| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,091,572 | 3461 bp→GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG | [rhaD]–rhaB | [rhaD], rhaA, rhaB | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4091572 | 4095032 | 3461 | 149 [0] | [0] 173 | [rhaD]–rhaB | [rhaD],rhaA,rhaB |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4091571 | 0 (0.000) | 103 (1.070) +GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG |
58/92 | 0.1 | 100% | coding (283/825 nt) | rhaD | rhamnulose‑phosphate aldolase |
| ? | NC_000913 | 4095033 = | 0 (0.000) | intergenic (‑4/‑284) | rhaB/rhaS | rhamnulokinase/RhaS | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
CCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAA > NC_000913/4091496‑4091646 | ccGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGAc < 1:3089593/76‑1 (MQ=255)ccGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGAc < 1:5747605/76‑1 (MQ=255) ggAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgc < 1:2086994‑M1/76‑3 (MQ=255) ggAAGTGCGGAAGTGGGGCCGGCTTCGTTGGTTAACCCCCACAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgc < 1:309329‑M1/76‑3 (MQ=255) aaGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcat < 1:71584‑M1/76‑5 (MQ=255) aGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatg > 2:1034103‑M1/1‑71 (MQ=255) gTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgg > 1:5113120‑M1/1‑70 (MQ=255) gTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgc < 1:2093021‑M1/76‑7 (MQ=255) gTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgc < 2:1942989‑M1/76‑7 (MQ=255) ttCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcg > 1:1873617‑M1/1‑69 (MQ=255) ttCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcg > 1:3756153‑M1/1‑69 (MQ=255) cGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcgga < 1:632042‑M1/76‑10 (MQ=255) cGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcgga < 1:5781909‑M1/76‑10 (MQ=255) cGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcgga > 1:4690538‑M1/1‑67 (MQ=255) ggAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggat > 2:3327261‑M1/1‑66 (MQ=255) gAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatc > 1:887615‑M1/1‑65 (MQ=255) gAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatc > 1:300234‑M1/1‑65 (MQ=255) aaGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcc > 2:4816698‑M1/1‑64 (MQ=255) gTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctc < 1:2328230‑M1/76‑15 (MQ=255) tGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctct < 1:3462259‑M1/76‑16 (MQ=255) ggggggCGGTGTCTTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctct < 2:5713441‑M1/75‑16 (MQ=255) ggACGACTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggctcctctaga < 1:4797014‑M1/76‑19 (MQ=255) gACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGCCgcatgcggatcctctagag > 2:3731264‑M1/1‑57 (MQ=255) cGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtc > 1:2478432‑M1/1‑55 (MQ=255) gCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCCGTCGACgcatgcggatcctctcgagccga > 2:446115‑M1/1‑53 (MQ=255) ttCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgaca < 1:2884686‑M1/76‑26 (MQ=255) ttCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgaca < 2:300234‑M1/76‑26 (MQ=255) ttCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGCCGCTGTCGACgcatgccgatccgctagcgtcgcca > 2:3860078‑M1/1‑51 (MQ=255) cGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacata < 2:5282478‑M1/76‑28 (MQ=255) gTTGGTTAACCCCCACAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatat < 1:30762‑M1/76‑29 (MQ=255) ttGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatg > 1:215333‑M1/1‑47 (MQ=255) ttGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatg < 2:2466372‑M1/76‑30 (MQ=255) ttGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatg > 1:2233086‑M1/1‑47 (MQ=255) tGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatgg > 1:3463171‑M1/1‑46 (MQ=255) ggTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggt < 2:2730429‑M1/76‑32 (MQ=255) ggTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggt < 2:4021102‑M1/76‑32 (MQ=255) gTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtg > 1:2456423‑M1/1‑44 (MQ=255) tAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgat < 1:494855‑M1/76‑35 (MQ=255) tAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgat > 1:2175305‑M1/1‑42 (MQ=255) tAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgat < 1:3908326‑M1/76‑35 (MQ=255) cccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcct > 1:4749725‑M1/1‑39 (MQ=255) cccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcct > 2:2934266‑M1/1‑39 (MQ=255) cccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcct < 1:2795550‑M1/76‑38 (MQ=255) ccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctg < 2:1560582‑M1/76‑39 (MQ=255) cccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc > 1:2312842‑M1/1‑37 (MQ=255) ccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgct < 2:5461003‑M1/76‑41 (MQ=255) gagtgtggtaGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatt < 2:7448‑M1/73‑46 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatt < 2:3219961‑M1/76‑46 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctcctgaatt > 2:924878‑M1/1‑31 (MQ=255) aaTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt < 2:2127728‑M1/76‑47 (MQ=255) aaTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt < 2:3488026‑M1/76‑47 (MQ=255) aaTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt > 1:1027434‑M1/1‑30 (MQ=255) aaTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt < 1:3971399‑M1/76‑47 (MQ=255) aTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttc > 2:4444058‑M1/1‑29 (MQ=255) tgtgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttca > 1:2232209‑M1/1‑28 (MQ=255) gtggtgGCGCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcat < 2:324949‑M1/76‑50 (MQ=255) gtgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcat < 2:4691321‑M1/76‑50 (MQ=255) gtgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcat < 2:4974029‑M1/76‑50 (MQ=255) tgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatt < 1:4213132‑M1/76‑51 (MQ=255) gggtAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatt < 2:2535665‑M1/75‑51 (MQ=255) ggTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatta < 2:2226531‑M1/76‑52 (MQ=255) gagCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacg < 2:5618763‑M1/75‑54 (MQ=255) aGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacga < 1:4155862‑M1/76‑55 (MQ=255) aGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacga < 2:2857818‑M1/76‑55 (MQ=255) gCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgac > 2:844173‑M1/1‑21 (MQ=255) cccGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaagttcattacgacc > 2:4539833‑M1/1‑20 (MQ=255) ccGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacca > 1:1116567‑M1/1‑19 (MQ=255) ccGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacca > 2:971653‑M1/1‑19 (MQ=255) ccGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacca < 2:3541924‑M1/76‑58 (MQ=255) ccGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacca > 2:4523366‑M1/1‑19 (MQ=255) cgcgCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccag > 1:1291740‑M1/1‑18 (MQ=255) cgcgCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccag > 2:3336171‑M1/1‑18 (MQ=255) gcgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggctcctctagcgtcgacatatggtgctcctgctgaatttcattacgaacagt > 1:4545879‑M1/1‑17 (MQ=255) gcgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagt > 1:5627419‑M1/1‑17 (MQ=255) cgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtc > 2:5049296‑M1/1‑16 (MQ=255) cgcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtc > 2:809503‑M1/1‑16 (MQ=255) cgcCGTAGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtc < 1:375925‑M1/76‑61 (MQ=255) gcCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtct > 2:544732‑M1/1‑15 (MQ=255) cGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgcccagtctaa > 2:1376‑M1/1‑13 (MQ=255) gTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattgcgaccagtctaaa < 2:1529495‑M1/76‑65 (MQ=255) gTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaa > 2:4776225‑M1/1‑12 (MQ=255) gTCGCTGCCGACgcatgaggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacaacacgtctaca > 1:2850156‑M1/1‑12 (MQ=255) tCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaa < 1:4503383‑M1/76‑66 (MQ=255) tCGCGGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaa < 2:5249769‑M1/76‑66 (MQ=255) cGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaa > 1:3014814‑M1/1‑10 (MQ=255) gCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgccgaatttcattacgaccagtctaaaaag > 2:1367333‑M1/1‑9 (MQ=255) cTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatgtggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagc < 2:1954197‑M1/76‑69 (MQ=255) cTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagc < 2:4151445‑M1/76‑69 (MQ=255) tGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcg > 2:651301‑M1/1‑7 (MQ=255) tGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcg < 1:1894946‑M1/76‑70 (MQ=255) tGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcg > 1:4681556‑M1/1‑7 (MQ=255) tGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcg < 2:4254327‑M1/76‑70 (MQ=255) gTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgc > 1:829459‑M1/1‑6 (MQ=255) gACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctg < 2:4668426‑M1/76‑74 (MQ=255) gACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctg > 1:1902267‑M1/1‑3 (MQ=255) gACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctg < 2:2289902‑M1/76‑74 (MQ=255) gACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctg < 1:1769686‑M1/76‑74 (MQ=255) aCgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctga < 2:2357692‑M1/76‑75 (MQ=255) aCgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcgaaaaagcgcctga > 1:5528990‑M1/1‑2 (MQ=255) cgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaa > 2:3654695‑M1/1‑1 (MQ=255) | CCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAA > NC_000913/4091496‑4091646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |