| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | 1262029 = | 29 (0.560) | 4 (0.090) | 3/92 | NT | 13.5% | coding (20/1101 nt) | torY | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit |
| ? | minE | 1262049 = | 25 (0.530) | intergenic (‑1/+387) | torY/cutC | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit/copper homeostasis protein | |||||
TAACCCGCCGCCACCAACCACAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTG > minE/1261980‑1262119 | attaaatatacaacgatttcggtgtccagtaatttaattagaggaatctATGCGTTTTTTCCCTCGCATa > 1:124168‑M1/50‑70 (MQ=255)attaaatatacaacgatttcggtgtccagtaatttaattagaggaatctATGCGTTTTTTCCCTCGCATa > 1:2185947‑M1/50‑70 (MQ=255) aaCCCGCCGCCACCAACCACAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATa > 1:3022474/1‑69 (MQ=255) aCCCGCCGCCACCAACCACAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTTCCTCGCATAGAt > 1:2679248/1‑71 (MQ=255) aCCCGCCGCCACCAACCACAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGAt < 1:2181753/71‑1 (MQ=255) gccgccACCAACCACAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCct > 1:1719755/1‑71 (MQ=255) caccaACCACAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTaat > 1:440402/1‑71 (MQ=255) ccaaccaCAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTaatta < 1:3451267/71‑1 (MQ=255) accaCAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTc > 1:1211755/1‑59 (MQ=255) accaCAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTaattaaat > 1:1537780/1‑71 (MQ=255) acaACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTAc < 1:311882/71‑1 (MQ=255) caACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACt > 1:2628452/1‑71 (MQ=255) gCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGaca > 1:344736/1‑71 (MQ=255) cTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGaca > 1:1403515/1‑70 (MQ=255) aGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTaattaaa > 1:3384287/1‑55 (MQ=255) aGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGaaa > 1:3194509/1‑71 (MQ=255) aaaaCAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTg < 1:3635984/57‑1 (MQ=255) aaCAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTg < 1:827596/71‑1 (MQ=255) aaCAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTg < 1:1431006/71‑1 (MQ=255) aaCAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTg < 1:2728966/71‑1 (MQ=255) aaTAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGta > 1:2077031/1‑70 (MQ=255) aCCCAATTCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAAtt < 1:2307389/71‑1 (MQ=255) ccAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAAt < 1:1513615/57‑1 (MQ=255) tatgcgagggaaaaaacgcatAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCGTTGTATATTtaat > 1:2185947‑M2/22‑69 (MQ=255) tatgcgagggaaaaaacgcatAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCGTTGTATATTtaat > 1:124168‑M2/22‑69 (MQ=255) aaTGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTaaa > 1:2986213/1‑70 (MQ=255) aaTGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTaaa > 1:331292/1‑70 (MQ=255) tgcgagggaaaaaacgcatAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTaaa < 1:929246‑M2/49‑1 (MQ=255) CGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTAc < 1:1774436‑M1/38‑1 (MQ=255) CGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTaaa < 1:2953252‑M1/66‑1 (MQ=255) GTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACa > 1:434113‑M1/1‑71 (MQ=255) tttttCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGa < 1:1303523/45‑1 (MQ=255) tttttCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGa < 1:2645759/45‑1 (MQ=255) tttttCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGa < 1:3158879/45‑1 (MQ=255) gggaaaaaacgcatAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCAtt > 1:1198570‑M2/15‑52 (MQ=255) tttCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg > 1:1239896/1‑70 (MQ=255) tttCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg > 1:3787564/1‑70 (MQ=255) tCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGa < 1:1522399/41‑1 (MQ=255) cccTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCg > 1:778315/1‑39 (MQ=255) cccTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCg > 1:1654087/1‑39 (MQ=255) cccTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCg > 1:3247105/1‑39 (MQ=255) cccTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAAt < 1:2912752/70‑1 (MQ=255) ccTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAAtt < 1:1706238/70‑1 (MQ=255) gcatAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCa > 1:3593909‑M2/5‑40 (MQ=255) gcatAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCa > 1:61061‑M2/5‑40 (MQ=255) catAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTaa > 1:2901881‑M2/4‑67 (MQ=255) catAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGc < 1:2851766‑M2/68‑1 (MQ=255) atAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGta < 1:1105262‑M2/41‑1 (MQ=255) tAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAGATCATTGTATAAtt < 1:3424225‑M2/46‑1 (MQ=255) tAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCg < 1:3550653‑M2/67‑1 (MQ=255) tAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCtt > 1:866965‑M2/2‑71 (MQ=255) tAGATTACTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCAtt > 1:741521‑M2/2‑39 (MQ=255) aGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAAc > 1:3569700/1‑65 (MQ=255) aGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTg > 1:2361306/1‑71 (MQ=255) | TAACCCGCCGCCACCAACCACAACCGCTATCAGCAAAAACAATAACCCAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTG > minE/1261980‑1262119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |