| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 4546548 | 111 (1.360) | 6 (0.080) | 3/86 | NT | 5.8% | intergenic (+307/‑171) | fimB/fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| ? | W3110S.gb | = 4546572 | 99 (1.390) | intergenic (+331/‑147) | fimB/fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA | |||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
AATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATC > W3110S.gb/4546503‑4546641 | aTCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTta < 1:809020‑M2/71‑3 (MQ=255) tCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtat < 1:869341‑M2/71‑4 (MQ=255) aCTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtatttt > 1:2274356‑M2/1‑65 (MQ=255) aCTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtatttt < 1:5437319‑M2/71‑7 (MQ=255) tGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTg > 1:2205216/1‑71 (MQ=255) tGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTg > 1:6137047/1‑71 (MQ=255) gCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTg > 1:6752970/1‑70 (MQ=255) cAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTAttttt < 1:6941726/68‑1 (MQ=255) cAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTAttttt < 1:6119267/68‑1 (MQ=255) cAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTAttttt < 1:7920985/68‑1 (MQ=255) cAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTa > 1:7721841/1‑71 (MQ=255) cAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTa < 1:244956/71‑1 (MQ=255) aaTCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtattt > 1:7069224‑M2/1‑60 (MQ=255) aTCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTAt > 1:1224959/1‑70 (MQ=255) cTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTa < 1:7623467/67‑1 (MQ=255) ttGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtat > 1:5051036‑M2/1‑54 (MQ=255) ttGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATAtt > 1:1630545/1‑71 (MQ=255) ttGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATAtt > 1:5086137/1‑71 (MQ=255) gTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTg > 1:5271865/1‑60 (MQ=255) gTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATAttt < 1:2230638/70‑1 (MQ=255) gTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATAttt < 1:125762/70‑1 (MQ=255) atatTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAAt < 1:6455932/70‑1 (MQ=255) tatTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGt < 1:3192748/71‑1 (MQ=255) ttGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtattt > 1:1383089‑M2/1‑46 (MQ=255) ttGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTaa < 1:6902688/71‑1 (MQ=255) tGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtatt < 1:6974201‑M2/49‑5 (MQ=255) tGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtatt < 1:4594045‑M2/49‑5 (MQ=255) tGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtatt < 1:7654986‑M2/49‑5 (MQ=255) tGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAAt > 1:5242367/1‑71 (MQ=255) gAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGa < 1:7822868/57‑1 (MQ=255) gAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAAtt > 1:5364000/1‑71 (MQ=255) gAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAAtt > 1:5189229/1‑71 (MQ=255) gAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAAtt > 1:3211503/1‑71 (MQ=255) aatcaaatcaATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTaa > 1:2895924/1‑68 (MQ=255) aatcaaatcaATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAAtt < 1:2368493/70‑1 (MQ=255) aatcaaatcaATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTg < 1:2018678/71‑1 (MQ=255) atcaaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGa > 1:2916730/1‑55 (MQ=255) atcaaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGa > 1:6068160/1‑55 (MQ=255) atcaaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGa > 1:3502086/1‑55 (MQ=255) atcaaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGa < 1:281822/71‑1 (MQ=255) atcaaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGa > 1:4132979/1‑71 (MQ=255) atcaaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGa < 1:6074968/71‑1 (MQ=255) atcaaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGa < 1:3399960/71‑1 (MQ=255) aaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAAt > 1:5269211/1‑65 (MQ=255) aaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACt < 1:1761217/70‑1 (MQ=255) aaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACt < 1:5428856/70‑1 (MQ=255) aaatcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTg < 1:3648060/71‑1 (MQ=255) atcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGAt < 1:4153785/71‑1 (MQ=255) tcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTAttttt > 1:1406170/1‑43 (MQ=255) tcaaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTAttttt > 1:4592949/1‑43 (MQ=255) aaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTAt < 1:677957/45‑1 (MQ=255) aaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTAt < 1:5951281/45‑1 (MQ=255) aaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGt < 1:7574756/57‑1 (MQ=255) aaTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAg < 1:3557512/70‑1 (MQ=255) aTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTa < 1:200909/57‑1 (MQ=255) aTGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGcc < 1:6404347/71‑1 (MQ=255) tGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCca > 1:3273447/1‑71 (MQ=255) tGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCca > 1:162282/1‑71 (MQ=255) gAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGat < 1:4798429/45‑1 (MQ=255) gAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGat < 1:2193224/45‑1 (MQ=255) aaaaTAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtattttcattgatttgattc > 1:166744‑M2/1‑30 (MQ=255) aaaaTAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtattttcattgatttgattc > 1:2531724‑M2/1‑30 (MQ=255) aaaaTAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAAtt < 1:6066704/57‑1 (MQ=255) aaaTAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGatat > 1:1123475/1‑45 (MQ=255) aaTAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTtattttcattgatttgattcaa < 1:3978991‑M2/50‑23 (MQ=255) tAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTaa < 1:4850653/46‑1 (MQ=255) aGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGa < 1:6074206/58‑1 (MQ=255) gATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGa > 1:6412192/1‑53 (MQ=255) gATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTc < 1:3105422/71‑1 (MQ=255) tgttgtCACATCAGTGATATTTtattttcattgatttgattcaatataa < 1:7724080‑M2/49‑28 (MQ=255) tgttgtCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCg < 1:2954440/71‑1 (MQ=255) tgttgtCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCg < 1:6922013/71‑1 (MQ=255) tgtCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCgtgt > 1:1145896/1‑71 (MQ=255) gtCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCgtgt < 1:7289553/70‑1 (MQ=255) tCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCgtgtg < 1:5318238/70‑1 (MQ=255) caacaTCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCgtgtgt < 1:1691897/69‑1 (MQ=255) caacaTCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCgtgtgt < 1:5829820/69‑1 (MQ=255) cacaTCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGt < 1:651253/39‑1 (MQ=255) cacaTCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGt < 1:4663137/39‑1 (MQ=255) cacaTCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGtgtgtg > 1:2407144/1‑71 (MQ=255) acaTCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTcc > 1:3325883/1‑63 (MQ=255) acaTCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTgg > 1:5874990/1‑71 (MQ=255) aTCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGAt > 1:1865102/1‑47 (MQ=255) tCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGa < 1:4360145/45‑1 (MQ=255) tCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGa < 1:1790091/45‑1 (MQ=255) tCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGa < 1:5768644/45‑1 (MQ=255) cAGTTATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGa < 1:4357151/44‑1 (MQ=255) cAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTaa > 1:3701432/1‑36 (MQ=255) cAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTAt > 1:5700580/1‑71 (MQ=255) atatTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCtttt < 1:7335839/71‑1 (MQ=255) atatTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCttt < 1:268179/70‑1 (MQ=255) atatTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCttt < 1:769272/70‑1 (MQ=255) tattttatttTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCttttt < 1:5623635/71‑1 (MQ=255) ttttattttTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCt < 1:6869923/65‑1 (MQ=255) tttattttTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTgg < 1:6344434/58‑1 (MQ=255) ttattttTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCcaca > 1:3107883/1‑42 (MQ=255) ttattttTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTAt > 1:3425414/1‑61 (MQ=255) ttattttTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATc > 1:5835842/1‑70 (MQ=255) ttattttTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATc > 1:3680069/1‑70 (MQ=255) ttattttTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATc > 1:3900479/1‑70 (MQ=255) | AATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATTTTTGTATGATATTTAATGTAATTGACTGATAGCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATC > W3110S.gb/4546503‑4546641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |