| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 3 (0.080) | 40 (1.070) | 23/94 | NT | 93.4% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTC > W3110S.gb/2018501‑2018640 | cgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg < 1:1989006‑M1/1‑1 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:3149583‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:1230103‑M1/70‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:1506195‑M1/69‑71 (MQ=255) ccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 1:2002018/1‑71 (MQ=255) ccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 1:2496957/1‑71 (MQ=255) ccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 1:3760258/1‑71 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:2930034/1‑70 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg < 1:829516/71‑1 (MQ=255) agtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:440056‑M1/65‑66 (MQ=255) agtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGAt > 1:3243934‑M1/65‑71 (MQ=255) aattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATcc < 1:1625255‑M1/9‑1 (MQ=255) aattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATcc < 1:358716‑M1/9‑1 (MQ=255) attcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg < 1:861491‑M1/3‑1 (MQ=255) attcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg < 1:3271248‑M1/3‑1 (MQ=255) attcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCa < 1:775657‑M1/11‑1 (MQ=255) attcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCa < 1:1502328‑M1/11‑1 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:667316‑M1/59‑61 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:2117891‑M1/59‑61 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:2122334‑M1/59‑61 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:1817798‑M1/59‑61 (MQ=255) tGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCAC > 1:161623‑M1/1‑70 (MQ=255) tGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCAC > 1:2739617‑M1/1‑70 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:2292710‑M1/58‑60 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat < 1:1065028‑M1/71‑3 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa > 1:3600866‑M1/1‑69 (MQ=255) tgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgc > 1:3550350‑M1/1‑62 (MQ=255) cgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCAt < 1:1150258‑M1/19‑1 (MQ=255) cgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCAt < 1:1158179‑M1/19‑1 (MQ=255) ttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:3847954‑M1/48‑50 (MQ=255) ttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg > 1:220352‑M1/48‑48 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgcta < 1:2308543‑M1/70‑11 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg > 1:1029487‑M1/47‑47 (MQ=255) atgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg < 1:2339864/49‑1 (MQ=255) tgatATGCTCGTCGCAACTTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg < 1:3713555/71‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:1660117‑M1/46‑47 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATc < 1:2488292‑M1/20‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg < 1:1521481‑M1/26‑1 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:1903231‑M1/1‑57 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:2119448‑M1/1‑57 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:2588992‑M1/1‑57 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:3211751‑M1/71‑16 (MQ=255) catatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:2946658‑M1/2‑1 (MQ=255) catatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg < 1:158736‑M1/1‑1 (MQ=255) catatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:2632900‑M1/30‑1 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:957506‑M1/40‑71 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:1885040‑M1/40‑71 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:2491069‑M1/1‑51 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:3182666‑M1/70‑23 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt > 1:3112686‑M1/36‑71 (MQ=255) gcgcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttga < 1:2845598‑M1/70‑24 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:1606782‑M1/71‑27 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:1256236‑M1/43‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:793597‑M1/29‑71 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:1276325‑M1/29‑71 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATcc > 1:1807537‑M1/28‑36 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:1770999‑M1/28‑64 (MQ=255) ttAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGTGGCGATCCCACCataagc < 1:1831959‑M1/45‑7 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc < 1:2872949‑M1/40‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc < 1:3652985‑M1/40‑1 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa > 1:3853245/1‑36 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:940997‑M1/1‑38 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcgg > 1:754607‑M1/26‑52 (MQ=255) aaGTTTCCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgcta < 1:1336871‑M1/47‑11 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGa < 1:3630776‑M1/45‑1 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:3125266‑M1/70‑35 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:1054154‑M1/70‑35 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttga < 1:710597‑M1/58‑24 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttga < 1:2522715‑M1/58‑24 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:2448839‑M1/36‑1 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:3287978‑M1/22‑55 (MQ=255) ttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatg > 1:2664174‑M1/1‑33 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:1747044‑M1/1‑32 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:1357930‑M1/20‑53 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:767282‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:3295538‑M1/70‑40 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCg > 1:884927‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttagcgcttatCGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:1056076‑M1/16‑47 (MQ=255) ggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgc > 1:3257187‑M1/1‑27 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:782797‑M1/30‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:1229833‑M1/34‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtct < 1:2854482‑M1/57‑1 (MQ=255) agttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:3436672‑M1/14‑71 (MQ=255) gttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:1015659‑M1/13‑44 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:1944199‑M1/34‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:2842986‑M1/34‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:2847594‑M1/34‑1 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:2850379‑M1/69‑48 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:841514‑M1/69‑48 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:2845712‑M1/69‑48 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACg < 1:2327223‑M1/62‑1 (MQ=255) gcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGc > 1:2959215‑M1/9‑71 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgc > 1:3355373‑M1/1‑19 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc < 1:3813199‑M1/40‑1 (MQ=255) ttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:1343511‑M1/5‑41 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcct > 1:1098327‑M1/1‑17 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcct > 1:1727625‑M1/1‑17 (MQ=255) tGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:48171‑M1/2‑59 (MQ=255) tGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtgt > 1:3139645‑M1/2‑70 (MQ=255) tGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTc > 1:93493‑M1/2‑71 (MQ=255) | ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTC > W3110S.gb/2018501‑2018640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |