| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 1241642 | 52 (0.640) | 6 (0.100) | 3/76 | NT | 12.1% | intergenic (+116/+270) | dadX/cvrA | alanine racemase 2, PLP‑binding/predicted cation/proton antiporter |
| ? | AP009048 | = 1241649 | 47 (0.740) | intergenic (+123/+263) | dadX/cvrA | alanine racemase 2, PLP‑binding/predicted cation/proton antiporter | |||||
GGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/1241562‑1241642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagtgtccatCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCGGAT < AP009048/1241649‑1241580 GGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA < 1:7166740/71‑1 GTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA < 1:794436/70‑1 TGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA < 1:6915479/71‑1 GCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAG > 1:2331091/1‑71 AAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGTGCCATTGCCCATGATAGTGTC > 1:4139111/1‑71 AAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTC > 1:6409635/1‑71 AAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTC > 1:5522573/1‑71 AAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTC > 1:6218636/1‑71 AAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGT > 1:407817/1‑68 AAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGAT < 1:925545/65‑1 AAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCC < 1:4413086/71‑1 AAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTC > 1:6392266/1‑70 CCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA < 1:3313043/55‑1 ATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA > 1:4291370/1‑55 TCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA < 1:6298254/52‑1 TCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA < 1:773853/52‑1 CCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA < 1:2742760/53‑1 CGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA > 1:6177348/1‑52 GCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA < 1:1713176/48‑1 GCTGGTCAGAAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA < 1:667327/48‑1 TCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA < 1:4788993/43‑1 CAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCA < 1:4159204/51‑1 aaCAACTACAGTTGCTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATCCTT > 1:5040427/3‑55 AGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTATCA < 1:826000/71‑1 AGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTA < 1:6292582/68‑1 AGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTA < 1:3526924/68‑1 AGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATCCTTTAAATGGACACTATCA < 1:5729432/71‑1 AGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA > 1:6380278/1‑43 CAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA > 1:1736794/1‑41 CAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA > 1:2387627/1‑41 CAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA > 1:5655521/1‑41 CAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATA > 1:4010318/1‑41 AGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCC > 1:370579/1‑40 AGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCC > 1:6025279/1‑40 TTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCC < 1:4566689/38‑1 AATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATCCTTTTAATGG < 1:6894610/46‑1 AATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATCCTTTTAATGG < 1:3094059/46‑1 CCATGATAGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTATCA < 1:3063901/36‑1 TAGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTC > 1:1824225/1‑43 AGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGTGCAATGGCTCTGTCACATTAACAA > 1:3996742/1‑56 AGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAA > 1:2630658/1‑56 AGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAA > 1:4748424/1‑56 AGTGTCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTA < 1:3490702/52‑1 GTGTCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGAC > 1:6407660/1‑69 GTCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACA < 1:4829740/52‑1 TCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCC > 1:242121/1‑71 TCCATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCC > 1:6453889/1‑71 CATCCTTTTAATGTACACTATCATGGGCAATGGCTCTGT < 1:5697582/39‑1 CATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCGG < 1:4353398/71‑1 CATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCG < 1:1975897/70‑1 CATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCG > 1:4408366/1‑70 CATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGT < 1:2686775/39‑1 CATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGT < 1:7314128/39‑1 CATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGT < 1:81350/39‑1 ATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCG < 1:1505741/69‑1 ATCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCG < 1:3072075/69‑1 TCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCGGAT < 1:7897340/71‑1 TCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCGGAT > 1:7519695/1‑71 GGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/1241562‑1241642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagtgtccatCCTTTTAATGGACACTATCATGGGCAATGGCTCTGTCACATTAACAACTACAGTTGCTGACCAGCCGGAT < AP009048/1241649‑1241580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |