| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 59 (1.210) | 508 (10.430) | 95/100 | NT | 90.0% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 54 (1.110) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 633 total aligned reads displayed.
ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/713886‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809398‑2809467 TCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:3590710/1‑70 ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTG > 1:1848912/1‑70 ACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGGGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGA < 1:4546949/69‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:1298206/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT > 1:4195535/1‑70 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATCGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT < 1:2046445/70‑1 TCATTCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTA < 1:812915/71‑1 TCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:4376779/70‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGATTTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGC > 1:1671526/1‑61 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:3224361/71‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:3249395/71‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:1324402/71‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:3793450/71‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGA < 1:2677283/64‑1 TGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:4337550/71‑1 CAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAG > 1:746498/1‑71 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:1947223/71‑1 TCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATTAGGT > 1:2221347/1‑70 TCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT > 1:1032391/1‑70 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:2853722/70‑1 TGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:2132410/62‑1 TGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:899672/61‑1 GCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATAC > 1:2982175/1‑70 CAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:51401/1‑58 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCC > 1:2350178/1‑70 ATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:1116013/71‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGGGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:2166285/1‑71 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA < 1:1760896/71‑1 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT > 1:3126885/1‑71 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA > 1:2263711/1‑57 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG > 1:4058305/1‑71 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT < 1:3306165/70‑1 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT < 1:4280889/70‑1 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGC > 1:3758014/1‑44 CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:468828/71‑1 CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG < 1:1353742/70‑1 GGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGC < 1:1875085/41‑1 GCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATA < 1:4002107/71‑1 GAATTGATTGAGAAGGTTTGCGTAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:782654/52‑1 AATTGATTGAGAAGCTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGT < 1:1485725/69‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:3705534/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTC < 1:1813884/70‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:1262874/50‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:1722342/1‑44 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATA > 1:3353849/1‑53 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT > 1:560207/1‑40 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAA < 1:3115702/38‑1 GATTGATAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT > 1:9303/1‑58 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG > 1:962694/1‑60 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATA > 1:4473360/1‑51 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA > 1:1523184/1‑44 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTT < 1:3687109/70‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGT > 1:1996955/1‑64 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG < 1:4100901/58‑1 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:3201498/53‑1 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT < 1:2574458/36‑1 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:1604845/1‑35 TGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACG > 1:1403860/1‑71 GAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGC > 1:3669335/1‑71 GAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:3048286/45‑1 GAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCC > 1:2312327/1‑70 GAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCC > 1:1174522/1‑70 AAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCA < 1:353840/71‑1 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATA > 1:3424531/1‑42 GTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:1204508/37‑1 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGA < 1:4424913/71‑1 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTG < 1:628432/70‑1 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:4568543/1‑46 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:1552622/1‑60 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA > 1:3152065/1‑37 TGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTG < 1:2512842/68‑1 TGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT > 1:2614590/1‑45 GCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAC < 1:2452834/70‑1 GCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAC > 1:34693/1‑70 CGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA < 1:3883242/70‑1 GGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAA > 1:2415874/1‑71 ACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGC < 1:2084828/71‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:3959630/50‑1 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTA > 1:1459841/1‑70 ATCGAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCC > 1:3937515/1‑55 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA < 1:3836243/70‑1 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTA < 1:3386063/69‑1 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:14286/1‑49 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:4220350/1‑49 CTAACTGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACG > 1:4149743/1‑50 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA > 1:1782820/1‑71 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA > 1:1073990/1‑71 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:2552861/1‑48 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACTCCCATTGAACAAATGCTAAAAT > 1:4088856/1‑71 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAAT > 1:2949981/1‑63 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTG < 1:2652971/56‑1 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCC < 1:694576/52‑1 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT > 1:2791278/1‑44 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT < 1:842788/70‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > 1:287886/1‑70 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA < 1:3626645/68‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAA < 1:2713037/67‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATT < 1:1001894/53‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:2919151/1‑45 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAG > 1:4128718/1‑37 ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/713886‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809398‑2809467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |