| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1944219 = | NA (NA) | 12 (0.140) | 9/164 | NT | NA | noncoding (1/127 nt) | REP138 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | REP138 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 1944249 = | NA (NA) | noncoding (31/127 nt) | REP138 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | REP138 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTT > NC_000913/1944151‑1944347 | tgCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCt < 1:2335518/100‑1 (MQ=255) actgggaataggccggatgggacgttgttcgcgtcttgccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCt > 1:956199‑M1/68‑99 (MQ=255) ctggcaatatgcctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccaggactaccagagataccgaaccgtagGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTAc > 1:1250024‑M1/67‑100 (MQ=255) gCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACg‑g < 1:889112/100‑1 (MQ=255) cTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTc > 2:386413/1‑100 (MQ=255) tGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCg < 1:195608/100‑1 (MQ=255) gTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCgg < 2:2369119/100‑1 (MQ=255) gTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCgg < 2:1660423/100‑1 (MQ=255) cctgatgcgacgctgttcgcgtcttaccagcactaccagagataccgaacacatttGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTAt > 2:1997273‑M1/57‑100 (MQ=255) tttattCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTAtc > 1:2287360/1‑100 (MQ=255) tattCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTAtctc < 2:1885333/100‑1 (MQ=255) attCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATctct < 1:2413098/100‑1 (MQ=255) attCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATctct > 1:1636224/1‑100 (MQ=255) tgtcAGTATGAATAAAGAGCAGGCAAGCTCATTTATCGCTGATCACGTTGATTGGGTGCATCACGATCGCCCTATCAGACCTACG‑GTTCGGTctctctta < 1:973532/98‑3 (MQ=255) tctcAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTgg < 1:1663417/100‑1 (MQ=255) ctcAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGt > 2:1613425/1‑100 (MQ=255) cAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAg < 2:2335918/100‑1 (MQ=255) aGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGt > 2:1903999/1‑100 (MQ=255) tATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTcc < 1:1903989/100‑1 (MQ=255) atgatgAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCt > 2:135948/1‑100 (MQ=255) ttatgaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATGGCGGATCACTTTTGTCGGATGCGTCGCGAGCGCCGTAGCTGTTCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTg < 1:1540573/98‑1 (MQ=255) gatgaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTgg < 2:460636/100‑1 (MQ=255) tgaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATGGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTTGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTa < 1:1506727/100‑1 (MQ=255) tgaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTa < 1:1549687/100‑1 (MQ=255) tgaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATACGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTa > 1:245676/1‑100 (MQ=255) tgaAAAAGCAGGCCAGCCAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTa > 2:1588915/1‑100 (MQ=255) gaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTaa > 1:143643/1‑100 (MQ=255) gaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTa < 1:140700/99‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAg < 2:228208/100‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTAGTAATCCTAGTaa > 1:676073/1‑99 (MQ=255) aaaaGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGa < 2:1600716/100‑1 (MQ=255) gCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGAcgcg < 2:1078304/100‑1 (MQ=255) cAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGTGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGa > 1:269089/1‑100 (MQ=255) aGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGAGGGGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGa < 1:2046886/99‑1 (MQ=255) gtccAGCTGTTTTATCGCTGAACACATTTGACGGATGCGGAGTGAGCGACTTATCCGACCTACG‑GTTCGGCGTCCCGGGTAGTCCTGGTAAGGCGCGa > 1:597081/3‑98 (MQ=19) ggCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAAc < 2:645826/100‑1 (MQ=255) ccAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGAcgctgttcg < 1:1992812/100‑7 (MQ=255) ccAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAg > 2:2573467/1‑100 (MQ=255) cTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTc > 2:12260/1‑100 (MQ=255) cTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTc < 1:2587270/100‑1 (MQ=255) tAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCg > 2:1423092/1‑100 (MQ=255) tAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCg < 1:1174739/100‑1 (MQ=255) aaTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGTTGCTGCGCGTGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCgn < 1:1232500/100‑2 (MQ=255) aaTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGc > 2:1015205/1‑100 (MQ=255) aTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCa > 2:566727/1‑100 (MQ=255) aTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCa < 1:2426320/100‑1 (MQ=255) cTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATc > 2:895093/1‑100 (MQ=255) cTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATc > 1:192604/1‑100 (MQ=255) aTCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAg > 2:1405749/1‑100 (MQ=255) ataccgaaccgtaggtcggataaggcgctcgcgccgcatccgacAAATGTGTTCGGTATCTCTGGTAGTGCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAgg > 2:1997273‑M2/45‑100 (MQ=255) gCTGAACACATTTGTCGGATGCGGTGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCa < 2:1060656/100‑1 (MQ=255) gAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCatat > 2:1638264/1‑100 (MQ=255) acacATTTGTCGGGTGCGGCGCGAGCGCCGTATCCGTCCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTg < 1:638234/100‑1 (MQ=255) acacATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTg > 2:1629869/1‑100 (MQ=255) acaTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGATGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGcc < 2:2076182/100‑1 (MQ=255) acaTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGcc < 1:1690045/100‑1 (MQ=255) acaTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGcc < 1:2048345/100‑1 (MQ=255) 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1:407506/1‑99 (MQ=37) atccgacCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATc > 2:1807448‑M2/8‑100 (MQ=255) cgacCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCCTATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGa > 2:855284‑M2/5‑100 (MQ=255) cgacCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGa > 1:941375‑M2/5‑100 (MQ=255) cgacCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGa < 1:2358046‑M2/96‑1 (MQ=255) cgacCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGa < 2:1636233‑M2/96‑1 (MQ=255) gacCTCCG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGCCCTGGTAAGACCCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGAc < 1:724212‑M2/97‑1 (MQ=255) cCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACtt > 2:630598‑M2/2‑100 (MQ=255) | TGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACG‑GTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTT > NC_000913/1944151‑1944347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |