| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 59 (1.210) | 508 (10.430) | 95/100 | NT | 90.0% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 54 (1.110) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 722 total aligned reads displayed.
TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGTGAT > W3110S.gb/713884‑714024 | gAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggct < 1:3867539‑M1/71‑6 (MQ=255) gAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggct > 1:1457799‑M1/1‑66 (MQ=255) aaCACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctg < 1:4583356‑M1/71‑7 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctg > 1:1848912‑M1/1‑64 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:3428612‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAAATCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:2514098/1‑60 (MQ=255) tcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatta < 1:2724519‑M1/71‑13 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:1324402‑M1/71‑15 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:2677283‑M1/64‑8 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:1177611‑M1/64‑8 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca > 1:1709952/1‑70 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:964445‑M1/71‑16 (MQ=255) gCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:4061549‑M1/1‑55 (MQ=255) aGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgagg < 1:1814127‑M1/71‑19 (MQ=255) gTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:3910134‑M1/71‑20 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGc < 1:3206874/59‑1 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcat < 1:2951990‑M1/71‑23 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcat < 1:668443‑M1/71‑23 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca < 1:2853722‑M1/70‑22 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:4097000‑M1/1‑49 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca < 1:482083‑M1/70‑22 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:2132410‑M1/62‑16 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGc < 1:1892342/71‑1 (MQ=255) cAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:2880837/1‑45 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccc > 1:1292322‑M1/1‑44 (MQ=255) aTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaa < 1:2385092‑M1/71‑29 (MQ=255) aTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca > 1:766532‑M1/1‑43 (MQ=255) aTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggct < 1:3389901‑M1/48‑6 (MQ=255) tCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaat > 1:2983998‑M1/1‑41 (MQ=255) tCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaa > 1:3987841‑M1/1‑41 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:3119703‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag > 1:1078265‑M1/1‑40 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:1353742‑M1/70‑32 (MQ=255) ggcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:4288984‑M1/1‑37 (MQ=255) cggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatag > 1:592936‑M1/1‑35 (MQ=255) gAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:4399300‑M1/52‑20 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg > 1:176025‑M1/1‑31 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:3136883‑M1/1‑31 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:3259617‑M1/45‑15 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGt < 1:4134825/36‑1 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCaa > 1:3098735/1‑57 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccc > 1:4203787‑M1/1‑30 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaa > 1:369548‑M1/1‑30 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaag < 1:2233477/46‑1 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAAt < 1:4480803/57‑1 (MQ=255) gattgaTAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaat > 1:9303‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:2574481‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:3364548‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggat < 1:3677323‑M1/62‑35 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcata > 1:3477280‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa > 1:521133‑M1/1‑28 (MQ=255) attgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagt > 1:1996955‑M1/1‑27 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgg < 1:3607994‑M1/58‑33 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:3946714‑M1/37‑12 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaa > 1:1604845‑M1/1‑26 (MQ=255) tgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaagga > 1:1036179/1‑43 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgc > 1:2462763‑M1/1‑24 (MQ=255) agaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc < 1:810774‑M1/71‑49 (MQ=255) agaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga < 1:139025‑M1/56‑34 (MQ=255) agaAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAg < 1:1671597/70‑1 (MQ=255) gaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:3162096‑M1/1‑22 (MQ=255) aaGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAAt < 1:4262838/48‑1 (MQ=255) aGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccat > 1:4163717‑M1/1‑20 (MQ=255) aGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGcc > 1:1258129/1‑70 (MQ=255) gTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:2275556‑M1/37‑20 (MQ=255) tttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattg > 1:1427831‑M1/1‑17 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:1552622‑M1/1‑16 (MQ=255) tGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc > 1:219317‑M1/1‑15 (MQ=255) tGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaat > 1:2614590‑M1/1‑15 (MQ=255) gCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaac < 1:3549851‑M1/70‑57 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaa < 1:4548330‑M1/71‑59 (MQ=255) cGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCa < 1:232472/64‑1 (MQ=255) ggAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaa > 1:2415874‑M1/1‑12 (MQ=255) gAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCaa > 1:3043708/1‑37 (MQ=255) aaCTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttc < 1:1951243‑M1/49‑40 (MQ=255) aaCTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGcaca > 1:4035666/1‑70 (MQ=255) aCTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:3230335‑M1/1‑9 (MQ=255) aCTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCacaa > 1:889610/1‑70 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgcta > 1:380722‑M1/1‑6 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg > 1:1118311‑M1/1‑6 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggata > 1:4339870‑M1/1‑6 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaa > 1:2080760‑M1/1‑5 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaa < 1:4449446‑M1/70‑66 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc < 1:728873‑M1/53‑49 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc < 1:2042499‑M1/53‑49 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagtt < 1:3773042‑M1/43‑39 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga < 1:3746101‑M1/38‑34 (MQ=255) cTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaa > 1:2647917‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaa > 1:1782820‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaa > 1:3650163‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaa > 1:3309254‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:2552861‑M1/1‑4 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaat > 1:1212152‑M1/1‑3 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgccca < 1:1521478‑M1/53‑51 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg < 1:4104354‑M1/43‑41 (MQ=255) aacggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:2791278‑M1/1‑2 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaattt < 1:1483128‑M1/71‑71 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaatt < 1:842788‑M1/70‑70 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccatt < 1:1001894‑M1/53‑53 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:2919151‑M1/1‑1 (MQ=255) | TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGTGAT > W3110S.gb/713884‑714024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |