| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 17289 = | 60 (0.740) | 7 (0.090) | 3/92 | NT | 9.8% | intergenic (‑329/‑200) | mokC/nhaA | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC/sodium‑proton antiporter |
| ? | W3110S.gb | 17320 = | 73 (0.950) | intergenic (‑360/‑169) | mokC/nhaA | regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC/sodium‑proton antiporter | |||||
TTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCG > W3110S.gb/17256‑17388 | ttaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCg < 1:5952883/70‑1 (MQ=255)ttaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCg < 1:1814591/70‑1 (MQ=255)ttaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGt < 1:2997390/71‑1 (MQ=255)ttaCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGt < 1:6225325/71‑1 (MQ=255) taCTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCg < 1:6704147/69‑1 (MQ=255) aCTTTTACTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGt > 1:1014664/1‑69 (MQ=255) cTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTg > 1:7655656/1‑69 (MQ=255) cTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGa < 1:6611219/70‑1 (MQ=255) cTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTAACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTg > 1:371678/1‑69 (MQ=255) tttCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgcg > 1:2768649/1‑71 (MQ=255) tCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCCCCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCt > 1:4012634/1‑71 (MQ=255) ccTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCt < 1:6933680/70‑1 (MQ=255) aattaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTa > 1:3586537/1‑69 (MQ=255) attaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGa > 1:5852626/1‑61 (MQ=255) attaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCt > 1:6040320/1‑66 (MQ=255) attaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAg > 1:2155601/1‑71 (MQ=255) tCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTc < 1:6794327/71‑1 (MQ=255) tCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAg < 1:5780286/53‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:826793/52‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:4162229/52‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAg > 1:4939772/1‑51 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaaaaa < 1:7233484/70‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaaaa < 1:4676557/69‑1 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCAGTCAAAAAc > 1:305115/1‑71 (MQ=255) gAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACg > 1:3163579/1‑70 (MQ=255) aTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAt < 1:4025084/71‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAt < 1:4265182/71‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAt < 1:2019342/71‑1 (MQ=255) aTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAt < 1:7324171/71‑1 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAg < 1:3162307/55‑1 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAg < 1:6915592/55‑1 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAAc < 1:1043141/66‑1 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAtc > 1:5447166/1‑71 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAtc > 1:7734457/1‑71 (MQ=255) cTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCtt < 1:5017013/49‑1 (MQ=255) cTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAtct > 1:4214617/1‑70 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:593428/44‑1 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:734425/44‑1 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:3905564/44‑1 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgc < 1:1258312/44‑1 (MQ=255) tCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACg < 1:598672/64‑1 (MQ=255) cACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCAc > 1:4378223/1‑71 (MQ=255) ACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgcg > 1:3611551‑M1/1‑43 (MQ=255) ACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgcg > 1:6874105‑M1/1‑43 (MQ=255) ACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAgcg > 1:273840‑M1/1‑43 (MQ=255) ACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaaa > 1:7743970‑M1/1‑58 (MQ=255) CCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGc < 1:5679067‑M1/50‑1 (MQ=255) CCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGc < 1:2684606‑M1/50‑1 (MQ=255) cctaagcctagataatcatagcttaaggtCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGt < 1:2446496‑M2/23‑1 (MQ=255) CTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGc > 1:7458954‑M1/1‑61 (MQ=255) CTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGc > 1:7726128‑M1/1‑71 (MQ=255) taagcctagataatcatagcttaaggtCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCa > 1:4315231‑M2/28‑52 (MQ=255) taagcctagataatcatagcttaaggtCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCa > 1:4228354‑M2/28‑52 (MQ=255) taagcctagataatcatagcttaaggtCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCa > 1:2292048‑M2/28‑52 (MQ=255) taagcctagataatcatagcttaaggtCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCa > 1:237570‑M2/28‑52 (MQ=255) taagcctagataatcatagcttaaggtCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCa > 1:1702294‑M2/28‑52 (MQ=255) tAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACg > 1:2120595/1‑58 (MQ=255) tAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGATTACAGCCGTCAAAAACg > 1:1437301/1‑58 (MQ=255) aaGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTGACCGCt < 1:16701/69‑1 (MQ=255) aaGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCt < 1:4488954/69‑1 (MQ=255) aaGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCt < 1:6446579/69‑1 (MQ=255) gcctagataatcatagcttaaggtCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAtct < 1:3795227‑M2/36‑1 (MQ=255) gCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGcc < 1:6875498/45‑1 (MQ=255) gCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGcc < 1:7244292/45‑1 (MQ=255) gCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGcc < 1:6663534/45‑1 (MQ=255) gCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATg < 1:2806507/71‑1 (MQ=255) tATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCt < 1:2296626/36‑1 (MQ=255) tATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCt < 1:2705142/36‑1 (MQ=255) tATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGt > 1:146411/1‑45 (MQ=255) tATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGt > 1:2972997/1‑45 (MQ=255) tATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGt > 1:3374656/1‑45 (MQ=255) aTGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGgcg > 1:4936384/1‑71 (MQ=255) tGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTAc < 1:4762253/37‑1 (MQ=255) aTTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCa < 1:5998351/70‑1 (MQ=255) aTTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCa < 1:7061425/70‑1 (MQ=255) ttATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGc > 1:3092318/1‑49 (MQ=255) ttATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCaaa > 1:3563289/1‑71 (MQ=255) aTCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTGaa > 1:5521769/1‑41 (MQ=255) aTCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaa > 1:986882/1‑41 (MQ=255) aTCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaa > 1:2138925/1‑41 (MQ=255) tAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaaaaa > 1:6537149/1‑41 (MQ=255) aGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTAAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAttct > 1:1375690/1‑69 (MQ=255) ggCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAttc < 1:1776336/67‑1 (MQ=255) ggCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAttc < 1:2789363/67‑1 (MQ=255) ggCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAttc < 1:3820372/67‑1 (MQ=255) gCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCaaa < 1:2243872/36‑1 (MQ=255) gCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCAtct > 1:7363529/1‑45 (MQ=255) gCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCaa < 1:6299001/71‑1 (MQ=255) cTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCaa < 1:1556020/70‑1 (MQ=255) ttAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAtt > 1:620880/1‑63 (MQ=255) ttAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAtt > 1:1587671/1‑63 (MQ=255) aGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATaat > 1:5513549/1‑69 (MQ=255) aGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAg < 1:7099926/70‑1 (MQ=255) aGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGc > 1:2723412/1‑71 (MQ=255) aGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCCGATGGCGCAAATTCTTCAATAGc > 1:6403125/1‑71 (MQ=255) ggtCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTc > 1:5713608‑M2/4‑71 (MQ=255) tCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCg > 1:2380921‑M2/2‑70 (MQ=255) | TTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCG > W3110S.gb/17256‑17388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |