| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 3 (0.080) | 15 (0.410) | 8/96 | NT | 84.2% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
CCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAG > W3110S.gb/2018502‑2018636 | tgagagtaattcatcggcacgttaaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:3407446‑M1/70‑71 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:2510162‑M1/70‑71 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:439690‑M1/70‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:2406673‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:1355768‑M1/69‑71 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:2175637/1‑71 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:1750210/1‑71 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:3498865/1‑71 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:1335404/1‑71 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:789135/1‑71 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGAATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:420508/1‑71 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatctggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCg > 1:3337319‑M1/67‑71 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc < 1:1193756‑M1/4‑1 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCg > 1:548203‑M1/67‑71 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCg > 1:3142858‑M1/67‑71 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCg > 1:2660471‑M1/67‑71 (MQ=255) gagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGa < 1:3460942‑M1/6‑1 (MQ=255) atgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGAt > 1:138973/1‑71 (MQ=255) tgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATc > 1:58386/1‑71 (MQ=255) aattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATcc < 1:649240‑M1/9‑1 (MQ=255) cTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCAC > 1:1971958‑M1/1‑71 (MQ=255) cTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCAC > 1:2763981‑M1/1‑71 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAcc < 1:100153‑M1/13‑1 (MQ=255) tgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgc > 1:3725442‑M1/1‑62 (MQ=255) tgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgc > 1:2180550‑M1/1‑62 (MQ=255) tgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgc > 1:205882‑M1/1‑62 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa < 1:3013025‑M1/71‑12 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa > 1:2300054‑M1/1‑60 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa > 1:869097‑M1/1‑60 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa < 1:1035242‑M1/71‑12 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa < 1:2172743‑M1/71‑12 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTCGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa < 1:2429754‑M1/71‑12 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGAt < 1:1689456‑M1/7‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGAt < 1:3631799‑M1/7‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGAt < 1:2569407‑M1/7‑1 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:2791038‑M1/71‑16 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:3697361‑M1/71‑16 (MQ=255) tcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:863889‑M1/43‑45 (MQ=255) tcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:1750583‑M1/43‑45 (MQ=255) tcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:2575836‑M1/43‑45 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt > 1:760480‑M1/1‑55 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:2111188‑M1/1‑55 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:2765564‑M1/35‑71 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:1645430‑M1/1‑42 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:180551‑M1/1‑42 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:1963852‑M1/1‑42 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:2316881‑M1/1‑42 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATACCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:502915‑M1/1‑42 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATcc < 1:1296656‑M1/9‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:2285843‑M1/43‑1 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:2429205‑M1/28‑70 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:1648260‑M1/28‑70 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:1647050‑M1/28‑70 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:2868520‑M1/1‑40 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:3489219‑M1/1‑40 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:3484956‑M1/1‑40 (MQ=255) ttAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:2365693‑M1/1‑39 (MQ=255) ttAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:3647399‑M1/1‑39 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:361022‑M1/27‑69 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa > 1:2034437/1‑36 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:1687228‑M1/1‑38 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:3269475‑M1/1‑37 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:534858‑M1/70‑35 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:319190‑M1/70‑35 (MQ=255) aGTTTGCATGACTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:2391419‑M1/70‑35 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:563299‑M1/68‑35 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:1688596‑M1/68‑35 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:2512485‑M1/68‑35 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:2657997‑M1/68‑35 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:2967463‑M1/68‑35 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:1617821‑M1/1‑32 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:985314‑M1/1‑32 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:3193182‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:1292977‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:2803817‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:3631612‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:712240‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:3101822‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:702378‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:1411152‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:2158906‑M1/70‑40 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:3710008‑M1/52‑1 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:438590‑M1/52‑1 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:439247‑M1/52‑1 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:2888376‑M1/52‑1 (MQ=255) cttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc > 1:2420299‑M1/18‑69 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGTCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:1853942‑M1/54‑27 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:3358267‑M1/67‑40 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:1397448‑M1/67‑40 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:1514461‑M1/1‑26 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:1518645‑M1/1‑26 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:322215‑M1/1‑26 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcg > 1:3034411‑M1/1‑26 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcg > 1:2058778‑M1/1‑26 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatatgaagaatgcga > 1:2867868‑M1/1‑26 (MQ=255) cgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGcc > 1:1872493‑M1/8‑71 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgc < 1:3360179‑M1/71‑53 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAg > 1:1488164‑M1/6‑71 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAg > 1:850090‑M1/6‑71 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAg > 1:3544310‑M1/6‑71 (MQ=255) | CCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAG > W3110S.gb/2018502‑2018636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |