| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1977295 = | 0 (0.000) | 79 (0.580) | 57/150 | 1.1 | 100% | intergenic (‑56/‑482) | insA5/yecG | IS1 protein InsA/putative regulator |
| ? | NC_000913 | = 2100969 | NA (NA) | coding (443/474 nt) coding (443/444 nt) |
b4529 yefJ |
hypothetical protein putative glycosyl transferase |
|||||
TGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCA > NC_000913/1977221‑1977370 | atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCa < 2:3891173‑M1/2‑1 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCa > 2:3135024‑M1/75‑76 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCa < 1:1804227‑M1/2‑1 (MQ=255)atgatcaaccctattctcaggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCa > 1:406967‑M1/75‑76 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCAt > 1:2572375‑M1/74‑76 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgctctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATa < 1:2424249‑M1/4‑1 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATa > 2:1139708‑M1/73‑76 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATaa > 1:362570‑M1/72‑76 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATaa < 2:4503702‑M1/5‑1 (MQ=255) tgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATaaa > 1:3714695‑M1/71‑76 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAAt < 2:2732811‑M1/7‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATg < 1:3997898‑M1/8‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATg < 2:2518786‑M1/8‑1 (MQ=255) gccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggccttgttcgcaccttccttaaCATAAATGt > 2:1544098‑M1/68‑76 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgccccttccttaaCATAAATGt > 2:4220187‑M1/68‑76 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGta < 1:1252432‑M1/10‑1 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGtata > 1:225853‑M1/65‑76 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATaa > 2:1658738‑M1/64‑76 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATaa > 1:1398126‑M1/64‑76 (MQ=255) gttctatggctccagatgacaaccatgatctcatatccgggacttgttcgcaccttccttacCCTACATGTATAAg < 2:2173419‑M1/14‑1 (MQ=255) gttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAg < 2:2138455‑M1/14‑1 (MQ=255) gttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAg > 1:181563‑M1/63‑76 (MQ=255) gttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAg > 1:915941‑M1/63‑76 (MQ=255) gttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAg > 1:4858974‑M1/63‑76 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGt > 1:498827‑M1/62‑76 (MQ=255) tctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTc < 1:4213582‑M1/16‑1 (MQ=255) tctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTc > 1:2091864‑M1/61‑76 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACt < 2:2082401‑M1/21‑1 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACt > 2:2539306‑M1/56‑76 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACtt < 1:2861344‑M1/22‑1 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttt > 1:2173420‑M1/54‑76 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttt > 1:2138456‑M1/54‑76 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttt > 1:1380824‑M1/54‑76 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgt > 1:1943976‑M1/51‑76 (MQ=255) agatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgtt < 1:4483508‑M1/27‑1 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgttt > 2:3125603‑M1/49‑76 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgttt > 2:1919214‑M1/49‑76 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgttttg < 2:1073524‑M1/30‑1 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTTTTTtggt < 2:2803897‑M1/32‑2 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg < 2:1029029‑M1/32‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt > 2:2871455‑M1/44‑76 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtg > 1:143903‑M1/43‑76 (MQ=255) aaacatgatctcagatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtg > 1:136389‑M1/43‑76 (MQ=255) acatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTa < 1:1185066‑M1/36‑1 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcgccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAt < 2:1367667‑M1/37‑1 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAtt > 1:2092347‑M1/39‑76 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTAtt < 2:2101949‑M1/38‑1 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc < 1:1220561‑M1/40‑1 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTGGGGTGTATTTCaa > 2:1865162‑M1/35‑76 (MQ=255) ctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAAt < 1:4613259‑M1/43‑1 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTg > 1:1781110‑M1/31‑76 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGt < 2:1752020‑M1/47‑1 (MQ=255) cagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaa > 2:1498045‑M1/27‑76 (MQ=255) 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gttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 2:4220555‑M1/18‑76 (MQ=255) gttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt > 2:2008805‑M1/18‑76 (MQ=255) ttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTc > 1:980605‑M1/17‑76 (MQ=255) tcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg > 2:3358699‑M1/16‑76 (MQ=255) cgcaccttccctaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAaagtttttagc < 2:406973‑M1/62‑4 (MQ=255) gcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgct > 2:2458385‑M1/14‑76 (MQ=255) gcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgct > 1:4792167‑M1/14‑76 (MQ=255) gcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTGTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgct > 2:1080777‑M1/14‑76 (MQ=255) cccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgctac > 2:379703‑M1/12‑76 (MQ=255) 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TGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCA > NC_000913/1977221‑1977370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |