| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4572060 = | 110 (1.060) | 10 (0.110) | 7/158 | NT | 9.7% | intergenic (+145/‑354) | yjiS/yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene |
| ? | NC_000913 | 4572097 = | 89 (0.970) | intergenic (+182/‑317) | yjiS/yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene | |||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AATTAAGTTATAAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAA > NC_000913/4571961‑4572159 | aaacaatcaaaaagtattcagtagctgacatttaactttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcag > 2:40321‑M1/100‑100 (MQ=255)aaacaatcaaaaagtattcagtagctgacatttaactttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcag > 1:1603801‑M1/100‑100 (MQ=255)aaacaatcaaaaagtattcagtagctgacatttaactttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcag < 1:2690414‑M1/1‑1 (MQ=255) ttAAGTTATAAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGTTc > 1:957244/1‑100 (MQ=255) ttAAGTTATAAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTc < 2:2172784/100‑1 (MQ=255) aGTTATAAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCaaa > 1:1386634/1‑100 (MQ=255) tcaaaaagtattcagtagctgacatttaactttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcaGTCaaaa < 1:2633334‑M1/7‑1 (MQ=255) gTTATAAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCaaaa > 2:2737139/1‑100 (MQ=255) aaaaagtattcagtagctgacatttaactttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcaGTCaaaaaa < 2:2014626‑M1/9‑1 (MQ=255) aaaagtattcagtagctgacatttaactttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcaGTCAAAAAAc > 1:333076‑M1/91‑100 (MQ=255) aaaagtattcagtagctgacatttaactttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcaGTCAAAAAAc > 1:295470‑M1/91‑100 (MQ=255) taAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACg > 1:920548/1‑100 (MQ=255) taAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACg > 2:923626/1‑100 (MQ=255) taAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACg > 2:2587015/1‑100 (MQ=255) aaaaTTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGca > 2:714471/1‑100 (MQ=255) aaaaTTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGca > 2:1720877/1‑100 (MQ=255) aaaaTTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGca > 1:2536546/1‑100 (MQ=255) aaTTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGcaca < 2:2325462/100‑1 (MQ=255) cccGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGttt > 1:1681560/1‑100 (MQ=255) cccGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGAtt < 1:62779/100‑1 (MQ=255) ccGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTa > 2:1618930/1‑100 (MQ=255) cGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTAc < 2:158582/100‑1 (MQ=255) cGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCAATAACGGTCAAAAAACGAACAGTAATTAc > 1:2442770/1‑100 (MQ=255) aCAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑tgt < 2:533090/100‑1 (MQ=255) aCAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑tg < 1:1617535/99‑1 (MQ=255) atttaactttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcaGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGtt < 1:870309‑M1/30‑1 (MQ=255) aTTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGT‑ATTACT‑TTTGtt > 1:525828/1‑99 (MQ=255) tcatcaATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGtttt < 1:714468/100‑1 (MQ=255) catcaATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGttttt < 2:2358539/100‑1 (MQ=255) catcaATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGttttt > 1:1878996/1‑100 (MQ=255) tcaATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtg < 1:519452/100‑1 (MQ=255) caATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtga > 2:2608449/1‑100 (MQ=255) aaTAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACACA‑AGTAATCACTGTGCGTTTTTtgac < 2:677797/100‑1 (MQ=25) ttccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtcaGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtgact > 2:1892532‑M1/63‑100 (MQ=255) aTAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACACA‑AGTAATCACTGTGCGTTTTTtgacc < 1:322591/100‑2 (MQ=21) aTAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACACA‑AGTAATCACTGTGCGTTTTTtgacc < 1:324315/100‑2 (MQ=21) tccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaatactgagagttgtaaagtcaGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtgactg > 1:1862723‑M1/62‑100 (MQ=255) tAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtgactg > 2:290569/1‑100 (MQ=255) aGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtgactga > 1:394741/1‑100 (MQ=255) ggTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtgactgac > 1:854271/1‑100 (MQ=255) cagggtataaaacaactagagaaacaacacaatagcgaataatgagagttgtaaaatcaAACAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtgactgac > 1:1459501‑M1/60‑100 (MQ=255) agggtataaaagaattagagaaactgcacaatagcgaataaggagagttgtaaagtcaGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTtgactga > 1:2655976‑M1/59‑98 (MQ=255) acggAGTATACAGAAATATGTAAAACACTAACCTCTTTAAACTCATGTAAAAAAAAAAAAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTgactgact < 1:235359/96‑1 (MQ=255) tGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTa < 2:2420197/100‑1 (MQ=255) tGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTa < 1:2315030/100‑1 (MQ=255) ggAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTAc > 1:1794926/1‑100 (MQ=255) gAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACa < 2:815577/100‑1 (MQ=255) gtgtACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTAcca > 2:1405944/1‑97 (MQ=255) gtACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAActc > 2:1219353/1‑100 (MQ=255) tACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAActct > 1:66022/1‑100 (MQ=255) tACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAActct > 1:335787/1‑100 (MQ=255) cAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCa > 2:705125/1‑100 (MQ=255) agtaaTATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCat < 2:585222/97‑1 (MQ=255) aGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCat < 1:1080320/100‑1 (MQ=255) ggAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCatt > 2:1480706/1‑100 (MQ=255) gAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCatta < 2:2144191/100‑1 (MQ=255) aaTATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCattat > 1:174542/1‑100 (MQ=255) aaTATCTTATTAATTAAATTTTTTATTCTCATGTCGATAAAGGTAAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCat < 1:2701298/97‑1 (MQ=255) atatCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCattatt > 2:1133437/1‑100 (MQ=255) atatCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCattatt < 2:627106/100‑1 (MQ=255) tatCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTc < 2:1351594/100‑1 (MQ=255) gaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtaaGTCAAAAAACGTACACTTATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGAATTTACAACTCTCATTATTCg > 1:1036046‑M1/40‑100 (MQ=255) atCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCg < 2:2398220/100‑1 (MQ=255) ttcttcACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTa > 2:2817742/1‑100 (MQ=255) 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2:2807844/100‑1 (MQ=255) aTAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATAccc > 2:1403361/1‑100 (MQ=255) cGGTCAAAAATCGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGa < 2:2841483/100‑1 (MQ=255) cGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGa > 2:1361252/1‑100 (MQ=255) ggTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGaa > 1:2527655/1‑100 (MQ=255) GTCAAAAAACGCACAGTGATTAGT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGaaa < 1:1690378‑M1/100‑1 (MQ=255) GTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGaaa < 1:2202061‑M1/100‑1 (MQ=255) | AATTAAGTTATAAAAATTTTCCCGAGACAATTCATCAATAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACT‑TGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAA > NC_000913/4571961‑4572159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |