| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 41 (1.230) | 33/100 | NT | 95.3% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 2 (0.060) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
ATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCAC > W3110S.gb/3748741‑3748876 | aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:1481662‑M2/70‑4 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:2745783‑M2/71‑6 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg > 1:923049‑M2/1‑63 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:1482346‑M1/54‑71 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataac > 1:446113‑M1/51‑64 (MQ=255) tGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcc > 1:2916961‑M2/1‑57 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaact > 1:33263‑M2/1‑52 (MQ=255) tGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact > 1:2559055‑M2/1‑51 (MQ=255) 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1:1302643‑M1/34‑44 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg < 1:2246087‑M1/38‑1 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:796932‑M2/1‑42 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg < 1:2453645‑M2/71‑30 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:648044‑M1/33‑43 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa > 1:2114279‑M1/33‑66 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:1669289‑M2/71‑32 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:1243718‑M2/71‑32 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa > 1:1982376‑M1/31‑71 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtaattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGaagaa < 1:2795552‑M1/27‑3 (MQ=255) aGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc < 1:625234‑M2/44‑9 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:576901‑M2/1‑9 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:1006349‑M2/53‑47 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:846778/1‑52 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAg > 1:2528838/1‑71 (MQ=255) ataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg > 1:1054317‑M2/1‑6 (MQ=255) ataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:1168936‑M2/50‑45 (MQ=255) taacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:2998949/49‑1 (MQ=255) aaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtt < 1:2625321‑M2/71‑68 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt < 1:110097/37‑1 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1894569‑M2/1‑3 (MQ=255) caataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCAc > 1:2081478/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |