| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4169328 = | 80 (0.500) | 111 (0.810) +GGAATTAATT |
75/130 | 0.3 | 61.6% | noncoding (113/120 nt) | rrfB | 5S ribosomal RNA |
| ? | NC_000913 | = 4169500 | NA (NA) | intergenic (+165/‑136) | rrfB/murB | 5S ribosomal RNA/UDP‑N‑acetylenolpyruvoylglucosamine reductase | |||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4169402‑4169328‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGG < NC_000913/4169500‑4169426 |||||||||| CGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGG > 2:5281864/1‑76CGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGG > 2:4178099/1‑76 GTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGG > 1:831997/1‑76 TTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGA < 2:1159409/76‑1 TCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAA < 1:1040248/76‑1 TCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAA > 1:4449141/1‑76 aACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGGCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGCAT > 1:4344677/2‑76 ACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATT > 2:411269/1‑76 CGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAA > 1:1649039/1‑76 CGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAA > 1:636405/1‑76 GACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTGGGAATTggg < 1:587663/76‑4 GACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTggg > 2:3990696/1‑73 GACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAAT > 1:1871236/1‑76 GACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAAT < 2:5713211/76‑1 ACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATT > 2:4693319/1‑76 CAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTC < 2:2742338/76‑1 AAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCC < 2:5337939/76‑1 AACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCT > 1:139700/1‑76 ACAACAGATAAAACGAAAGGCTCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTG < 1:3296602/76‑1 ACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTG < 1:2488667/76‑1 AACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGC > 1:2156428/1‑76 ACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCA < 1:5138909/76‑1 CAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAG < 2:5666140/76‑1 CAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAG < 1:411269/76‑1 AGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGT > 2:3997266/1‑76 GATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTT < 1:4664618/76‑1 AAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTAT > 1:1141970/1‑76 AAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCC < 1:366695/65‑1 AAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCC > 2:366695/1‑65 AAAACGAAAGGCCCAGGCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTGTAT > 2:2473467/1‑76 AAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATG < 1:3879028/76‑1 AACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGG > 2:1124646/1‑76 ACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATTGC > 2:872061/1‑76 ACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGC > 2:4772773/1‑76 CGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTTTTTTATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGGTTATTGCG > 1:1349987/1‑76 GAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTgg < 1:1480956/56‑3 GAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGG > 2:3430388/1‑76 GAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGG < 2:5526294/76‑1 GAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAA > 2:1480956/1‑56 AAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATT < 1:3661091/52‑1 AAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATT > 2:3661091/1‑52 CCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTCTATGGCGGGC‑GTC‑Cc > 2:674006/1‑75 CAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAAT < 1:1676372/45‑1 CAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGG > 2:1289818/1‑42 CAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGG < 1:1289818/42‑1 TCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GGC‑CTGGCC > 1:5134408/1‑76 CTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCA > 2:1701580/1‑53 TTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GTC‑C > 1:5197109/1‑68 TTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑C < 2:5197108/68‑1 TCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GTC‑CCGCCCCCCc > 2:3317343/1‑75 CGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGC < 1:1457806/73‑1 CGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGC‑CTGCCCGCCcc > 1:170273/1‑74 CGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCT < 2:5551667/45‑1 GACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTT < 2:3025664/52‑1 GACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTT > 1:3025664/1‑52 cttAGCTTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCTCCCT < 1:494905/73‑1 CTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GGC‑CTGCCCCCCCCCCc > 2:1986852/1‑75 TGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTC < 1:3834587/76‑1 TGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTC < 1:2031485/76‑1 TGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGG < 1:1530190/43‑1 TGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGG > 2:1530190/1‑43 GAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGCGCGGCCCCCCACCCcc > 1:2564129/1‑74 GAGCCTTGCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCC < 1:3550961/76‑1 AGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGGGGGC‑CTGCCCCCCCCCCCCC > 1:1810555/1‑76 GCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGG < 2:139700/76‑1 CCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGA‑GGC‑CTCCCCGCCCCCCCCCccg > 2:685042/1‑73 CCTTTCGGTTTATTGGAGGCCGGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGG < 2:422321/76‑1 TTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGG < 1:2659568/36‑1 TTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATCCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCG < 1:3298951/76‑1 TCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGT < 1:1139652/76‑1 TCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGC‑CCGCCCCCCCCCCCCCCGGCCcc > 2:2001518/1‑74 CGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCCCCCTCCGGGCCGTT < 1:3328277/76‑1 CGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTT < 1:4772774/76‑1 TTTTTTTGTTCCCTGTGGAGTTAATTCCTGGCAGGTGATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCT < 2:321292/76‑1 TTTATTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GGC‑CTGCCCCCCCCCCCCCCGGCCGCTGCT > 1:795767/1‑76 TATTGGATGCCGGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTC < 2:1538714/76‑1 TTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGC < 1:3430388/76‑1 TTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑C < 2:5370584/46‑1 TTTGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGC‑C > 1:5370585/1‑46 TTGATGCATGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCCCCCCCCCCCCGGCCGGTGCTTCGCA > 1:5769349/1‑76 TGATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAA < 2:5661978/76‑1 GATGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAC < 2:2796702/76‑1 TGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGG‑GTC > 2:1074331/1‑40 TGCCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC < 1:1074331/40‑1 CCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTC < 1:5694514/76‑1 CCTGGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GGC‑CCGCCCGCCCCCCCCCCGGCCGCTGCTTCGCAACCTTC > 2:3118532/1‑76 GGGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAA < 1:4046047/76‑1 GGGAATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAAT < 1:383489/76‑1 AATTAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCG < 1:4803565/76‑1 cccAATTCCTGGCATTTTATGGCGGGC‑GTC‑ATGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGC < 1:5575645/73‑1 atgAATTCCGGGCAGTTTAGGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGC < 2:4846594/73‑1 ccAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCT < 2:2562647/74‑1 ccAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCT < 2:2611251/74‑1 cAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTC < 2:1314400/75‑1 tTTCCTGCCAGTTGAGGCCGTGC‑GTC‑CCGCCCGCCGCCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCC < 1:5566934/75‑1 agTCCTGGCGGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCC < 2:1042161/74‑1 ATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCC < 2:5058493/76‑1 ATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCC < 1:5343913/76‑1 ATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCC < 2:2914359/76‑1 TTCCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCG < 2:4397655/76‑1 |||||||||| CGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4169402‑4169328‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGCAGTTTATGGCGGGC‑GTC‑CTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGG < NC_000913/4169500‑4169426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |