| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 59 (1.210) | 508 (10.430) | 95/100 | NT | 90.0% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 54 (1.110) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 699 total aligned reads displayed.
TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > W3110S.gb/2809329‑2809468 | atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg > 1:2484198‑M2/70‑71 (MQ=255)atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg > 1:464291‑M2/70‑71 (MQ=255) cgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGc > 1:1618890‑M2/68‑71 (MQ=255) gaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCt > 1:2971766‑M2/67‑71 (MQ=255) acatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGaaa > 1:3394859‑M2/63‑71 (MQ=255) catcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt < 1:3432786‑M2/10‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg < 1:1733281‑M2/2‑1 (MQ=255) catgcagtcgatgcaattcccggggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa > 1:3079846‑M2/58‑69 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa < 1:1856500‑M2/13‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:1324402‑M2/14‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:3793450‑M2/14‑1 (MQ=255) tgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:347767‑M2/15‑1 (MQ=255) tgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:744483‑M2/15‑1 (MQ=255) cagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa < 1:2625467‑M2/16‑1 (MQ=255) aTCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAg > 1:1525931/1‑70 (MQ=255) tCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGt > 1:534117/1‑71 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt > 1:698008‑M2/52‑70 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAg > 1:1772022‑M2/50‑66 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:2338274‑M2/21‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:4263412‑M2/50‑70 (MQ=255) tgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:3118522‑M2/48‑71 (MQ=255) caattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:3640014‑M2/46‑66 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGaaa > 1:3238130‑M2/45‑53 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAccc > 1:1292322‑M2/45‑70 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:1399981‑M2/27‑1 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:2219095‑M2/27‑1 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:1462128‑M2/27‑1 (MQ=255) attcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaa < 1:2996907‑M2/28‑1 (MQ=255) attcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaa < 1:2925828‑M2/28‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa < 1:4297978‑M2/29‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:2820470‑M2/27‑1 (MQ=255) tcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGc > 1:4061309‑M2/42‑45 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:895717/68‑1 (MQ=255) accggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGATGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:1025075‑M2/41‑71 (MQ=255) ccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTCAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:4408514‑M2/31‑1 (MQ=255) aCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:1350113/1‑68 (MQ=255) ggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGaa > 1:1976065‑M2/38‑45 (MQ=255) aaTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCATATGGAt < 1:586122/71‑1 (MQ=255) aTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:2421199/47‑1 (MQ=255) aCATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:1211023/61‑1 (MQ=255) aattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTc > 1:1840192‑M2/33‑71 (MQ=255) aattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTc > 1:3855050‑M2/33‑71 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:3274422‑M2/11‑1 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:288388‑M2/15‑1 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:1262874‑M2/19‑1 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg < 1:2245574‑M2/40‑1 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAccc > 1:4203787‑M2/31‑56 (MQ=255) tgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:3698485‑M2/7‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGTTCa < 1:3164583‑M2/21‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATgg > 1:962694‑M2/29‑60 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt < 1:3677323‑M2/34‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3963214‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3552003‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:2295947‑M2/29‑70 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3364548‑M2/42‑1 (MQ=255) aCTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4023263/70‑1 (MQ=255) aCTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:456413/70‑1 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2863373‑M2/42‑1 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATgg < 1:3607994‑M2/32‑1 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:4350353‑M2/27‑1 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:503541‑M2/48‑1 (MQ=255) gaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:650981‑M2/33‑1 (MQ=255) gaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGccc < 1:1917686‑M2/49‑1 (MQ=255) gaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc > 1:1174522‑M2/23‑70 (MQ=255) aggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAt > 1:4163717‑M2/21‑71 (MQ=255) gtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTg < 1:2554808‑M2/53‑1 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:1803566‑M2/17‑49 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATa > 1:321617‑M2/17‑51 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:1487454‑M2/17‑60 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGa > 1:2703848‑M2/17‑70 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:772270‑M2/41‑1 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:3883242‑M2/57‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:2749861/45‑1 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAg > 1:928647‑M2/11‑46 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATg > 1:2072486‑M2/11‑71 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATg < 1:3134258‑M2/61‑1 (MQ=255) ctatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:2664261‑M2/9‑52 (MQ=255) tatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4102704‑M2/42‑1 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg > 1:1118311‑M2/7‑46 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:1692404‑M2/7‑48 (MQ=255) atctaaAGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATTGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:4093642‑M2/7‑70 (MQ=255) atcgaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGccc > 1:3937515‑M2/7‑55 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:3316104‑M2/33‑1 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:3746101‑M2/33‑1 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGtt < 1:3773042‑M2/38‑1 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:14286‑M2/6‑49 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaa > 1:2159956‑M2/6‑70 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa < 1:4519379‑M2/64‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:2593536‑M2/31‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:2032060‑M2/5‑48 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:1562325‑M2/48‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaaa > 1:1073990‑M2/5‑71 (MQ=255) taaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaa < 1:4450179‑M2/65‑1 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:2395346‑M2/3‑44 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAtt < 1:1001894‑M2/52‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaa > 1:4131557‑M2/2‑59 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAttt < 1:812751‑M2/70‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:2125615‑M2/69‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:842788‑M2/69‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:2522460‑M2/69‑1 (MQ=255) | TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > W3110S.gb/2809329‑2809468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |