| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | = 2041126 | 94 (1.590) | 9 (0.170) | 3/90 | NT | 9.7% | intergenic (+173/‑219) | yqiH/yqiI | predicted periplasmic pilin chaperone/conserved hypothetical protein |
| ? | minE | = 2041151 | 84 (1.610) | intergenic (+198/‑194) | yqiH/yqiI | predicted periplasmic pilin chaperone/conserved hypothetical protein | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GAAAAAGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTT > minE/2041056‑2041195 | aaaaaGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACg > 1:3457639/1‑71 (MQ=255) aaaaaGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACg < 1:3577599/71‑1 (MQ=255) aaaaGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACg < 1:419775/70‑1 (MQ=255) aaaGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCt > 1:2647320/1‑71 (MQ=255) aaaGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCt > 1:1759798/1‑71 (MQ=255) ttGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGt < 1:329665/71‑1 (MQ=255) gAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTta > 1:425556/1‑71 (MQ=255) aaaTCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTta < 1:840055/70‑1 (MQ=255) aaTCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTtata > 1:173877/1‑71 (MQ=255) aaTCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTtata > 1:158039/1‑71 (MQ=255) aTCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTatat > 1:1496300/1‑71 (MQ=255) tCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATc > 1:1571748/1‑71 (MQ=255) aTTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCgg < 1:3650328/71‑1 (MQ=255) aTTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCgg < 1:1273869/71‑1 (MQ=255) aTTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCg > 1:2200712/1‑70 (MQ=255) aTTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCg < 1:3165162/70‑1 (MQ=255) tCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACcccatttgttccgata > 1:2939386‑M1/1‑54 (MQ=255) tCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACcccatttgttccgata > 1:260197‑M1/1‑54 (MQ=255) tAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGtt < 1:2842922/59‑1 (MQ=255) tAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGtt < 1:2737000/59‑1 (MQ=255) tAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACa > 1:3383132/1‑70 (MQ=255) tAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACa < 1:2193728/70‑1 (MQ=255) tAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACa > 1:3193283/1‑70 (MQ=255) aGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTgg > 1:1907700/1‑55 (MQ=255) aGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGa > 1:2956728/1‑66 (MQ=255) aGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGa > 1:2302654/1‑66 (MQ=255) aGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGa > 1:1122967/1‑66 (MQ=255) aGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGa > 1:1884203/1‑66 (MQ=255) aGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGa > 1:2548670/1‑66 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1:2371021/70‑1 (MQ=255) gATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGt < 1:3242687/71‑1 (MQ=255) aTCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGtt < 1:1609615/71‑1 (MQ=255) tCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTa < 1:3383907/71‑1 (MQ=255) cGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTAc > 1:1632023/1‑70 (MQ=255) gCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACca < 1:2183250/71‑1 (MQ=255) gCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACca < 1:1386354/71‑1 (MQ=255) tttAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATgg < 1:1081274/53‑1 (MQ=255) tttAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACcac > 1:495057/1‑70 (MQ=255) cAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGc < 1:854603/71‑1 (MQ=255) aaTAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATg < 1:2878962/46‑1 (MQ=255) aaTAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATg < 1:1312636/46‑1 (MQ=255) aTAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCgg > 1:1436871/1‑37 (MQ=255) aTAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCgg > 1:1399487/1‑37 (MQ=255) aTAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCgg > 1:1843432/1‑37 (MQ=255) tAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCaaa < 1:2083881/71‑1 (MQ=255) aTGCCTTATCACGTTACcccatttgttccgatataacccagcgta < 1:623108‑M1/45‑29 (MQ=255) aTGCCTTATCACGTTACcccatttgttccgatataacccagcgta < 1:264525‑M1/45‑29 (MQ=255) aTGCCTTATCACGTTACcccatttgttccgatataacccagcgta < 1:1000554‑M1/45‑29 (MQ=255) aTGCCTTATCACGTTACcccatttgttccgatataacccagcgta < 1:1713768‑M1/45‑29 (MQ=255) tGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTa < 1:1392151/71‑1 (MQ=255) ccTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAAt > 1:1474273/1‑71 (MQ=255) ttATCACGTTACGCTGGGTTATGTCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAg > 1:3300725/1‑63 (MQ=255) ttATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAg > 1:1826154/1‑63 (MQ=255) ttATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAg > 1:240419/1‑63 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACcaca > 1:3070052/1‑53 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACcaca > 1:457432/1‑53 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATgg > 1:296224/1‑70 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATgg > 1:3347467/1‑70 (MQ=255) aTCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGt < 1:1119709/70‑1 (MQ=255) aTCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGt < 1:1853437/70‑1 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgt > 1:655064‑M2/1‑34 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgt > 1:3715513‑M2/1‑34 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgt > 1:1970548‑M2/1‑34 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTa < 1:2477212/70‑1 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTa < 1:1239738/70‑1 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTa < 1:3709297/70‑1 (MQ=255) aCGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaa < 1:644377‑M2/36‑5 (MQ=255) cGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCt < 1:1855904/59‑1 (MQ=255) cGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCt < 1:344751/59‑1 (MQ=255) cGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCt < 1:2464273/59‑1 (MQ=255) gTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcatcttattgttaaagcggatcg > 1:710070‑M2/1‑30 (MQ=255) ttACcccatttgttccgatataacccagcgtaacgtgataaggcatcttattgttaaagcggatcgaaccg < 1:218853‑M1/71‑68 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:1000554‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:3219835‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:1713768‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:623108‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:264525‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCaaa > 1:241753/1‑53 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCaaa > 1:1984132/1‑53 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt > 1:812619/1‑71 (MQ=255) aCcccatttgttccgatataacccagcgtaacgtga > 1:3715513‑M1/1‑2 (MQ=255) aCcccatttgttccgatataacccagcgtaacgtga > 1:655064‑M1/1‑2 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTa < 1:3501572/39‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:1582255/70‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:3283139/70‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:3305940/70‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:3192773/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |