| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | DH1 | = 1702500 | 220 (0.390) | 343 (0.620) | 193/292 | 1.5 | 61.7% | noncoding (5/1205 nt) | repeat_region | repeat region |
| ? | DH1 | 1703700 = | 211 (0.380) | noncoding (1205/1205 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 567 total aligned reads displayed.
ACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGATGCTGCCGATTGTCATCATTAT > DH1/1703552‑1703850 | cAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATAAGGCACTTGTTCGCACCTTCCTAAGttg > 5:47558/1‑149 (MQ=2) aagaaattaaagagttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTc > 8:1824608‑M2/148‑150 (MQ=255) gAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGCCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCACATGACAAACATGATCTCATATCAGCGACTTCTTCGCACCTTCCTTAGTACACgg > 3:594006/1‑151 (MQ=2) aaattaaagagttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACgg > 4:684918‑M2/145‑151 (MQ=255) aaaaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGc < 2:1370425/151‑1 (MQ=34) attaaagagttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGc > 1:1511436‑M2/143‑150 (MQ=255) aaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCAt > 4:1586015/1‑151 (MQ=35) aTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATg > 8:877375/1‑151 (MQ=37) aagagttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgccccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGcc > 8:626265‑M2/139‑151 (MQ=255) aagagttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGcc > 1:1346330‑M2/139‑151 (MQ=255) agagttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCt > 7:1987405‑M2/138‑151 (MQ=255) gagttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCtt < 1:179580‑M2/15‑1 (MQ=255) agttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCttt > 3:1823587‑M2/136‑151 (MQ=255) gttgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCtttt < 5:1787525‑M2/17‑1 (MQ=255) tgtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTAt > 6:946835‑M2/133‑151 (MQ=255) gtgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTAtt < 5:960048‑M2/20‑1 (MQ=255) gtGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTAtt < 6:48338/150‑1 (MQ=255) tgtcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTAttt > 3:1651244‑M2/131‑151 (MQ=255) tGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTAttt > 3:1068871/1‑151 (MQ=255) tcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCt > 4:452388‑M2/129‑151 (MQ=255) tcagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCt > 2:1135662‑M2/129‑151 (MQ=255) cagaatcataatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTg < 8:2182927‑M2/24‑1 (MQ=255) cTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTgg > 5:2217527/1‑151 (MQ=255) tGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTggt > 3:1553950/1‑151 (MQ=255) gACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTggt > 4:1679707/1‑150 (MQ=255) atcatattcttcctgttgatttactccagtgtggggttaatgatatagaaacctatatggatgttgtgcatttgatatgcaccactgcctaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTggtat < 6:1126531‑M2/28‑1 (MQ=255) ggCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATATCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGACTTTTATTTCTggtatcg > 8:77406/1‑151 (MQ=255) aatattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTggtatcggt > 4:251192‑M2/119‑150 (MQ=255) atattcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTggtatcggtat < 1:2168684‑M2/34‑1 (MQ=255) attcctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgtaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTggtatcggtatc < 1:58639‑M2/35‑1 (MQ=255) aCTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGCTGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGgtatcggtatcg < 4:1114229/150‑1 (MQ=255) tgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGa > 7:980054/1‑149 (MQ=255) cctgttgaattaatccagtgtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGaa < 1:424591‑M2/38‑1 (MQ=255) 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gtcgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCTTGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCt > 7:1782324‑M2/94‑151 (MQ=255) aaGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTg < 3:751797/151‑1 (MQ=255) cgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtggatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGa < 4:1310475‑M2/60‑1 (MQ=255) cgggttaatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTg < 5:760103‑M2/59‑1 (MQ=255) taatgaaatagaaacctatatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTAt < 7:72277‑M2/64‑1 (MQ=255) 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atatggatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTAt < 6:1752919‑M2/82‑1 (MQ=255) cccTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGtt < 3:1465249/151‑1 (MQ=255) gatggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGtttt < 4:1040624‑M2/87‑1 (MQ=255) tggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTc > 5:1574895‑M2/63‑150 (MQ=255) tggtgtgcatttgatatgcaccactgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTc > 6:1572948‑M2/63‑150 (MQ=255) 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tgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGAc > 2:1625687‑M2/39‑151 (MQ=255) tgccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGAc > 1:860906‑M2/39‑151 (MQ=255) gccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGAc < 3:857240‑M2/113‑1 (MQ=255) ccaaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCAATAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGCGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTATCGACCt > 4:2172933‑M2/37‑151 (MQ=255) ctctcATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTc > 4:799610/2‑151 (MQ=255) aaagtggatcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCg > 2:764223‑M2/35‑151 (MQ=255) atcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTAc > 8:506289‑M2/28‑151 (MQ=255) atcgtagttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTAc < 1:1067607‑M2/124‑1 (MQ=255) gttttggcgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTACAAAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGa < 2:45119‑M2/130‑1 (MQ=255) aCTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGAt > 4:1969767/1‑151 (MQ=255) cgatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGATGCTGCCg > 7:494404‑M2/15‑151 (MQ=255) cGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGATGCTGcc < 7:1510660/150‑1 (MQ=255) gatattccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTCATCCTGCCg > 6:335189‑M2/14‑150 (MQ=255) gatattcccttAGTTCACGCCATCCCTATTATTACAGGTATCCGTTACGAAGCATAAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGCTGAGCTAAGATTTCAGAAGTCATCCCATATATTCACCACCTCGCCCCTACGCTGATGCTGCCg > 1:1945651/8‑150 (MQ=255) gCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGATGCTGCCg > 7:140123/1‑150 (MQ=255) 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ccgttagTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGATGCTGCCGATTGtc < 3:29365‑M2/143‑1 (MQ=255) ttCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGATGCTGCCGATTGTCATCattat > 5:1012332/1‑151 (MQ=255) | ACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTTCACGGCATGCCTTTTATTTCTGGTATCGGTATCGAAGCATTAC‑AAAATAAAATTCTGACTATCTTACAGGGGTGACCTATGTTTTCAGAAGTCATGCGTTATATTCTCGACCTCGGCCCTACGGTGATGCTGCCGATTGTCATCATTAT > DH1/1703552‑1703850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |