| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | 183922 = | 64 (0.840) | 43 (0.720) +TTATAACATTT |
18/78 | NT | 43.5% | intergenic (+8/‑29) | rnhB/dnaE | ribonuclease HII, degrades RNA of DNA‑RNA hybrids/DNA polymerase III alpha subunit |
| ? | minE | 974451 = | 79 (1.040) | intergenic (+203/+789) | lsrB/ydeH | AI2 transporter/conserved hypothetical protein | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CACCACACCATAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATC > minE/974385‑974521 | caccacaccaTAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAatt < 1:3334386/71‑1 (MQ=255) cacaccaTAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAatttta < 1:2836493/71‑1 (MQ=255) caccaTAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAattttatt < 1:2419342/71‑1 (MQ=255) caTAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttc > 1:1299278/1‑71 (MQ=255) aTAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAattttat > 1:3422399/1‑66 (MQ=255) aTAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttct < 1:4637511/71‑1 (MQ=255) tAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctg > 1:2955012/1‑71 (MQ=255) tAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctg > 1:3104562/1‑71 (MQ=255) aaCGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggt > 1:1830638/1‑71 (MQ=255) cGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggttt > 1:3872422/1‑71 (MQ=255) ggAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTTCTGGGAATAATTTTAttttctggtttt < 1:3027671/71‑1 (MQ=255) aGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggttttc < 1:3414806/70‑1 (MQ=255) ggCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggttttct < 1:3143047/70‑1 (MQ=255) ggtcatcttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttct > 1:3230962‑M2/47‑60 (MQ=255) aaaTAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggttttc > 1:4162965/1‑66 (MQ=255) aaaTAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCAGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGcc < 1:270682/71‑1 (MQ=255) tcatcttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTattttctc < 1:1107873‑M2/15‑2 (MQ=255) aataatGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggttt < 1:4385306/63‑1 (MQ=255) aataatGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggtt < 1:4109518/62‑1 (MQ=255) atcttcagattccggtttacttaatctcgacttataacattttaatttta > 1:4600336‑M2/43‑50 (MQ=255) atcttcagattccggtttacttaatctcgacttataacattttaatt < 1:3854287‑M2/5‑1 (MQ=255) tcttcagattccggtttacttaatctcgacttataacattttaatttta < 1:3817326‑M2/8‑1 (MQ=255) tcttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttct < 1:1853624‑M2/14‑1 (MQ=255) tcttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttc < 1:1153259‑M2/13‑1 (MQ=255) tattcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttatt < 1:2268233‑M2/10‑1 (MQ=255) cttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttatt < 1:2229113‑M2/10‑1 (MQ=255) cttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttat > 1:2310649‑M2/41‑49 (MQ=255) cttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttc > 1:4208620‑M2/41‑53 (MQ=255) ttcagattccggtttacttaatctcgacttataacattttaattt < 1:3891029‑M2/6‑1 (MQ=255) ttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttt < 1:485821‑M2/1‑1 (MQ=255) ttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttatttt > 1:1559001‑M2/40‑51 (MQ=255) ttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttatt < 1:2958266‑M2/10‑1 (MQ=255) ttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttat > 1:2915221‑M2/40‑48 (MQ=255) ttcagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTattttctc > 1:4493131‑M2/40‑53 (MQ=255) tcagattcaggtttacttaatctcgacttataacattttaatt > 1:4482927‑M2/39‑43 (MQ=255) gCTGGGTAATATGATTGTTTTTATGGCCGTACTGGGATTAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGt < 1:3644141/68‑1 (MQ=255) cagattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttatt < 1:3875556‑M2/10‑1 (MQ=255) cTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTAttt < 1:1715986/71‑1 (MQ=255) cTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTAttt > 1:2103293/1‑71 (MQ=255) tGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTAttt > 1:1771380/1‑70 (MQ=255) cagattccggtttcttaatctcgacttataacatttTAattttatt > 1:3955096‑M2/37‑46 (MQ=255) agattccggtttacttaatctcgacttataacatttt < 1:3772710‑M2/1‑1 (MQ=255) gattccggtttacttaatctcgacttataacattttaatt > 1:3418295‑M2/36‑40 (MQ=255) gattccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttattt > 1:1027900‑M2/36‑46 (MQ=255) ggTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCCCGTATTTCa < 1:1903810/70‑1 (MQ=255) attccggtttacttaatctcgacttataacattttaatt > 1:2893197‑M2/35‑39 (MQ=255) tccggtttacttaatctcgacttataacattttaa > 1:289311‑M2/33‑35 (MQ=255) tccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttat > 1:2256314‑M2/33‑41 (MQ=255) tccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttat > 1:2722192‑M2/33‑41 (MQ=255) tccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttat > 1:1082273‑M2/33‑41 (MQ=255) ccggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttatt > 1:2660925‑M2/32‑41 (MQ=255) cggtttacttaatctcgacttataacatttTAattttattt < 1:3328213‑M2/11‑1 (MQ=255) cggtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttct > 1:3485207‑M2/31‑44 (MQ=255) tatGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCcaca < 1:1718594/71‑1 (MQ=255) gtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttc > 1:4038345‑M2/29‑41 (MQ=255) gtttacttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttc > 1:4658500‑M2/29‑41 (MQ=255) atGAATGTTTTTATGGCCGTAGTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGc < 1:419508/66‑1 (MQ=255) tGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGTAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACaaa > 1:2340453/1‑71 (MQ=255) tGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAattttatt < 1:928861/37‑1 (MQ=255) tGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAattttat > 1:3242228/1‑36 (MQ=255) tGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttct > 1:2681968/1‑41 (MQ=255) tGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCTCGTATTTCAGCCACaa < 1:2497098/70‑1 (MQ=255) ttacttaatctcgacttataacatttTAattttattt > 1:134927‑M2/27‑37 (MQ=255) ttacttaatctcgacttataacatttTAattttat > 1:4435076‑M2/27‑35 (MQ=255) gAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttc > 1:2541492/1‑39 (MQ=255) tacttaatctcgacttataacatttTAATTTTattttctc < 1:1107112‑M2/15‑2 (MQ=255) aaTGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTATGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATg < 1:756582/71‑1 (MQ=255) acttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttc < 1:1063823‑M2/13‑1 (MQ=255) aTGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggtttt > 1:3913160/1‑44 (MQ=255) aTGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggttt > 1:3567616/1‑43 (MQ=255) aTGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATgg < 1:3166552/71‑1 (MQ=255) aTGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATgg < 1:4675349/71‑1 (MQ=255) aTGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATgg > 1:886986/1‑71 (MQ=255) aTGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATgg > 1:1372915/1‑71 (MQ=255) tGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttc < 1:1373270/36‑1 (MQ=255) tGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCcaca < 1:2417958/65‑1 (MQ=255) ttaatctcgacttataacatttTAATTTTAttttc < 1:4334917‑M2/13‑1 (MQ=255) gTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGa > 1:1541051/1‑71 (MQ=255) tttttATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGa > 1:3806268/1‑70 (MQ=255) tttttATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGAt < 1:2798446/71‑1 (MQ=255) tttttATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGAt > 1:717793/1‑71 (MQ=255) ttttATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACaaa > 1:450543/1‑64 (MQ=255) tttATGGCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggttttctg > 1:2683906/1‑42 (MQ=255) tttATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATg < 1:4301046/70‑1 (MQ=255) aTGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGAc > 1:1502158/1‑69 (MQ=255) gCCGTACTGGGAATAATTTTAttttctggttttct > 1:1142757/1‑35 (MQ=255) gCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAAt > 1:2811114/1‑70 (MQ=255) gCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATg < 1:4094036/71‑1 (MQ=255) tACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAAc < 1:795646/70‑1 (MQ=255) cTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGa > 1:3680825/1‑59 (MQ=255) tGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGATCg < 1:4482360/68‑1 (MQ=255) tGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACg < 1:58623/68‑1 (MQ=255) tGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACg < 1:3796057/68‑1 (MQ=255) gggAATTATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTaa > 1:604990/1‑61 (MQ=255) gggAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACg > 1:2416538/1‑67 (MQ=255) ggAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGgaga > 1:1171603/1‑70 (MQ=255) ggAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGgag < 1:2919325/69‑1 (MQ=255) gAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATa < 1:4569365/71‑1 (MQ=255) aataatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATaa > 1:4038616/1‑71 (MQ=255) taatTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATc > 1:4027907/1‑71 (MQ=255) | CACCACACCATAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATC > minE/974385‑974521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |