| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | = 2041126 | 94 (1.590) | 9 (0.170) | 3/90 | NT | 9.7% | intergenic (+173/‑219) | yqiH/yqiI | predicted periplasmic pilin chaperone/conserved hypothetical protein |
| ? | minE | = 2041151 | 84 (1.610) | intergenic (+198/‑194) | yqiH/yqiI | predicted periplasmic pilin chaperone/conserved hypothetical protein | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTAAA > minE/2041081‑2041220 | aTGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATggg > 1:2031864/1‑71 (MQ=255) cGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaa < 1:218853‑M2/71‑5 (MQ=255) ttCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGa < 1:434066/71‑1 (MQ=255) cGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGAt < 1:3291396/70‑1 (MQ=255) cGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATg > 1:1333299/1‑71 (MQ=255) cGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATg > 1:760746/1‑71 (MQ=255) cGATCCGCTTTAACAATAAGATGACTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGAt < 1:2371021/70‑1 (MQ=255) gATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGt < 1:3242687/71‑1 (MQ=255) aTCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGtt < 1:1609615/71‑1 (MQ=255) tCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTa < 1:3383907/71‑1 (MQ=255) cGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTAc > 1:2634988/1‑70 (MQ=255) cGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTAc > 1:1632023/1‑70 (MQ=255) gCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACca < 1:2183250/71‑1 (MQ=255) gCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACca < 1:1386354/71‑1 (MQ=255) ttAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACcaca > 1:1656488/1‑70 (MQ=255) cAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGc < 1:854603/71‑1 (MQ=255) cAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGCAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGc < 1:57179/71‑1 (MQ=255) tAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCaaa < 1:2083881/71‑1 (MQ=255) tAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCaaa < 1:3370009/71‑1 (MQ=255) tGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCt > 1:368342/1‑69 (MQ=255) tGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTa < 1:1392151/71‑1 (MQ=255) ccTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTaa < 1:1604125/70‑1 (MQ=255) ccTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAAt > 1:1474273/1‑71 (MQ=255) ttATCACGTTACGCTGGGTTATGTCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAg > 1:3300725/1‑63 (MQ=255) ttATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAg > 1:240419/1‑63 (MQ=255) ttATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAg > 1:1826154/1‑63 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACcaca > 1:3070052/1‑53 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACcaca > 1:457432/1‑53 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACaa < 1:221670/54‑1 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATgg > 1:296224/1‑70 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATgg > 1:3347467/1‑70 (MQ=255) tATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATgg > 1:2416958/1‑70 (MQ=255) aTCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGt < 1:1853437/70‑1 (MQ=255) aTCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGt < 1:1119709/70‑1 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgt > 1:1970548‑M2/1‑34 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgt > 1:3715513‑M2/1‑34 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgt > 1:655064‑M2/1‑34 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTaa > 1:897604/1‑71 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTa < 1:2477212/70‑1 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTa < 1:1239738/70‑1 (MQ=255) tCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTa < 1:3709297/70‑1 (MQ=255) aCGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaa < 1:644377‑M2/36‑5 (MQ=255) cGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCt < 1:2464273/59‑1 (MQ=255) cGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCt < 1:344751/59‑1 (MQ=255) cGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCt < 1:1855904/59‑1 (MQ=255) cGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCATAATGGTAAccc > 1:2472714/1‑71 (MQ=255) ttACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGc < 1:1119461/51‑1 (MQ=255) ttACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCt < 1:1359082/71‑1 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:1000554‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:264525‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:3219835‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcat < 1:623108‑M2/45‑18 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCaaa > 1:1984132/1‑53 (MQ=255) tACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt > 1:812619/1‑71 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTa < 1:3501572/39‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:2632977/70‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:3663366/70‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:3283139/70‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:1582255/70‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCtt < 1:3192773/70‑1 (MQ=255) cGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCttt < 1:3067222/70‑1 (MQ=255) gCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTaa > 1:1551817/1‑62 (MQ=255) cTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTa > 1:2755125/1‑70 (MQ=255) tGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTa > 1:2764474/1‑69 (MQ=255) tGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTa > 1:867773/1‑69 (MQ=255) ggTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCa < 1:2112236/44‑1 (MQ=255) tataTCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATg > 1:1179871/1‑70 (MQ=255) tataTCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATg > 1:9081/1‑70 (MQ=255) atatCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGc > 1:940072/1‑70 (MQ=255) atatCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGc > 1:938460/1‑70 (MQ=255) atatCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGc > 1:3081272/1‑70 (MQ=255) atatCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGc > 1:211147/1‑70 (MQ=255) tatCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcatcttattgttaaagcggatcgaaccgtcatttctacga > 1:415324‑M2/1‑16 (MQ=255) tatCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcatcttattgttaaagcggatcgaaccgtcatttctacga > 1:260197‑M2/1‑16 (MQ=255) tatCGGAACAAATGGGgtaacgtgataaggcatcttattgttaaagcggatcgaaccgtcatttctacga > 1:2939386‑M2/1‑16 (MQ=255) tatCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCa < 1:3300076/70‑1 (MQ=255) tatCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCa < 1:3190255/70‑1 (MQ=255) atCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCa < 1:3320855/38‑1 (MQ=255) atCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAAt < 1:1832882/47‑1 (MQ=255) atCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAAt < 1:2586806/47‑1 (MQ=255) atCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAAt < 1:627461/47‑1 (MQ=255) atCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAAt < 1:1763149/47‑1 (MQ=255) tCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTCTGCaaa < 1:474742/70‑1 (MQ=255) cGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAAt > 1:2827990/1‑70 (MQ=255) cGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATa > 1:3280190/1‑71 (MQ=255) ggAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCt < 1:288602/61‑1 (MQ=255) ggAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCt < 1:685390/61‑1 (MQ=255) gAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACg > 1:663869/1‑71 (MQ=255) gAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACg < 1:1637312/71‑1 (MQ=255) cAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTa < 1:68496/58‑1 (MQ=255) cAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTa < 1:3361250/58‑1 (MQ=255) cAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTa < 1:3379708/58‑1 (MQ=255) aaTGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATg > 1:3696986/1‑58 (MQ=255) aaTGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGtt > 1:1541501/1‑71 (MQ=255) aaTGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGt > 1:2579897/1‑70 (MQ=255) aaTGGCGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATg > 1:3500653/1‑58 (MQ=255) aTGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGttt < 1:1922879/71‑1 (MQ=255) aTGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGttt < 1:93558/71‑1 (MQ=255) ggggTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTa > 1:538690/1‑70 (MQ=255) ggTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTaaa > 1:114973/1‑70 (MQ=255) | ATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTAAA > minE/2041081‑2041220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |