New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1944219 = | NA (NA) | 12 (0.140) | 9/164 | NT | NA | noncoding (1/127 nt) | REP138 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | REP138 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences |
? | NC_000913 | 1944249 = | NA (NA) | noncoding (31/127 nt) | REP138 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | REP138 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
ATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTG > NC_000913/1944120‑1944316 | aagtcggattggtcgctcgcgccgcatccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagg > 1:569089‑M1/100‑100 (MQ=255) aTACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTg > 2:356700/1‑100 (MQ=255) gtcggattggtcgctcgcgccgcatccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgggtcttaccagggctaccagagataccgaaccggagGTc < 1:724212‑M1/3‑1 (MQ=255) tcggattggtcgctcgcgccgcatccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCg < 1:2358046‑M1/4‑1 (MQ=255) tcggattggtcgctcgcgccgcatccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCg < 2:1636233‑M1/4‑1 (MQ=255) tcggattggtcgctcgcgccgcatccggcactggcaataggcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCg > 2:855284‑M1/97‑100 (MQ=255) ggattggtcgctcgcgccgcatccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGa < 2:1443611‑M1/6‑1 (MQ=255) ccGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGa > 2:686480/1‑100 (MQ=255) gattggtcgctcgcgccgcatccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGAt > 2:1807448‑M1/94‑100 (MQ=255) cggcggGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGAt < 2:520171/100‑1 (MQ=255) cggcggGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGAt > 1:462592/1‑100 (MQ=255) ggcggGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATg < 2:600965/100‑1 (MQ=255) ggTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATgcggc > 2:231855/1‑100 (MQ=255) gTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATgcggcg > 2:2501587/1‑100 (MQ=255) gTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATgcggcg > 1:2025498/1‑100 (MQ=255) cGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGa > 1:719435/1‑100 (MQ=255) cGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGa > 1:1795329/1‑100 (MQ=255) cGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGa > 2:1401747/1‑100 (MQ=255) cGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGa > 2:713839/1‑100 (MQ=255) gTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGAttggtcgctcg > 1:895090/1‑90 (MQ=255) ggtggtGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAgcgc > 2:571742/1‑100 (MQ=255) ggtggtGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAgcgc > 2:2587289/1‑100 (MQ=255) ggtggtGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAgcgc > 1:2380043/1‑100 (MQ=255) gtggtgCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGcc < 1:275857/100‑1 (MQ=255) gtggtgCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGcc < 1:353806/100‑1 (MQ=255) gtggtgCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGcc < 1:399029/100‑1 (MQ=255) tggtgCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTTTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCt < 1:1234170/100‑1 (MQ=255) gtgCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTa > 2:2008477/1‑100 (MQ=255) gtgCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTa < 1:2525710/100‑1 (MQ=255) tgCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTAt > 1:2282579/1‑100 (MQ=255) catccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTAt > 2:1325124‑M1/76‑100 (MQ=255) gCTATGTGCGGCGCTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATc < 1:1108992/100‑1 (MQ=255) atccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATc > 1:1143281‑M1/75‑100 (MQ=255) atccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATc > 2:1030033‑M1/75‑100 (MQ=255) atccggcaccggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATc > 2:2304128‑M1/75‑100 (MQ=255) tATGTGCTGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCg > 2:2240619/1‑100 (MQ=255) tATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATcc > 1:555357/1‑99 (MQ=255) ccggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCg > 1:1471832‑M1/73‑100 (MQ=255) tgtgCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGAc < 2:657449/100‑1 (MQ=255) ggcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGAc > 1:1845450‑M1/71‑100 (MQ=255) gcactggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGAcc > 1:1616174‑M1/70‑100 (MQ=255) tgCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCt < 1:2335518/100‑1 (MQ=255) actgggaataggccggatgggacgttgttcgcgtcttgccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCt > 1:956199‑M1/68‑99 (MQ=255) ctggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTAc > 1:1250024‑M1/67‑100 (MQ=255) cGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTAc > 2:1192693/1‑100 (MQ=255) gCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACgg < 1:889112/100‑1 (MQ=255) cTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTc > 2:386413/1‑100 (MQ=255) tGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCg < 1:195608/100‑1 (MQ=255) gTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCgg < 2:1660423/100‑1 (MQ=255) gTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCgg < 2:2369119/100‑1 (MQ=255) cctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccagcactaccagagataccgaacacatttGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTAt > 2:1997273‑M1/57‑100 (MQ=255) tttattCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTAtc > 1:2287360/1‑100 (MQ=255) tattCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTAtctc < 2:1885333/100‑1 (MQ=255) attCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATctct > 1:1636224/1‑100 (MQ=255) attCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATctct < 1:2413098/100‑1 (MQ=255) tgtcAGTATGAATAAAGAGCAGGCAAGCTCATTTATCGCTGATCACGTTGATTGGGTGCATCACGATCGCCCTATCAGACCTACGGTTCGGTctctctta < 1:973532/98‑3 (MQ=255) tctcAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTgg < 1:1663417/100‑1 (MQ=255) 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2:1588915/1‑100 (MQ=255) gaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTaa < 2:2415090/100‑1 (MQ=255) gaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTaa > 1:143643/1‑100 (MQ=255) gaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTaa > 2:1635824/1‑100 (MQ=255) gaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTaa < 2:629174/100‑1 (MQ=255) gaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTa < 1:140700/99‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAg < 2:228208/100‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTAGTAATCCTAGTaa > 1:676073/1‑99 (MQ=255) 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1:1992812/100‑7 (MQ=255) ccAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAg > 2:2573467/1‑100 (MQ=255) cTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTc < 1:2587270/100‑1 (MQ=255) tAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCg < 1:1174739/100‑1 (MQ=255) tAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCg > 2:1423092/1‑100 (MQ=255) aaTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGTTGCTGCGCGTGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCgn < 1:1232500/100‑2 (MQ=255) aaTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGc > 2:1015205/1‑100 (MQ=255) aTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCa < 1:2426320/100‑1 (MQ=255) aTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCa > 2:566727/1‑100 (MQ=255) cTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATc > 1:192604/1‑100 (MQ=255) cTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATc > 2:895093/1‑100 (MQ=255) aTCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAg > 2:1405749/1‑100 (MQ=255) cGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGGGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGc < 1:2573448/100‑1 (MQ=255) gCTGAACACATTTGTCGGATGCGGTGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCa < 2:1060656/100‑1 (MQ=255) acacATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTg > 2:1629869/1‑100 (MQ=255) acaTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGcc < 1:2048345/100‑1 (MQ=255) acaTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGcc < 1:1690045/100‑1 (MQ=255) caTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGc > 1:1421738/1‑98 (MQ=255) caTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCa > 2:592547/1‑100 (MQ=255) aTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAg > 2:2303799/1‑100 (MQ=255) ttGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTGCGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGATCAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTg < 1:547644/100‑1 (MQ=255) | ATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTG > NC_000913/1944120‑1944316 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |