| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 3 (0.080) | 40 (1.070) | 23/94 | NT | 93.4% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
GCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018642‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG > W3110S.gb/2519723‑2519792 GCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCC < 1:1096854/71‑1 GACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCA > 1:93493/1‑71 ACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCA > 1:3139645/1‑70 GCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGC > 1:2959215/1‑71 CGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCT < 1:2327223/71‑1 GAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACT > 1:3436672/1‑71 GAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCA > 1:48171/1‑59 AGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTT < 1:2854482/71‑1 CGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGG > 1:884927/1‑71 TCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGT < 1:3630776/68‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT > 1:1276325/1‑71 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:1256236/71‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT > 1:793597/1‑71 GGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:3652985/66‑1 GGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:2872949/66‑1 GGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAG < 1:3813199/45‑1 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTA > 1:1770999/1‑64 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAA > 1:1343511/1‑41 GACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAA > 1:2121651/1‑41 ACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:3112686/1‑71 ACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTG < 1:2448839/58‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTT > 1:3287978/1‑55 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGG > 1:1357930/1‑53 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTT < 1:1229833/48‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTA < 1:1944199/44‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTA < 1:2847594/44‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTA < 1:2842986/44‑1 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCGATAAGCGCTAACTTA > 1:1056076/1‑47 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATA > 1:1885040/1‑71 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATA > 1:957506/1‑71 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAAC > 1:1015659/1‑44 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG < 1:2632900/71‑1 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTT < 1:782797/44‑1 AGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGT < 1:542669/52‑1 CCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG > 1:754607/1‑52 CGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT < 1:1397649/71‑1 CGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT < 1:1521481/71‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT < 1:2488292/65‑1 ATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACG < 1:2885490/68‑1 ATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACG < 1:1150258/68‑1 ATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACG < 1:1158179/68‑1 GTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGT > 1:3155487/1‑35 TGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:1502328/71‑1 TGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:775657/71‑1 GGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATT < 1:1625255/70‑1 GGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATT < 1:358716/70‑1 GGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTA > 1:1807537/1‑36 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > 1:3243934/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:1506195/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:3271248/63‑1 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:861491/63‑1 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGA > 1:1817798/1‑61 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGA > 1:667316/1‑61 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGA > 1:2122334/1‑61 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGA > 1:2117891/1‑61 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG > 1:2292710/1‑60 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA > 1:3847954/1‑50 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC < 1:3149583/71‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:1230103/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:795605/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:1209640/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > 1:440056/1‑66 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT > 1:1660117/1‑47 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT > 1:3317245/1‑47 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG < 1:2946658/43‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG < 1:1989006/71‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA > 1:220352/1‑48 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA > 1:1029487/1‑47 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG < 1:158736/42‑1 GCGACACTGGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018642‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG > W3110S.gb/2519723‑2519792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |