‑100 CCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAG > 2:3072696/1‑100 CCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAG > 2:2536925/1‑100 CCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAG > 1:1884777/1‑100 CCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGGGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAG > 2:2381943/1‑100 CCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTGTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTGTAAAGCTGTTCTGCTGGTCAATACCCTGCAG > 2:998655/1‑100 CCGAACGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTCTCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGC > 2:2093000/1‑98 CGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGT > 1:3079663/1‑100 GAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTT > 2:1531591/1‑100 GAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGATTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACGCTGCAGTT > 1:2011748/1‑100 ATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTC > 2:360869/1‑100 ATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTT > 1:1708656/1‑99 GCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTag > 2:1792181/1‑97 GCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGG > 2:1015223/1‑100 GCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGG > 2:734494/1‑100 GCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGG > 2:429352/1‑100 GCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGG > 2:2494922/1‑100 GCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTC > 1:2302008/1‑99 CTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAG < 1:932576/100‑1 CTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAG > 1:1779554/1‑100 GGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGG > 1:25436/1‑100 GGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGG > 2:159507/1‑100 GGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGA < 2:673658/100‑1 GGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGA > 2:1559748/1‑100 ATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGC < 1:1743028/100‑1 ATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGC > 1:1918339/1‑100 ATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGC > 2:1783297/1‑100 TCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTT < 2:2202417/100‑1 TCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTT > 2:506179/1‑100 CGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTT > 1:2748150/1‑100 CGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTT < 2:3191105/100‑1 CGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTT > 1:2037781/1‑100 CGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTT > 2:2127465/1‑100 GGTTTTTACAACGTTAGGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTGTG > 2:2019598/1‑100 GTTTTTACAACGTTCTGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCTCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGT > 1:2402054/1‑100 GTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGT > 2:1337362/1‑100 GTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGT < 1:1337357/100‑1 TTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTA < 2:1811615/100‑1 TTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCTGGTGATCGCCGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAG > 1:1861295/1‑100 TTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAG < 2:1877250/100‑1 TTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAG < 1:2933592/100‑1 TTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAG < 2:1209169/100‑1 TTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAG < 2:1388023/100‑1 TTTTACAACGTTATGTAATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAG < 1:1137654/100‑1 GATCACCCGAAACTGCAGGGTATTGCCCAGCAGAACAGCTTTAAACACACCTGATAACATAACGTTGTAAAAACCGAATGCCCAGCCTTTAAAAAAACAGCTGGGCATTCGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3666233‑3666120 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctgggcattcggttTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAG > NC_000913/3666163‑3666261 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |