New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 3 (0.080) | 40 (1.070) | 23/94 | NT | 93.4% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase |
GTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTC > W3110S.gb/2519653‑2519787 | gtgtGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCa < 1:1517109/71‑1 (MQ=255) tgtgCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCAt < 1:1610132/71‑1 (MQ=255) tgCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATa < 1:838588/70‑1 (MQ=255) gCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATa < 1:1029608/62‑1 (MQ=255) aaTCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 1:1629171/71‑1 (MQ=255) tCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAggg > 1:75902/1‑71 (MQ=255) cTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:1483280/69‑1 (MQ=255) ggTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:1776332/1‑70 (MQ=255) ggTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:2463363/1‑70 (MQ=255) gtacTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt < 1:1387565/67‑1 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:2208713/69‑1 (MQ=255) gCTGTAAGACGATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCGCATAAGCGCTAACtt < 1:3648294/53‑1 (MQ=38) aCCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTaa > 1:3580875/1‑47 (MQ=255) atacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAt > 1:51477/1‑71 (MQ=255) tacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTaa > 1:132406/1‑38 (MQ=255) acataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt < 1:297416/46‑1 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:2468402/1‑55 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt < 1:667604/70‑1 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt > 1:3764832/1‑70 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCATGATATGAttt > 1:3084727/1‑70 (MQ=255) aaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGa < 1:877780/57‑1 (MQ=255) aaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTg > 1:2980556/1‑71 (MQ=255) aaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTg < 1:2557259/71‑1 (MQ=255) aaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATATAACGTg > 1:2981911/1‑71 (MQ=255) aGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGcc > 1:3503239/1‑70 (MQ=255) aGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGcc > 1:1867614/1‑70 (MQ=255) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:2907360/1‑35 (MQ=255) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:2528610/1‑35 (MQ=255) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGa < 1:2058937/45‑1 (MQ=40) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGa < 1:798400/45‑1 (MQ=40) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAt > 1:2514720/1‑64 (MQ=37) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAc > 1:2540574/1‑71 (MQ=35) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAc < 1:844473/71‑1 (MQ=35) aaTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAct > 1:176093/1‑71 (MQ=34) aTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:3100795/1‑40 (MQ=37) aTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActc > 1:62983/1‑71 (MQ=32) | GTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTC > W3110S.gb/2519653‑2519787 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |