| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1465092 = | 107 (0.720) | 15 (0.120) | 11/156 | NT | 15.0% | intergenic (+31/+73) | paaY/ynbG | thioesterase required for phenylacetic acid degradation; trimeric; phenylacetate regulatory and detoxification protein; hexapeptide repeat protein/uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | 1465125 = | 76 (0.590) | intergenic (+64/+40) | paaY/ynbG | thioesterase required for phenylacetic acid degradation; trimeric; phenylacetate regulatory and detoxification protein; hexapeptide repeat protein/uncharacterized protein | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CCATTGCGGGAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAATTATTTATAATGAGAATGTGGTTTTAA > NC_000913/1464993‑1465191 | tataaattgtgtatataatataaattacaaattaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaat < 1:1181080‑M1/2‑1 (MQ=255) tataaattgtgtatataatataaattacaaattaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaat > 2:2816329‑M1/99‑100 (MQ=255) cATTGCGGGAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATtat > 1:3790028/1‑100 (MQ=255) ataaattgtgtatgtaatataaattacaaattaaaaacacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaata > 2:735208‑M1/98‑100 (MQ=255) aTTGCGGGAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATtata > 2:3918407/1‑100 (MQ=255) taaattgtgtatataatataaattacaaattaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaataa < 2:2264570‑M1/4‑1 (MQ=255) aaattgtgtatataatataaattacaaattaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaataaa < 1:3545186‑M1/5‑1 (MQ=255) gCGGGAAATTGAACCTGGCAGGAAACGGCTGGTAGTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAg < 2:1885734/100‑1 (MQ=255) cGGGAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGc < 2:2122847/100‑1 (MQ=255) cGGGAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGc < 2:3752502/100‑1 (MQ=255) attgtgtatataatataaattacaaattaaaaccacattctcgttataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGc > 2:2493528‑M1/94‑100 (MQ=255) attgtgtatataatataaattacaaattaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGc > 1:3726604‑M1/94‑100 (MQ=255) ggAAATTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCag > 2:2492134/1‑100 (MQ=255) tgtatataatataaattacaaattaaaatcacattctcattataaataattatatgatgaaaaatcgggatgaatttatactcaaataaATAAAGc > 2:1166513‑M1/90‑96 (MQ=255) tgtatataatataaattacaaattaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCagag > 1:158890‑M1/90‑100 (MQ=255) aTTGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCag > 2:3949805/1‑96 (MQ=255) ttGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTa > 2:3783350/1‑100 (MQ=255) ttGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTa < 1:1049036/100‑1 (MQ=255) ntGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGCGTTa > 2:3502064/2‑100 (MQ=255) tGAACCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTAt < 2:1203824/100‑1 (MQ=255) aaCCTGGCAGGAAACGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGt < 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aaaCGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGc < 2:1740940/100‑1 (MQ=255) caaattaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCt > 1:2186048‑M1/72‑100 (MQ=255) aaattaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCtt > 2:3938838‑M1/71‑100 (MQ=255) cGCCTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCttt > 1:2264583/1‑100 (MQ=255) attaaaaccacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCttta > 1:3347371‑M1/69‑100 (MQ=255) ccTGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCtttat < 1:3138981/100‑1 (MQ=255) tGGTATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCtttattt < 2:519274/100‑1 (MQ=255) ggTATTTGATGAGAATCTGCGACGGAAACAGTAACAGATGTAATAGTATTTTGTGCCTTTAATTATAAAGCAGTGTTATGTTTAAGCTCTGCtttat < 2:1395005/97‑1 (MQ=255) tATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt < 1:2729572/100‑1 (MQ=255) tATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt < 2:2317687/100‑1 (MQ=255) tATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt > 1:1131110/1‑100 (MQ=255) tATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt > 1:259788/1‑100 (MQ=255) tATTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt > 1:648119/1‑100 (MQ=255) accacattctcattataaataattatattatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt > 2:1930818‑M1/63‑100 (MQ=255) accacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt > 2:1439584‑M1/63‑100 (MQ=255) accacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt > 1:961596‑M1/63‑100 (MQ=255) accacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTtatttatt > 1:2441714‑M1/63‑100 (MQ=255) aTTTGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTatttattt > 2:2851283/1‑100 (MQ=255) tttGATGAGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTg < 1:1012606/100‑1 (MQ=255) cacattctcattataaataattatatgatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTg > 1:1730501‑M1/61‑100 (MQ=255) aaattctcattataaataattataatatgaaaaaacggtatgaattaatactcaaataaATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTatttattt > 2:1142975‑M1/60‑98 (MQ=255) tgatgaGAATCTGCGACCGAAACAGTAACAGATGTAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAg < 1:4104625/100‑1 (MQ=255) 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tAAAATTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACTGTTTTTTCATCATATAatt > 2:1226764/1‑99 (MQ=255) aaaaTTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAattat > 2:4033568/1‑100 (MQ=255) aaaTTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAattatt > 1:3979705/1‑100 (MQ=255) aaTTATTTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAAttattt < 2:2580185/100‑1 (MQ=255) attattTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAAttattta > 1:3687000/1‑100 (MQ=255) ttattTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAAttatttat < 2:2574809/100‑1 (MQ=255) ttattTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAAttatttat > 1:3119471/1‑100 (MQ=255) tattTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAATTATTtata < 1:3606549/100‑1 (MQ=255) tattTTGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAATTATTtata < 1:260459/100‑1 (MQ=255) tGTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAATTATTTATAATgag > 1:1918159/1‑100 (MQ=255) gTCCCTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAATTATTTATAATgaga < 1:1795246/100‑1 (MQ=255) cccTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATTATATAATTATTTATAATGAGAAt > 2:614632/1‑100 (MQ=255) cccTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAATTATTTATAATGAGAAt > 2:1457409/1‑100 (MQ=255) ccTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCTTTATATTTTTATTTATAATGAGAAt > 2:1891383/1‑99 (MQ=255) cTTTAATTATAAAGCAGAGTTATGTTTAAGCTCTGCTTTATTTATTTGAGTATTAATTCATACCGTTTTTTCATCATATAATTATTTATAATGAGAAtgt > 1:2572304/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |