New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 3 (0.080) | 15 (0.410) | 8/96 | NT | 84.2% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase |
CTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > W3110S.gb/2519658‑2519786 | cTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgc > 1:2255500/1‑71 (MQ=255) cTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgc > 1:3383214/1‑71 (MQ=255) cTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAgc > 1:3016478/1‑71 (MQ=255) cGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTa < 1:1704181/68‑1 (MQ=255) aaTCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg > 1:995552/1‑71 (MQ=255) aaTCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg > 1:1753422/1‑71 (MQ=255) aaTCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg > 1:3394139/1‑71 (MQ=255) gcagcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGtt > 1:620448/1‑71 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:653777/71‑1 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:369856/71‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:807562/1‑71 (MQ=255) cTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:1313289/1‑71 (MQ=255) cTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:760014/1‑71 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg > 1:1172/1‑58 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg > 1:156603/1‑58 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg > 1:2674138/1‑58 (MQ=255) tGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc < 1:3662508/71‑1 (MQ=255) gCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACg > 1:1309237/1‑71 (MQ=255) tAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACtt < 1:3250909/49‑1 (MQ=255) gACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:757422/60‑1 (MQ=255) gACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:658250/60‑1 (MQ=255) gACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:1837441/60‑1 (MQ=255) tacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:345689/55‑1 (MQ=255) tacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAtt > 1:880153/1‑71 (MQ=255) acataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg > 1:2684856/1‑43 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTaa > 1:1127507/1‑41 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:3077588/1‑55 (MQ=255) aaaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtg > 1:408096/1‑43 (MQ=255) aaaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGt > 1:403644/1‑71 (MQ=255) ggATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGCGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAt < 1:3095885/71‑1 (MQ=255) aTAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt < 1:2625655/54‑1 (MQ=40) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAt < 1:409844/68‑1 (MQ=37) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAt < 1:1762389/68‑1 (MQ=37) tAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAt < 1:2709922/68‑1 (MQ=37) aTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:57627/1‑36 (MQ=37) aTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:3332967/1‑36 (MQ=37) aTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAct > 1:2030247/1‑70 (MQ=33) | CTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > W3110S.gb/2519658‑2519786 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |