| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 315707 | NA (NA) | 55 (1.430) | 35/98 | NT | 100% | coding (654/687 nt) | ykgA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| ? | W3110S.gb | 576911 = | 0 (0.000) | coding (76/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TCCATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATG > W3110S.gb/576841‑576981 | cctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaa < 1:2037755‑M2/1‑1 (MQ=255)cctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaa < 1:1712426‑M2/1‑1 (MQ=255) ctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaa > 1:534877‑M2/70‑70 (MQ=255) ctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaAc < 1:3050401‑M2/2‑1 (MQ=255) catcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCAc < 1:612285/70‑1 (MQ=255) cagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaAc > 1:3601442‑M2/68‑69 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:1927489‑M2/1‑69 (MQ=255) agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt < 1:1759795‑M2/3‑1 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:3199100‑M2/1‑67 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGccc > 1:2846605‑M2/63‑70 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGccc > 1:2922051‑M2/63‑70 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:2763787‑M2/70‑7 (MQ=255) caatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTgg < 1:1171872‑M2/14‑1 (MQ=255) aaaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt < 1:3602062‑M2/61‑2 (MQ=255) aaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacc < 1:3204950‑M2/69‑11 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:65563‑M2/1‑55 (MQ=255) gaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACg < 1:2867155‑M2/19‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaat > 1:1382530‑M2/1‑54 (MQ=255) gTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaat > 1:2620589‑M2/1‑54 (MQ=255) aaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa < 1:3414030‑M2/20‑1 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtg > 1:877827‑M2/1‑50 (MQ=255) acaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCaa > 1:1300233‑M2/48‑57 (MQ=255) caagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaa > 1:520058‑M2/47‑47 (MQ=255) caagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg > 1:791841‑M2/47‑50 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:242219‑M2/1‑44 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGAATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacg < 1:922331‑M2/71‑28 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:3040259‑M2/1‑41 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat > 1:1043710‑M2/1‑41 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:2221513‑M2/1‑41 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:2322854‑M2/18‑1 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:1285484‑M2/39‑71 (MQ=255) cgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa > 1:2028038‑M2/38‑57 (MQ=255) cgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtg > 1:335486‑M2/38‑71 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:1228058‑M2/70‑32 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:3700735‑M2/45‑7 (MQ=255) gcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtgt < 1:2591203‑M2/35‑1 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:2211255‑M2/1‑38 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct > 1:251319‑M2/1‑38 (MQ=255) cttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTc < 1:846338‑M2/36‑1 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:3270126‑M2/1‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:2065946‑M2/1‑35 (MQ=255) ccgGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:1195414‑M2/2‑35 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAgg < 1:304347‑M2/32‑1 (MQ=255) gAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:1900930‑M2/1‑32 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg > 1:626985‑M2/29‑59 (MQ=255) aGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagt > 1:835406‑M2/1‑31 (MQ=255) tgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:1756069‑M2/18‑1 (MQ=255) tgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:926447‑M2/28‑1 (MQ=255) gCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:2879643‑M2/1‑30 (MQ=255) gtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcata > 1:2303366‑M2/27‑71 (MQ=255) gtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcata > 1:2298989‑M2/27‑71 (MQ=255) gtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcata > 1:1158291‑M2/27‑71 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa > 1:1581702‑M2/26‑45 (MQ=255) aTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacaagcggctaagtga < 1:195610‑M2/65‑39 (MQ=255) aTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:3435941‑M2/1‑27 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa > 1:444649‑M2/24‑53 (MQ=255) tGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggaaacgcggctaagtgagtaaactc < 1:2787062‑M2/71‑47 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactc < 1:1749061‑M2/70‑47 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaa < 1:1731647‑M2/67‑44 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:1363923‑M2/1‑24 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcgg < 1:3300963‑M2/54‑31 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccag < 1:371517‑M2/37‑14 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa > 1:2475084‑M2/22‑51 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa > 1:2019819‑M2/22‑51 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:1805107‑M2/22‑71 (MQ=255) cTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct > 1:538949‑M2/1‑23 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:1438489‑M2/28‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccatac > 1:1658962‑M2/20‑70 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa < 1:3144175‑M2/52‑1 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa > 1:3694487‑M2/19‑48 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1069611‑M2/18‑69 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt > 1:1553504‑M2/1‑20 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:1424397‑M2/1‑18 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGa < 1:1194807‑M2/56‑1 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:2705972‑M2/1‑17 (MQ=255) gtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:4612‑M2/14‑71 (MQ=255) tCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagag > 1:294608‑M2/1‑15 (MQ=255) gggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:1966371‑M2/12‑69 (MQ=255) cAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagagg < 1:1896497‑M2/71‑58 (MQ=255) ggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAtt < 1:1800338‑M2/60‑1 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa < 1:2534988‑M2/52‑1 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgt < 1:1262582‑M2/62‑1 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt > 1:2112103‑M2/1‑11 (MQ=255) taggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgtt > 1:2843228‑M2/9‑71 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:1557198‑M2/1‑9 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:1962372‑M2/41‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:2757396‑M2/5‑71 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:2359240‑M2/5‑71 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATAACATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:750118‑M2/5‑71 (MQ=255) tCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactcaca > 1:3552255‑M2/1‑5 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:3347348‑M2/3‑45 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:1380049‑M2/3‑71 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:1683880‑M2/3‑71 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:2451239‑M2/3‑71 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:1058526‑M2/3‑71 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTAAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTAt > 1:1854268‑M2/2‑71 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagag < 1:711346‑M2/59‑57 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa < 1:3176566‑M2/37‑35 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa < 1:3172298‑M2/37‑35 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATg < 1:1112239/71‑1 (MQ=255) | TCCATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATG > W3110S.gb/576841‑576981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |