| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | 1298934 = | 52 (1.000) | 6 (0.130) | 4/88 | NT | 11.1% | coding (142/546 nt) | cobU | bifunctional cobinamide kinase and cobinamide phosphate guanylyltransferase |
| ? | minE | 1298968 = | 51 (1.140) | coding (108/546 nt) | cobU | bifunctional cobinamide kinase and cobinamide phosphate guanylyltransferase | |||||
CTGCATGAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCTGTGAA > minE/1298865‑1299004 | agtcgccacgcagaggcgcttattggggactcttcacaggttctgtatatcgctacctcgcaaatccttg‑‑‑a > 1:3792072‑M1/70‑71 (MQ=255) tGCATGAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCg‑‑‑at > 1:1631934/1‑71 (MQ=255) tGCATGAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCg‑‑‑at > 1:2020225/1‑71 (MQ=255) cATGAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCg‑‑‑atg < 1:1870886/70‑1 (MQ=255) aTGAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCg‑‑‑at > 1:2209250/1‑68 (MQ=255) tGAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑atgatg > 1:2494331/1‑71 (MQ=255) gAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCg‑‑‑atg < 1:1473582/67‑1 (MQ=255) cacgcagaggcgcttattggggactcttcacaggttctgtatatcgctacctcgcaaatccttg‑‑‑atgat < 1:225205‑M1/6‑1 (MQ=255) acgcagaggcgcttattggggactcttcacaggttctgtatatcgctacctcgcaaatccttg‑‑‑atgat < 1:1570494‑M1/6‑1 (MQ=255) aattaattCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGtt > 1:1894956/1‑71 (MQ=255) attaattCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCg‑‑‑at < 1:2850463/64‑1 (MQ=255) cagaggcgcttattggggactcttcacaggttctgtatatcgctacctcgcaaatccttg < 1:453037‑M1/1‑1 (MQ=255) attCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCGCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTAt < 1:3150895/70‑1 (MQ=255) ttCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑atgatg > 1:3202624/1‑63 (MQ=255) catcaAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCg < 1:642354/70‑1 (MQ=255) tcaAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGc < 1:2127728/71‑1 (MQ=255) tcaAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGc < 1:3746728/71‑1 (MQ=255) aaGATGTTGCCAGAGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCAGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAg > 1:1558206/1‑71 (MQ=255) gATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATc > 1:3117548/1‑62 (MQ=255) aTGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCa > 1:3829498/1‑71 (MQ=255) tGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCg > 1:1263276/1‑62 (MQ=255) ttGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGt < 1:1026659/61‑1 (MQ=255) ttGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCAtc > 1:1190980/1‑70 (MQ=255) tGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGGCg‑‑‑atg < 1:12579/47‑1 (MQ=255) tGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑atgatg > 1:3418779/1‑50 (MQ=255) cAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtca < 1:1364548/69‑1 (MQ=255) aGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTAt < 1:2506549/52‑1 (MQ=255) ttcacaggttctgtatatcgctacctcgcaaatccttg‑‑‑atg < 1:13744‑M1/4‑1 (MQ=255) cgcTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatcatc < 1:1835743/71‑1 (MQ=255) tCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCAtctc < 1:454993/62‑1 (MQ=255) tCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatcatc < 1:2281239/68‑1 (MQ=255) acaggttctgtatatcgctacctcgcaaatcctcG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatcatc > 1:1613884‑M1/35‑68 (MQ=255) caggttctgtatatcgctacctcgcaaatccttGCCGATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatcatc > 1:1297150‑M1/34‑70 (MQ=255) cACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTc > 1:3178632/1‑42 (MQ=255) cACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAgg < 1:1268655/70‑1 (MQ=255) cACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAg < 1:1075605/69‑1 (MQ=255) aCTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGAt < 1:932948/71‑1 (MQ=255) aCTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGAt < 1:463799/71‑1 (MQ=255) gttctgtatatcgctacctcgcaaatccttG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtca > 1:1068770‑M1/31‑59 (MQ=255) cTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTc < 1:2241568/40‑1 (MQ=255) tctgtatatcgctacctcgcaaatccttG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatc < 1:431105‑M1/31‑1 (MQ=255) gtgCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTa > 1:1471067/1‑40 (MQ=255) gtgCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTa > 1:2899924/1‑40 (MQ=255) tgCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGc > 1:2820125/1‑71 (MQ=255) tgCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGc > 1:3244137/1‑71 (MQ=255) gcgcCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGAttt < 1:2971220/68‑1 (MQ=255) cAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtca > 1:468518/1‑51 (MQ=255) cAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAgg > 1:3451084/1‑70 (MQ=255) cAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGt < 1:3504318/71‑1 (MQ=255) aGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAgg > 1:3501870/1‑69 (MQ=255) gTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGc > 1:798386/1‑39 (MQ=255) tGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGc > 1:3464705/1‑71 (MQ=255) cTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGa < 1:1944846/71‑1 (MQ=255) cTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGa < 1:500441/71‑1 (MQ=255) tCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatcatca < 1:1525876/51‑1 (MQ=255) tCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatcatca < 1:3690829/51‑1 (MQ=255) ccGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatca > 1:1292905/1‑47 (MQ=255) cGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGatat < 1:2528610/71‑1 (MQ=255) ggcggcCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGt > 1:3709331/1‑61 (MQ=255) ggcggcCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTa > 1:3624897/1‑62 (MQ=255) ggcggcCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATAc < 1:2092134/71‑1 (MQ=255) gcggcCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATATCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAg > 1:1957809/1‑62 (MQ=255) ggcCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCTGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGa < 1:547055/71‑1 (MQ=255) ggcCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGa < 1:1419930/71‑1 (MQ=255) gcCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGaa > 1:2937247/1‑71 (MQ=255) ccTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAAc < 1:662801/71‑1 (MQ=255) ccTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAAc > 1:3219982/1‑71 (MQ=255) ccTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCACCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCg < 1:599474/60‑1 (MQ=255) atccttG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatc < 1:677655‑M1/31‑1 (MQ=255) atccttG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCtcatc < 1:3224661‑M1/31‑1 (MQ=255) ttGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGata > 1:3901856/1‑61 (MQ=255) ttGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCt > 1:1866850/1‑71 (MQ=255) tGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtg > 1:1542342/1‑71 (MQ=255) gCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGAtt > 1:60813/1‑44 (MQ=255) gCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGt > 1:1605624/1‑52 (MQ=255) gCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGaa > 1:2261145/1‑66 (MQ=255) gCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgt > 1:2850177/1‑71 (MQ=255) gCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgt > 1:391316/1‑71 (MQ=255) gCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgt > 1:2165102/1‑71 (MQ=255) gCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgt > 1:3179705/1‑71 (MQ=255) gCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCt < 1:2851774/69‑1 (MQ=255) ccG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgtg < 1:1133746/71‑1 (MQ=255) ccG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgt < 1:1434435/70‑1 (MQ=255) ccG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgt < 1:461570/70‑1 (MQ=255) ccG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgt < 1:3052809/70‑1 (MQ=255) ccG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgt < 1:1860232/70‑1 (MQ=255) cG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCtgtg > 1:3268401/1‑70 (MQ=255) G‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCTGTGaa > 1:2573297‑M1/1‑71 (MQ=255) | CTGCATGAATTAATTCATCAAGATGTTGCCAGCGCTCCACTGTGCGCCAGTGCTCCGGGCGGCCTTGCCG‑‑‑ATGATGTTCTATCCGTGCAGCCATCTCATCATCAAGGATTTGCGAGGTAGCGATATACAGAACCTGTGAA > minE/1298865‑1299004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |