New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	minE	183922 =	64 (0.840)	43 (0.720) +TTATAACATTT	18/78	NT	43.5%	intergenic (+8/‑29)	rnhB/dnaE	ribonuclease HII, degrades RNA of DNA‑RNA hybrids/DNA polymerase III alpha subunit
	?	minE	974451 =	79 (1.040)					intergenic (+203/+789)	lsrB/ydeH	AI2 transporter/conserved hypothetical protein

AGACATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  minE/183956‑183922 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATTTTATTTTCTGG  >  minE/974451‑974466                                    |||||||||||                 ggtCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCT    >  1:3230962/4‑60   tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc   <  1:1107873/58‑2    CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT      >  1:841039/1‑55    CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        <  1:566791/53‑1     ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA          >  1:4600336/1‑50     ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATT             <  1:3854287/47‑1      taTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        <  1:2268233/49‑1      TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCT    <  1:1853624/55‑1      TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC     <  1:1153259/54‑1      TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA          <  1:3817326/49‑1       CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC     >  1:962985/1‑53       CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC     >  1:4208620/1‑53       CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        <  1:2229113/50‑1       CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        <  1:738275/50‑1       CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT         >  1:2310649/1‑49        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc   >  1:4493131/1‑53        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCT    >  1:414829/1‑53        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT      >  1:1559001/1‑51        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        <  1:2958266/49‑1        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT         >  1:2915221/1‑48        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTT            <  1:3891029/45‑1        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT                 <  1:485821/40‑1        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATT                   >  1:684316/1‑38        TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAAC                      >  1:4056506/1‑35        TTCAGATTCCGGTTTACCTAATCTCGACTTATAACAT                    <  1:4316087/37‑1         TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTcc  <  1:4675215/54‑3         TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTT            >  1:3967748/1‑44         TCAGATTCAGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATT             >  1:4482927/1‑43          CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        <  1:3875556/47‑1          CAGATTCCGGTTT‑CTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        >  1:3955096/1‑46           AGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc   <  1:3149283/51‑2           AGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT                 <  1:3772710/37‑1            GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT       >  1:1027900/1‑46            GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATT             >  1:3418295/1‑40             ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        <  1:438331/44‑1             ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATT             >  1:2893197/1‑39               TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT         >  1:1082273/1‑41               TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT         >  1:2722192/1‑41               TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT         >  1:2256314/1‑41               TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA               >  1:289311/1‑35                aCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCT    >  1:4468713/2‑45                CCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT        >  1:2660925/1‑41                 CGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCT    >  1:3485207/1‑44                 CGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT       <  1:3328213/41‑1                   GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc   <  1:4210348/43‑2                   GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC     >  1:4658500/1‑41                   GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC     >  1:4038345/1‑41                    TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTcc  <  1:3314663/43‑3                     TTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT       >  1:134927/1‑37                     TTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT         >  1:4435076/1‑35                      TACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc   <  1:1107112/40‑2                       ACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC     <  1:1063823/37‑1                         TTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC     <  1:4334917/35‑1                                    |||||||||||                 AGACATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  minE/183956‑183922 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATTTTATTTTCTGG  >  minE/974451‑974466

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.