| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4572060 = | 110 (1.060) | 10 (0.110) | 7/158 | NT | 9.7% | intergenic (+145/‑354) | yjiS/yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene |
| ? | NC_000913 | 4572097 = | 89 (0.970) | intergenic (+182/‑317) | yjiS/yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene | |||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTG > NC_000913/4571999‑4572196 | tccagggtataaaacaattagagaaactgcacaatagcgaatactgagagttgtaaagtcaGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTtgactg > 1:1862723‑M1/62‑100 (MQ=255)tAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTtgactg > 2:290569/1‑100 (MQ=255) aGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTtgactga > 1:394741/1‑100 (MQ=255) ggTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTtgactgac > 1:854271/1‑100 (MQ=255) cagggtataaaacaactagagaaacaacacaatagcgaataatgagagttgtaaaatcaAACAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTtgactgac > 1:1459501‑M1/60‑100 (MQ=255) gTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTgactgact > 2:1608590/1‑100 (MQ=255) acggAGTATACAGAAATATGTAAAACACTAACCTCTTTAAACTCATGTAAAAAAAAAAAAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTgactgact < 1:235359/96‑1 (MQ=255) tGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTa < 2:2420197/100‑1 (MQ=255) tGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTa < 1:2315030/100‑1 (MQ=255) gAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACa < 2:815577/100‑1 (MQ=255) gAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACa > 2:2393055/1‑100 (MQ=255) gAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACa < 1:531658/100‑1 (MQ=255) gtgtACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTAcca > 2:1405944/1‑97 (MQ=255) gtACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAActc > 2:1219353/1‑100 (MQ=255) aCAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTGTAAACTCATGTCGATAACGGTCATAACACGCACAGTGATTATTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACtctc < 1:677795/100‑1 (MQ=255) naGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCa > 2:2812759/2‑100 (MQ=255) cAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCa > 2:705125/1‑100 (MQ=255) agtaaTATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCat < 2:585222/97‑1 (MQ=255) aGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCat < 1:1080320/100‑1 (MQ=255) aaTATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCattat > 1:174542/1‑100 (MQ=255) aaTATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCattat < 2:1330561/100‑1 (MQ=255) aaTATCTTATTAATTAAATTTTTTATTCTCATGTCGATAAAGGTAAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCat < 1:2701298/97‑1 (MQ=255) atatCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCattatt > 2:1133437/1‑100 (MQ=255) atatCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCattatt < 2:627106/100‑1 (MQ=255) tatCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTc < 2:1351594/100‑1 (MQ=255) gaaactgcacaatagcgaataatgagagttgtaaagtaaGTCAAAAAACGTACACTTATTACTTGTGTTTTTTGACTGAATTTACAACTCTCATTATTCg > 1:1036046‑M1/40‑100 (MQ=255) tcttctTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGc < 2:1368858/100‑1 (MQ=255) ttcttcACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTa > 2:2817742/1‑100 (MQ=255) ttcttcACTAACCTATTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGc < 1:1887150/98‑1 (MQ=255) ttaaaaaCTAACCTCTTTAAACTCATGTTGAAAAAAAAAAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCt < 1:654690/93‑1 (MQ=255) ttcACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATtg < 1:764556/100‑1 (MQ=255) ttcACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATtg < 1:2239417/100‑1 (MQ=255) cTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCa > 1:2913623/1‑100 (MQ=255) tAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTAACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAg < 1:1547877/100‑1 (MQ=255) aaCCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGt < 1:1219348/100‑1 (MQ=255) aaCCCCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACTCACAGTGATTACTTGTGTTATATGACTGACTTTACAACTCCCATTATTGGCTATTGTGTAGt > 1:2822125/1‑100 (MQ=255) ccTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGttt > 2:2031358/1‑100 (MQ=255) ccTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGttt < 2:2156774/100‑1 (MQ=255) ctctTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTtc < 2:2760127/100‑1 (MQ=255) cgaataatgagagttgtaaattcagtcaaaaaacacaagtaataagtgtacgttttttgacTTACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTtc > 1:1036046‑M2/62‑100 (MQ=255) ctTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTtctc > 1:2033693/1‑100 (MQ=255) ctTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTtctc > 1:2156099/1‑100 (MQ=255) ctTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTtctc > 1:2468054/1‑100 (MQ=255) tAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTaa < 2:1248958/100‑1 (MQ=255) aactacATGTCGATAACGGTCAACACTCGACGAGTGATTACTTATGTTTTTTGACTGACTTTCAAACGCTGATTATTCGATGTTGTGTAGTTTctct < 1:2626637/92‑1 (MQ=255) aaaCTCATGTCGATAACGGTCAACAAACGCACAGAGATTACTTGTGTTCTTTGACTGCCTTTACAACTCTCATTCTTCGCTATTGTGCAGTGTCACTAAt > 1:2758131/1‑100 (MQ=255) aaaCTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAAt > 2:458877/1‑100 (MQ=255) aaCTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAAtt > 2:713991/1‑100 (MQ=255) cTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGt > 2:1791311/1‑100 (MQ=255) cATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGtt < 1:716115/99‑1 (MQ=255) tGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTta < 1:899014/100‑1 (MQ=255) tGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTta > 1:2795488/1‑100 (MQ=255) gTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTtat > 2:777200/1‑100 (MQ=255) cGATAACGGTCAAAAAACGCACAGAGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATCCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATAc > 1:39462/1‑100 (MQ=255) gATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATAcc < 2:2171801/100‑1 (MQ=255) aTAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATAccc > 2:1403361/1‑100 (MQ=255) tAATGGTCAAAAAGTGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGATTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCt < 1:1480700/100‑1 (MQ=255) tAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCt > 1:2699971/1‑100 (MQ=255) aaaaaaaAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCt > 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aacacaagtaatcactgtgcgttttttgacTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAAt < 1:870217‑M2/70‑1 (MQ=255) gCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTc < 2:2289507/100‑1 (MQ=255) gCACAATGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACGTTACAACTCTCATTATTCGATATTGTCCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATg < 1:2837271/98‑1 (MQ=255) aGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCt < 2:1924953/100‑1 (MQ=255) aGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCt < 2:2527670/100‑1 (MQ=255) gTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTa > 2:2299084/1‑100 (MQ=255) gATTACTTGTGTTTTGTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACt < 2:2875510/100‑1 (MQ=255) aTTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTg < 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tgtgTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATCGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACt > 2:156433/1‑100 (MQ=255) gtgtTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACtt > 2:2389301/1‑100 (MQ=255) gtgtTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACtt > 1:1356067/1‑100 (MQ=255) gtgtTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACtt > 2:1146858/1‑100 (MQ=255) tgtTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACttt > 2:1812295/1‑100 (MQ=255) gttttttgacTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACtttt > 1:333076‑M2/11‑100 (MQ=255) gttttttgacTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACtttt > 1:295470‑M2/11‑100 (MQ=255) ttttttgacTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACttttt < 1:1608584‑M2/91‑1 (MQ=255) ttttgacTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGa < 1:2633334‑M2/93‑1 (MQ=255) tgacTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTg > 1:917165‑M2/5‑100 (MQ=255) gacTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTgaatacttttttttttt > 1:1759847‑M2/4‑94 (MQ=255) cTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGttt > 2:40321‑M2/2‑100 (MQ=255) | TAGGTATGGAGTGTACAGGAATATCTTCTTCACTAACCTCTTTAAACTCATGTCGATAACGGTCAAAAAACGCACAGTGATTACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTG > NC_000913/4571999‑4572196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |