| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | = 225004 | 83 (0.140) | 555 (0.950) | 244/300 | 0.0 | 87.0% | coding (394/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | = 300335 | NA (NA) | noncoding (772/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 1277 total aligned reads displayed.
GTTGCTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGC > DH1/224854‑225154 | ggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCatttt > 5:1789178‑M1/141‑151 (MQ=255) gcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCattttt > 6:660172‑M1/140‑151 (MQ=255) gCTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTgg < 2:2007309‑M1/150‑3 (MQ=255) cataacctgactctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCattttta > 4:409506‑M1/139‑151 (MQ=255) gTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgct > 6:350486‑M1/1‑142 (MQ=255) tCCTGACTAAAAATAAGATGAGATACCCATGGTGACGATGTCGCTCAAACGTCTTAGTTTCAGCTTCTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgct < 6:2215437‑M1/150‑10 (MQ=255) tgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTc < 5:305404‑M1/19‑1 (MQ=255) tgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTc < 7:178661‑M1/19‑1 (MQ=255) gaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacgtaaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTc > 8:755842‑M1/131‑149 (MQ=255) gACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgcca > 3:417869‑M1/1‑137 (MQ=255) gACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgcc < 1:2227408‑M1/149‑13 (MQ=255) ggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGtt < 3:2126753‑M1/29‑1 (MQ=255) aaTAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactg < 3:1190656‑M1/151‑22 (MQ=255) aTAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactg > 3:1678279‑M1/1‑129 (MQ=255) tAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgat > 3:1366323‑M1/1‑128 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGc < 5:1464391‑M1/31‑1 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGc < 4:1541683‑M1/31‑1 (MQ=255) aaGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatt < 2:51435‑M1/151‑25 (MQ=255) aTGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttag < 3:533390‑M1/151‑28 (MQ=255) gtgATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagt < 3:757693‑M1/150‑29 (MQ=255) tgATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgt > 5:691154‑M1/1‑121 (MQ=255) ggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAAttt > 1:1027085‑M1/113‑150 (MQ=255) gcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggatctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTg > 6:1737344‑M1/112‑151 (MQ=255) aTACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 4:240223‑M1/1‑119 (MQ=255) cccAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 1:2096986‑M1/151‑36 (MQ=255) ctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTg < 5:534788‑M1/45‑1 (MQ=255) tGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt > 2:1378273‑M1/1‑109 (MQ=255) tGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt > 7:1936052‑M1/1‑109 (MQ=255) cggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTAtgt > 3:945396‑M1/100‑151 (MQ=255) gaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTAtgtg < 5:1240986‑M1/53‑1 (MQ=255) gaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTAtgtg < 4:1203644‑M1/53‑1 (MQ=255) cgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAAc < 7:1552451‑M1/59‑1 (MQ=255) tCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 8:1587304‑M1/1‑97 (MQ=255) tCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat < 2:1812235‑M1/129‑33 (MQ=255) gtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATaa > 8:1115081‑M1/89‑151 (MQ=255) cATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtctatgatggtgtttttgaggtgctcc > 8:892743‑M1/1‑96 (MQ=255) gttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATtg > 5:1647916‑M1/86‑151 (MQ=255) gttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATtg < 8:354697‑M1/66‑1 (MQ=255) tctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATtgt > 7:394916‑M1/84‑150 (MQ=255) tcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGa < 3:2240102‑M1/69‑1 (MQ=255) cTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 2:834109‑M1/1‑89 (MQ=255) ttAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACCTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 2:96403‑M1/1‑88 (MQ=255) tAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:1152536‑M1/148‑62 (MQ=255) 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catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAg > 8:247029‑M1/53‑150 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTa > 5:1972550‑M1/52‑151 (MQ=255) tGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctttcagctgtccctcctgttcagct < 2:1161503‑M1/150‑95 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAAtct > 7:75085‑M1/48‑151 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAAtct < 8:2146104‑M1/104‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |