| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1486986 = | 114 (0.730) | 20 (0.150) | 8/156 | NT | 16.5% | intergenic (+23/‑249) | hrpA/ydcF | putative ATP‑dependent helicase/DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
| ? | NC_000913 | 1487021 = | 102 (0.740) | intergenic (+58/‑214) | hrpA/ydcF | putative ATP‑dependent helicase/DUF218 superfamily protein, SAM‑binding | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAG > NC_000913/1486887‑1487085 | ttttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaata < 2:2206606‑M1/1‑1 (MQ=255) tttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaataa > 1:1206034‑M1/99‑100 (MQ=255) tttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaataa > 2:2630582‑M1/99‑100 (MQ=255) tttaaggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaata < 2:229112‑M1/1‑1 (MQ=255) gCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaa > 2:2547562/1‑100 (MQ=255) gCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaa > 2:461478/1‑100 (MQ=255) tCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGCGCAGACTAGCGGGTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaaa > 2:1270561/1‑99 (MQ=255) tCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaaaa > 1:2362591/1‑100 (MQ=255) tCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaaaa < 2:3654951/100‑1 (MQ=255) tCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGACGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGaaaaa < 1:2439599/100‑1 (MQ=255) aggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaataaaaaa < 2:1879483‑M1/6‑1 (MQ=255) ggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAAc < 2:2348409‑M1/7‑1 (MQ=255) ggaaatgctgtagataaacattattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatgtttacccttaccgttttagaattaataaaaaa < 2:885508‑M1/6‑1 (MQ=255) acaatgtGGTAGTCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTTTTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAAcc < 1:4314126/94‑1 (MQ=255) caacTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAAccc < 2:2721586/100‑1 (MQ=255) acTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAATCGTATTTTGCAGGCGAGGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCgg < 1:2880670/100‑1 (MQ=255) acTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCgg < 1:617708/100‑1 (MQ=255) acTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGAAGATTAGCGGGTAACCCTGCTATTTGACTGATAAAGAAAAAACCCgg > 2:2782979/1‑100 (MQ=255) ggTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAg > 1:4370569/1‑100 (MQ=255) tACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCa < 2:781090/100‑1 (MQ=255) tACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCa > 2:2401735/1‑100 (MQ=255) aCGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGAGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCAt > 1:2348399/1‑100 (MQ=255) aCGCCTTATACGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCAt > 1:3231371/1‑100 (MQ=255) gCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCAttt < 1:964703/100‑1 (MQ=255) ncTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTa > 1:2240556/2‑100 (MQ=255) cTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAg > 2:3289891/1‑100 (MQ=255) cTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAg > 2:3823518/1‑100 (MQ=255) tATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAgcg > 2:1873301/1‑100 (MQ=255) aTCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGCGGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCTTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAgcgc < 1:2654960/100‑1 (MQ=255) ccGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCg > 1:3522366/1‑100 (MQ=255) ccGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCg > 2:2158590/1‑100 (MQ=255) tattcatcttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCgg < 2:3636796‑M1/28‑1 (MQ=255) gATTTCAGATAATCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCggg < 2:813964/100‑1 (MQ=255) tttCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtt > 2:2082940/1‑100 (MQ=255) cAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtttt > 1:1725480/1‑99 (MQ=255) cttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtttttt > 1:229878‑M1/66‑100 (MQ=255) cttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGtttttt > 2:1982122‑M1/66‑100 (MQ=255) ttgcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTtta > 1:4215098‑M1/65‑100 (MQ=255) gATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTtta < 1:1628313/100‑1 (MQ=255) aTAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttat < 2:3365955/100‑1 (MQ=255) aTAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttat < 1:4109164/100‑1 (MQ=255) aTAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttat < 1:3074553/100‑1 (MQ=255) tAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttatt < 1:1920988/100‑1 (MQ=255) tAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttatt < 2:3522390/100‑1 (MQ=255) gcagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttatt > 1:3636715‑M1/63‑100 (MQ=255) cagcagagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttatta > 1:1442265‑M1/62‑100 (MQ=255) agcagagaattgtatttttcggattgcctgaatttttacccttaccgtgttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTttatta > 1:3771948‑M1/61‑99 (MQ=255) gcagagaattgtatttttcttaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAAt > 2:917054‑M1/60‑100 (MQ=255) gCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCTGGTTTTTTATTAAt > 1:2536117/1‑100 (MQ=255) gCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAAt < 2:3132969/100‑1 (MQ=255) agagaattgtatttttctgaattcctgaatttttacccttaccgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTc > 2:2842797‑M1/58‑100 (MQ=255) tATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCt > 2:3064333/1‑100 (MQ=255) gacaattgtatttttctgaagatctgaatttttacccttactgttttagaattaatAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTc > 1:1075200‑M1/57‑99 (MQ=255) tGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAAc < 1:1812854/100‑1 (MQ=255) tGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAAc < 1:497255/100‑1 (MQ=255) gCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACg < 2:3893500/100‑1 (MQ=255) aTGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAgcg > 1:2674398/1‑98 (MQ=255) aGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAAAGGTAAGGGTaaa > 2:4173268/1‑100 (MQ=255) gCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTaaaa > 2:4171310/1‑100 (MQ=255) cAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGTCGTGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTaaaaa < 1:428452/100‑1 (MQ=255) gATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAAtt > 2:2870789/1‑100 (MQ=255) aTTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTc < 1:389051/100‑1 (MQ=255) tAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAg < 2:1911773/100‑1 (MQ=255) tAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAg < 2:765161/100‑1 (MQ=255) tAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAg < 2:1802709/100‑1 (MQ=255) 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aTTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACa < 2:5342/100‑1 (MQ=255) aTTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACa > 1:3331869/1‑100 (MQ=255) ttGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAAt < 2:4005177/100‑1 (MQ=255) tGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATa < 2:118192/91‑1 (MQ=255) tGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTctct > 1:4264563/1‑100 (MQ=255) gATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTctg > 2:2793009/1‑100 (MQ=255) aTAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTctgc > 2:3942610/1‑100 (MQ=255) aTAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTctgc < 2:169458/100‑1 (MQ=255) tAAAGAAAAAACCCGTTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATtctc < 1:3488985/96‑1 (MQ=255) tAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTctgct > 1:4005199/1‑100 (MQ=255) aaaGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTctgctg > 2:2123220/1‑100 (MQ=255) aaaGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTctgctg > 2:4371367/1‑100 (MQ=255) aaaGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTctgctg > 2:1777569/1‑100 (MQ=255) aaaGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGAGATTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGATAAAAATTCAAGAATTCAGAAAAATACAATTCTctgctg < 1:2614562/100‑1 (MQ=255) aaGAAAACACCCGGTAAGCATGTCACGCCGGGTATTTTAATAATTCTAAAAAGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTAAGAAAAAAACAAttagc > 1:764587/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCTGGGTATTTTATAAATTCAAAAAAAGTAAGGTTAAAAATTGAGAAATTCAGAAGAATACAAttctgttctg > 1:1334426/1‑98 (MQ=255) aGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCa > 2:3814564/1‑100 (MQ=255) aGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCa > 2:1589389/1‑100 (MQ=255) aGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCa > 1:794312/1‑100 (MQ=255) aGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCa > 1:1670060/1‑100 (MQ=255) | TCGCTCAACAACTTGGTACGCCTTATCCGATTTCAGATAAGCGTATTTTGCAGGCGATGGAGCAGATTAGCGGTTAACCCTGCTATTTGCCTGATAAAGAAAAAACCCGGTAAGCATTTAGCGCCGGGTTTTTTATTAATTCTAAAACGGTAAGGGTAAAAATTCAGGAATTCAGAAAAATACAATTCTCTGCTGCAAG > NC_000913/1486887‑1487085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |