| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 17289 = | 60 (0.740) | 7 (0.090) | 3/92 | NT | 9.8% | intergenic (‑329/‑200) | mokC/nhaA | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC/sodium‑proton antiporter |
| ? | W3110S.gb | 17320 = | 73 (0.950) | intergenic (‑360/‑169) | mokC/nhaA | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC/sodium‑proton antiporter | |||||
CCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCAC > W3110S.gb/17220‑17358 | cgagctattgaagaatttgcgccatcagcggtgagatgcgtttttgacggctgtaagcgctcacgagtga > 1:2380921‑M1/70‑70 (MQ=255) gagctattgaagaatttgcgccatcagcggtgagatgcgtttttgacggctgtaagcgctcacgagtgAcc > 1:5713608‑M1/69‑71 (MQ=255) aCAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCtt > 1:2162113/1‑70 (MQ=255) aCAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTa < 1:4378932/71‑1 (MQ=255) aCAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTa < 1:4075991/71‑1 (MQ=255) cAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCtt > 1:2739668/1‑69 (MQ=255) gCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGc > 1:397854/1‑70 (MQ=255) gCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGa < 1:266921/70‑1 (MQ=255) gCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGAt > 1:3643455/1‑71 (MQ=255) gCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGAt > 1:1327964/1‑71 (MQ=255) ccGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGAtt < 1:6018183/71‑1 (MQ=255) ccGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGAt > 1:1744879/1‑70 (MQ=255) ccGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGAt > 1:5601617/1‑70 (MQ=255) cGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTa < 1:4724142/71‑1 (MQ=255) cGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTa < 1:341579/71‑1 (MQ=255) aCTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCt < 1:4825801/56‑1 (MQ=255) aCTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATc < 1:6621166/71‑1 (MQ=255) cTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCt < 1:1287484/71‑1 (MQ=255) tGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCtt > 1:2465624/1‑55 (MQ=255) gACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTa < 1:3257234/60‑1 (MQ=255) acaacaAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCt < 1:5123673/68‑1 (MQ=255) acaacaAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAg < 1:5079829/70‑1 (MQ=255) aacaaATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCa < 1:7670725/47‑1 (MQ=255) aacaaATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCa < 1:2551392/47‑1 (MQ=255) acaaATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCt < 1:2947225/55‑1 (MQ=255) acaaATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCt < 1:6948109/55‑1 (MQ=255) caaATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTa < 1:1723572/71‑1 (MQ=255) agatgcgtttttgacggctgtaagcgctcacgagtgACCTTAAGCTATGATTATCTAGGc < 1:3795227‑M1/24‑1 (MQ=255) tattaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCtt < 1:2718712/61‑1 (MQ=255) tattaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCtt < 1:4788062/61‑1 (MQ=255) attaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTa < 1:6293921/61‑1 (MQ=255) ttaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCg < 1:5952883/70‑1 (MQ=255) ttaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCg < 1:1814591/70‑1 (MQ=255) ttaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGt < 1:6225325/71‑1 (MQ=255) ttaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGt < 1:2997390/71‑1 (MQ=255) taCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAgg > 1:5541640/1‑61 (MQ=255) taCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGt < 1:6449213/63‑1 (MQ=255) taCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCg < 1:6704147/69‑1 (MQ=255) taCTTTACCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAgg > 1:1023838/1‑61 (MQ=255) aCTTTTACTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGt > 1:1014664/1‑69 (MQ=255) cTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTg > 1:7655656/1‑69 (MQ=255) cTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGa < 1:6611219/70‑1 (MQ=255) cTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGAATATCTAGGCTTa > 1:7870707/1‑57 (MQ=255) cTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTAACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTg > 1:371678/1‑69 (MQ=255) tttCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgcg > 1:2768649/1‑71 (MQ=255) ttCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAg > 1:7858976/1‑35 (MQ=255) tCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCCCCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCt > 1:4012634/1‑71 (MQ=255) tgacggctgtaagcgctcacgagtgACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTa > 1:4315231‑M1/26‑52 (MQ=255) tgacggctgtaagcgctcacgagtgACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTa > 1:1702294‑M1/26‑52 (MQ=255) tgacggctgtaagcgctcacgagtgACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTa > 1:237570‑M1/26‑52 (MQ=255) tgacggctgtaagcgctcacgagtgACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTa > 1:4228354‑M1/26‑52 (MQ=255) tgacggctgtaagcgctcacgagtgACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTa > 1:2292048‑M1/26‑52 (MQ=255) ccTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCt < 1:6933680/70‑1 (MQ=255) acggctgtaagcgctcacgagtgACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAgg < 1:2446496‑M1/29‑1 (MQ=255) aattaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAg > 1:5379179/1‑44 (MQ=255) aattaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTa > 1:3586537/1‑69 (MQ=255) attaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAg > 1:2716781/1‑49 (MQ=255) attaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGa > 1:5852626/1‑61 (MQ=255) attaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCt > 1:6040320/1‑66 (MQ=255) attaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAg > 1:2155601/1‑71 (MQ=255) tCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTc < 1:6794327/71‑1 (MQ=255) cTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCtt < 1:5580058/39‑1 (MQ=255) cTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCtt < 1:5943823/39‑1 (MQ=255) tCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAg < 1:5780286/53‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:826793/52‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:4162229/52‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAg > 1:4939772/1‑51 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaaaaa < 1:7233484/70‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaaaa < 1:4676557/69‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCAGTCAAAAAc > 1:305115/1‑71 (MQ=255) gAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACg > 1:3163579/1‑70 (MQ=255) aTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAt < 1:4025084/71‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAt < 1:7324171/71‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAt < 1:4265182/71‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAt < 1:2019342/71‑1 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAg < 1:6915592/55‑1 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAg < 1:3162307/55‑1 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAAc < 1:1043141/66‑1 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAtc > 1:5447166/1‑71 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAtc > 1:7734457/1‑71 (MQ=255) cTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCtt < 1:5017013/49‑1 (MQ=255) cTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAtct > 1:4214617/1‑70 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:1258312/44‑1 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:734425/44‑1 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:593428/44‑1 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:3905564/44‑1 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACg < 1:598672/64‑1 (MQ=255) cACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCAc > 1:4378223/1‑71 (MQ=255) ACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgcg > 1:6874105‑M1/1‑43 (MQ=255) ACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgcg > 1:273840‑M1/1‑43 (MQ=255) ACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgcg > 1:3611551‑M1/1‑43 (MQ=255) ACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaaa > 1:7743970‑M1/1‑58 (MQ=255) | CCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCAC > W3110S.gb/17220‑17358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |