| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | = 225004 | 83 (0.140) | 555 (0.950) | 244/300 | 0.0 | 87.0% | coding (394/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | = 300335 | NA (NA) | noncoding (772/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 555 total aligned reads displayed.
TTGCTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > DH1/224855‑225004‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTG < DH1/300335‑300186 GCTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGG < 7:2174697/150‑1 GCTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGG < 2:2007309/150‑1 CTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTG > 2:218057/1‑151 TTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTG > 4:816161/1‑150 GTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCT > 7:1844340/1‑151 GACTAAAAATAAGATGGGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAA < 2:1861796/151‑1 GACTAAAAATAACATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAA < 8:1920993/151‑1 ACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAAC > 8:617145/1‑151 ACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAAC > 5:1938625/1‑151 AAAAATAAGATGTGATAGCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTA < 8:1727985/151‑1 AAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACT < 5:2304241/149‑1 AAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTAC > 5:1832581/1‑151 AAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTAC > 5:1395040/1‑151 AAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACT > 5:2088376/1‑151 ATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTG > 7:243869/1‑150 TAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACCTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTGACTGAT > 3:460024/1‑151 AAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT < 7:200698/150‑1 ATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT > 1:312340/1‑149 ATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT > 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2:915473/150‑1 CAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCT > 5:656390/1‑151 AGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTA < 1:1315871/151‑1 GCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTAT > 6:869342/1‑151 GCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTAT > 5:1547784/1‑151 GCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTAT < 5:454835/151‑1 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< 4:1855034/151‑1 GACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCG > 2:552419/1‑151 GACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCG > 8:1206609/1‑151 GACGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCG < 3:1741525/151‑1 ACGGGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGG < 6:1413983/151‑1 CGTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGGTTTTGAGGAGCGCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGA < 4:1330571/151‑1 GTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGAC > 3:1967707/1‑151 GTGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGAC > 3:837355/1‑151 TGATATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGAC > 1:170372/1‑150 TATTGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATC > 7:680103/1‑150 TGCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGC < 3:1115346/150‑1 GCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCG < 4:1203661/150‑1 GCTTTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCG < 2:311685/150‑1 TTCATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCT < 3:720274/149‑1 CATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCT > 1:1131096/1‑151 ATTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTC < 1:1052157/151‑1 TTGCTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > DH1/224855‑225004‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTG < DH1/300335‑300186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |