| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 734168 = | NA (NA) | 34 (0.240) | 14/166 | NT | NA | pseudogene (36/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family |
| ? | NC_000913 | 734186 = | NA (NA) | pseudogene (54/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family | |||||
CATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGT > NC_000913/734087‑734246 | cATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGccc < 2:1453328/100‑1 (MQ=255)cATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGccc < 1:2075252/100‑1 (MQ=255) aTTATAAACAGATAAATTAAGTTACTTGCTCTTAGTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGccc < 2:1917178/99‑1 (MQ=255) aTTATAAACAAATAAATTAATTTGAGTGCTCTTATTAGTATATGTAAACTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGccc < 2:3848764/99‑1 (MQ=37) aTTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCg < 1:3986235/100‑1 (MQ=255) tataAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGAc > 2:82903/1‑100 (MQ=255) tataAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGAc > 1:3078715/1‑100 (MQ=255) taAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGACACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGAccc < 2:2511075/100‑1 (MQ=255) taAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGACATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGAccc > 2:4168776/1‑100 (MQ=255) aaCAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCgg < 2:1351907/100‑1 (MQ=255) aCAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGa < 1:3196016/100‑1 (MQ=255) cAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAg > 1:2415703/1‑100 (MQ=255) cAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAg < 1:560763/100‑1 (MQ=255) cAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAg > 1:993438/1‑100 (MQ=255) cAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAg < 1:2169848/100‑1 (MQ=255) aaataaatTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGc < 1:1167125/100‑1 (MQ=255) aaataaatTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGc < 1:2676893/100‑1 (MQ=255) aaataaatTAAGTTAATTGCGATTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGc < 1:2725410/100‑1 (MQ=255) aataaatTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCt > 1:3370542/1‑100 (MQ=255) aataaatTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCt < 1:3460927/100‑1 (MQ=255) aataaatTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCt < 1:1879358/100‑1 (MQ=255) agaaatTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCGGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTg < 2:4020152/98‑1 (MQ=255) taaatTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGc < 2:3446012/100‑1 (MQ=255) aatTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCAc > 2:1444301/1‑100 (MQ=255) atTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCAcc < 1:1301385/100‑1 (MQ=255) atTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATCCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCAcc < 1:2399833/100‑1 (MQ=255) ttAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCAccc < 1:1738515/100‑1 (MQ=255) gatctAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCgg < 2:1104766/96‑1 (MQ=255) aaGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCgg < 2:1821367/100‑1 (MQ=255) aaGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCgg > 2:3620410/1‑100 (MQ=255) aGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGa > 2:2797982/1‑100 (MQ=255) gTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGAc > 2:1691848/1‑100 (MQ=255) gTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGAc > 1:2967157/1‑100 (MQ=255) gTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGAc > 1:194017/1‑100 (MQ=255) gTTAATTGCTCTTATTAGTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGAc < 1:1453679/100‑1 (MQ=255) tAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAg > 2:729534/1‑100 (MQ=255) tAATTCCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATACCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAg < 2:2153111/100‑1 (MQ=255) aaTTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGagatc > 1:1104771/1‑96 (MQ=255) tGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCAc > 1:3196315/1‑99 (MQ=255) gCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCAccc > 1:2600361/1‑100 (MQ=255) ctctTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCt > 1:240660/1‑100 (MQ=255) tctTATTATTATATGTAACCTGGGCATTTATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTc < 1:3116821/100‑1 (MQ=255) tctTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCAccc < 2:1542352/98‑1 (MQ=255) tctTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTc > 1:211387/1‑100 (MQ=255) ctTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCCCa > 2:302305/1‑100 (MQ=255) ttattattaTATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAg < 1:1390409/100‑1 (MQ=255) ttattattaTATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAg < 1:2215330/100‑1 (MQ=255) tattattatATGTAACCTGGCCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGc > 2:2544944/1‑100 (MQ=255) attattatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCa < 2:68528/100‑1 (MQ=255) attattatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCa < 2:1680019/100‑1 (MQ=255) attattatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCa < 1:3539622/100‑1 (MQ=255) attattatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCa > 2:1056215/1‑100 (MQ=255) ttattatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCAt > 1:3425870/1‑100 (MQ=255) tattatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCAtg > 2:3365315/1‑100 (MQ=255) attatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCAtgt > 1:577290/1‑100 (MQ=255) attatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCAtgn < 1:156470/100‑2 (MQ=255) ttatATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCAtgtg < 1:3157974/100‑1 (MQ=255) tataTGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTgg < 2:3370516/100‑1 (MQ=255) atatGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCAtgtg < 2:3726320/98‑1 (MQ=255) tatGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGcc > 1:300434/1‑100 (MQ=255) atGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGTCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCg < 1:908418/100‑1 (MQ=255) atGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCg < 2:4169928/100‑1 (MQ=255) atGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCg < 1:1561536/100‑1 (MQ=255) atGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCg < 1:2533724/100‑1 (MQ=255) tGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCgg > 1:1791006/1‑100 (MQ=255) tGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCgg > 1:2782513/1‑100 (MQ=255) tGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCgg > 1:3744087/1‑100 (MQ=255) tGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCgg > 2:3260664/1‑100 (MQ=255) gTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGa < 1:165139/100‑1 (MQ=255) tAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGAt < 1:3053372/100‑1 (MQ=255) ccTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAAc < 2:211384/100‑1 (MQ=255) cTGGGCAGTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAAcc > 1:2185307/1‑100 (MQ=255) tGGGTATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCg < 1:593741/100‑1 (MQ=255) ggCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTa > 1:836153/1‑100 (MQ=40) gCATTGATATCCCGTATGCCATAGACACGGTAGGTAAGCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACACTCAGAATGTGGCCCGATAAcc > 2:2223478/1‑96 (MQ=14) cATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATc > 1:1288341/1‑100 (MQ=38) cATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCACCTACCCGACCCGGAGCTGCACCCGAACAACACCCTCAGCATGTAACCGGATAACCATa > 2:1336971/1‑98 (MQ=11) aTTGAGATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCg < 2:3940935/100‑1 (MQ=17) ttGATATCCCGTATGCAACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGAACCGGAGCTGCCACCGGACAGCACCCTAAGCATGTGGCCGGAGAACCGTAgcgc > 2:1382366/1‑100 (MQ=11) tGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGcc < 1:82905/100‑1 (MQ=33) gATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGccc > 2:3438617/1‑100 (MQ=32) tatCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGt < 1:2511922/100‑1 (MQ=11) tatCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGt < 1:1577531/100‑1 (MQ=11) | CATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGT > NC_000913/734087‑734246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |