| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 884917 | 83 (0.800) | 17 (0.180) | 10/160 | NT | 17.3% | intergenic (+12/+29) | mdfA/ybjH | multidrug efflux system protein/uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | = 884930 | 88 (0.940) | intergenic (+25/+16) | mdfA/ybjH | multidrug efflux system protein/uncharacterized protein | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCG > NC_000913/884833‑885029 | cGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtc < 2:1511415‑M2/100‑3 (MQ=255) ggAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtca > 2:1717547‑M2/1‑97 (MQ=255) ggAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtca < 2:1745575‑M2/100‑4 (MQ=255) ggAATTTTGTAGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAACCAGATGGGGAATTCTCCCGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTATGCGGtca < 1:552065‑M2/100‑4 (MQ=255) gAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtcag < 2:405416‑M2/100‑5 (MQ=255) aaTTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtcagg > 2:2576777‑M2/1‑95 (MQ=255) aTTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtcaggc > 1:2454483‑M2/1‑94 (MQ=255) aTTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtcaggc > 2:2409689‑M2/1‑94 (MQ=255) ggCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCg > 2:2318444/1‑100 (MQ=255) ggCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCg < 2:1220066/100‑1 (MQ=255) tGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAAt < 1:2061458/100‑1 (MQ=255) gCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAAt > 2:521137/1‑100 (MQ=255) tGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATgg < 1:2127014/100‑1 (MQ=255) tGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATgg > 2:2335973/1‑100 (MQ=255) atctgtttATCTTTTAAAAAGATAAATAGATGGGAACTTCTCACGAAGGCTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAAACAATgg > 2:1772121/7‑100 (MQ=255) atctgtttATCTTTTAAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATgg > 2:2189425/7‑100 (MQ=255) ctgtttATCTTTTAAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGt > 1:2243964/5‑99 (MQ=255) ctgtttATCTTTTAAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTg > 2:1937954/5‑100 (MQ=255) ggTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGAt < 2:311703/100‑1 (MQ=255) gTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATg > 1:2227329/1‑100 (MQ=255) ttATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATgg > 2:1552771/1‑100 (MQ=255) aTCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGTCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGgt < 1:802541/99‑1 (MQ=255) tCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGgtcg < 2:215295/100‑1 (MQ=255) cTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGgtcg > 1:2521453/1‑99 (MQ=255) cTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAACTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGgtcgt > 2:1114683/1‑100 (MQ=255) tttttAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGgtcgtc > 2:2264455/1‑100 (MQ=255) tttttAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGgtcgtc > 2:2264020/1‑100 (MQ=255) tttgtAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGgtcgtc < 1:1088421/100‑1 (MQ=255) ttttAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGGTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGgtcgtc > 2:584691/1‑99 (MQ=255) ttttAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCa < 1:2845545/100‑1 (MQ=255) tttAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCaa < 2:1860027/100‑1 (MQ=255) aaaaGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCt > 2:504035/1‑100 (MQ=255) aaGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTgg < 2:2096070/100‑1 (MQ=255) aGATAAACAGATGGGAACTTCTCACGCAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCttgg > 1:2289444/1‑97 (MQ=255) gATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGgtg > 2:854980/1‑100 (MQ=255) tAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGtt > 1:2815585/1‑100 (MQ=255) ccgatcttGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTc < 1:1933941/93‑1 (MQ=255) aaCAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAACAATGCCTGACTGATTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTAAATCTGGTGTTCg > 1:1323595/1‑100 (MQ=255) aaCAGACGGGAAATGCTCAGGAAGGGTAAAAAAATGCCTGAGTGCTGTGCGCGATCACGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCg < 1:1885847/100‑1 (MQ=255) aCAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGa > 2:2832133/1‑100 (MQ=255) cAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGAt > 2:1334886/1‑100 (MQ=255) aGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATa < 1:900559/100‑1 (MQ=255) aTGGGAAATTCTCACGAAGAGTAAAAAAATGCCTGACTGCTGTGTGCGATCATGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAAc < 1:2319619/100‑1 (MQ=255) gggAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCATGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCa < 1:1315594/100‑1 (MQ=255) gggAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCa < 1:69466/100‑1 (MQ=255) gggAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCa < 2:2410064/100‑1 (MQ=255) gAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATc < 1:2273366/100‑1 (MQ=255) aaTTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATccc > 2:855580/1‑100 (MQ=255) ttCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCtt > 2:2058768/1‑100 (MQ=255) ttCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATAGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCtt > 1:779375/1‑100 (MQ=255) gtgaggAAGGGGAAAAGAAGGCCGGGCTGCTTTGTGCGATCAGGCATGCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCGATCTGGTGTTCGATAACCATCCCt < 1:2740792/92‑1 (MQ=255) ccgatctggTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAcc < 1:539023/93‑1 (MQ=255) cACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAcc < 1:1656497/100‑1 (MQ=255) cACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAcc > 2:1998564/1‑100 (MQ=255) cACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAcc < 2:564786/100‑1 (MQ=255) cACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAcc < 2:566372/100‑1 (MQ=255) cACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAcc < 1:1167121/100‑1 (MQ=255) aaGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACg > 2:1700936/1‑100 (MQ=255) 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gTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTgg < 2:2165127/100‑1 (MQ=255) tAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtcaggcatttttttacccttcgtgagaatttcccatctgtttatcttttaaaaatataaccatcagcgacag < 1:1108966‑M2/100‑73 (MQ=255) tAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGAtcaggcatttttttacccttcgtgagaatttcccatctgtttatcttttaaaaagataaccatcagcgacag < 2:2190172‑M2/100‑73 (MQ=255) tcgagaaTGCCTGATGGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCa < 1:837708/95‑1 (MQ=255) taaaaaaTGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCa < 2:1684824/99‑1 (MQ=255) aaaataaTGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGAATTCTCGAATTAATGGTGAGGGTCGTCAAGCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAACTACGCTggaa < 1:1535723/100‑3 (MQ=255) aaaaaaaTGCCTGACTGCTTTGTGCGAtcaggcatttttttacccttcgtgagaatttcccatctgtttatcttttaaaaagataaccatcagcgacagc < 1:12819‑M2/100‑74 (MQ=255) 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< 1:504032/100‑1 (MQ=255) gCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAg < 2:2379485/100‑1 (MQ=255) gCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGCAGATGGACGGCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAg < 1:2046671/100‑1 (MQ=255) gttGTGCGATCAGGCATTCTCGTATTAATGGGTATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGa < 1:2358576/99‑1 (MQ=255) ttGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGAt < 1:2351519/100‑1 (MQ=255) tgtgCGATCAGGCATTCTCGAGTTAATGGTGATGGTCGTAAATCTGGTGTTCGATAACCATCACTTCACGAACACTGGCAAGAGGGCGAACATAatgatg > 1:2057245/1‑100 (MQ=255) gtgCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATgc < 2:2696051/100‑1 (MQ=255) gtgCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATgc > 2:1933358/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |