| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3666120 = | 183 (1.340) | 32 (0.280) | 11/148 | NT | 18.5% | intergenic (‑310/+60) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent |
| ? | NC_000913 | 3666163 = | 131 (1.160) | intergenic (‑353/+17) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGC > NC_000913/3666021‑3666219 | gACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCa < 2:1247144/100‑1 (MQ=255)ctacaaagcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaa < 1:256129‑M1/1‑1 (MQ=255) tacaaagcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaaa > 2:502136‑M1/99‑100 (MQ=255) cATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCaa > 2:2705831/1‑99 (MQ=255) cATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAAc < 2:1736064/100‑1 (MQ=255) cATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAAc > 1:1841413/1‑100 (MQ=255) caaagcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAAcc > 1:3316988‑M1/97‑100 (MQ=255) caaagcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAAcc > 2:3208482‑M1/97‑100 (MQ=255) tAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGa < 1:492099/100‑1 (MQ=255) tAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGa > 1:3033890/1‑100 (MQ=255) tAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGa > 2:3727328/1‑100 (MQ=255) gcctccctgaaatatctcagcgatcgcccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAAt < 1:1023046‑M1/8‑1 (MQ=255) gcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAAt < 1:43091‑M1/8‑1 (MQ=255) cctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGCATg < 2:1058098‑M1/9‑1 (MQ=255) cctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATg < 2:2868732‑M1/9‑1 (MQ=255) aGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATg > 1:275088/1‑100 (MQ=255) ctccgtgaaatatatcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacgtaacgttgtaaaAACCGAATGc > 2:218908‑M1/91‑100 (MQ=255) tAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGccc < 1:3131242/100‑1 (MQ=255) ccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGccc < 2:2631440‑M1/12‑1 (MQ=255) tgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGc < 1:2108511‑M1/15‑1 (MQ=255) tttAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGtttttt > 2:150076/1‑100 (MQ=255) ttAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGttttttt < 1:3333305/100‑1 (MQ=255) ttAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGttttttt < 2:1105679/100‑1 (MQ=255) aataaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTa < 2:3267974/99‑1 (MQ=255) ataaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTaaa < 1:768107/100‑1 (MQ=255) ataaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTaaa > 1:955338/1‑100 (MQ=255) ataaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTaaa > 1:202406/1‑100 (MQ=255) taaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCTATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGTTGTTTTTTTAAAg < 2:2360212/100‑1 (MQ=255) taaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAg > 1:394488/1‑100 (MQ=255) taaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAg < 2:564231/100‑1 (MQ=255) taaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGAAGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAg > 2:1795570/1‑100 (MQ=255) aTTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTgg < 1:1524604/100‑1 (MQ=255) ttCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTggg < 1:2876439/100‑1 (MQ=255) ttCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTggg < 2:445151/100‑1 (MQ=255) ttCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTggg < 1:1200397/100‑1 (MQ=255) cccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTggg > 2:38261‑M1/67‑100 (MQ=255) ccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGc > 1:248527‑M1/66‑100 (MQ=255) ccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGc > 2:2259420‑M1/66‑100 (MQ=255) ccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGc > 1:682184‑M1/66‑100 (MQ=255) cATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCAAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGc > 1:3704441/1‑99 (MQ=255) aaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCAtt > 1:1088281‑M1/63‑100 (MQ=255) ataACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTATTTTTAAAGGCTGGGCATTc < 2:2337634/100‑1 (MQ=255) ctgcagtgtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCgg > 2:1318042‑M1/60‑100 (MQ=255) ctgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCgg > 2:925082‑M1/60‑100 (MQ=255) ctgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCgg > 1:1973824‑M1/60‑100 (MQ=255) ctgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCgg > 1:2362341‑M1/60‑100 (MQ=255) ctgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCgg > 2:1172313‑M1/60‑100 (MQ=255) ctgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAACGCTGGGCATTCgg > 1:2595355‑M1/60‑100 (MQ=255) aaCATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAACATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCgg > 2:2042262/1‑100 (MQ=255) tatatCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCAAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGtttt > 2:2944300/1‑100 (MQ=255) agggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGtttt > 2:2791869‑M1/56‑100 (MQ=255) tatCTTGTCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTTCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTGTTTAAAGTCTGGGCATTCGGTTTTTa < 2:761496/100‑1 (MQ=255) tatCTTATCAACACGATGAATATACAGCCAATATATTTTTTCGATTAATGAGCGTCCGTTTGCTCAGCTGTTGTTTTAAAGGTTGGGCATTCGGttt < 2:590776/97‑1 (MQ=255) tatCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTa < 2:2496/100‑1 (MQ=255) atCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTAc < 1:3645726/100‑1 (MQ=255) atCTTATCAACAAGATTAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTAc < 2:1624191/100‑1 (MQ=255) tcatATCAACACTATGGATATACATCCAAGATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGATGTTTTTTTAAAGACTGGGCATCCGGtctttcaa > 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1:2206886/100‑1 (MQ=255) gATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTggg < 2:1968659/100‑1 (MQ=255) aTTAATAAGCAACCGAATGCCCATCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGc < 2:361531/100‑1 (MQ=255) aTTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGc < 1:132243/100‑1 (MQ=255) aTTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGc < 1:3001244/100‑1 (MQ=255) aTTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGc < 1:2049563/100‑1 (MQ=255) aataaGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAAt > 1:1911843/1‑100 (MQ=255) aataaGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAAt > 1:3490755/1‑100 (MQ=255) ataaGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCTGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATa > 2:796329/1‑100 (MQ=255) ataaGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATa > 1:1679603/1‑100 (MQ=255) aGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATAccc > 1:155026/1‑100 (MQ=255) gCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTTTTCTGCTGGGCAATAcc > 2:3682356/1‑98 (MQ=255) gCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCt < 2:2099370/100‑1 (MQ=255) AACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGc > 1:2641780‑M1/1‑100 (MQ=255) | GACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGC > NC_000913/3666021‑3666219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |