| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 1241642 | 52 (0.640) | 6 (0.100) | 3/76 | NT | 12.1% | intergenic (+116/+270) | dadX/cvrA | alanine racemase 2, PLP‑binding/predicted cation/proton antiporter |
| ? | AP009048 | = 1241649 | 47 (0.740) | intergenic (+123/+263) | dadX/cvrA | alanine racemase 2, PLP‑binding/predicted cation/proton antiporter | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGC > AP009048/1241576‑1241712 | ccgtccGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAg > 1:3394757/4‑71 (MQ=255) ccatccGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAg > 1:6245908/1‑71 (MQ=255) ccatccGGATGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAg > 1:3200527/1‑71 (MQ=255) catccGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAgg < 1:5814587/71‑1 (MQ=255) aTCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGa > 1:7519695‑M2/1‑70 (MQ=255) aTCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGa < 1:7897340‑M2/71‑2 (MQ=255) cGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatg > 1:4408366‑M2/1‑67 (MQ=255) cGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatg < 1:1975897‑M2/70‑4 (MQ=255) cGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGat < 1:3072075‑M2/69‑3 (MQ=255) cGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGat < 1:1505741‑M2/69‑3 (MQ=255) ggCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatgga > 1:242121‑M2/1‑66 (MQ=255) ggCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatgga > 1:6453889‑M2/1‑66 (MQ=255) gTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatggacac > 1:6407660‑M2/1‑61 (MQ=255) tCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAg < 1:3567839/59‑1 (MQ=255) aacaaCTACAGTTGCTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATcctt > 1:5040427‑M1/3‑51 (MQ=255) aGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATccttttaatggacactatca < 1:826000‑M1/71‑21 (MQ=255) aGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATccttttaatggacacta < 1:3526924‑M1/68‑18 (MQ=255) aGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATccttttaatggacacta < 1:6292582‑M1/68‑18 (MQ=255) aGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATcctttaaatggacactatca < 1:5729432‑M1/71‑21 (MQ=255) aGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTAttt < 1:2889674/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTAttt < 1:1120165/71‑1 (MQ=255) aaCTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTcc < 1:1877631/70‑1 (MQ=255) gTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTa < 1:4538346/46‑1 (MQ=255) tAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGaa > 1:5601085/1‑71 (MQ=255) tAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGa < 1:3002144/70‑1 (MQ=255) aGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAAc > 1:1163938/1‑71 (MQ=255) gttgttAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAAcc > 1:6131566/1‑71 (MQ=255) ttgttAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAg < 1:2358527/46‑1 (MQ=255) ttgttAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatggacact > 1:4748424‑M2/1‑47 (MQ=255) ttgttAATGTGACAGAGCCATTGCACATGATAGTGTCCATTAAAAGGatggacact > 1:3996742‑M2/1‑47 (MQ=255) ttgttAATGTGACAGAGCCATTGCACATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCt > 1:7895061/1‑71 (MQ=255) tgttAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatggac < 1:4829740‑M2/52‑7 (MQ=255) gttAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTg < 1:7450819/70‑1 (MQ=255) gttAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTg < 1:2448228/70‑1 (MQ=255) tAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatggacact < 1:3490702‑M2/52‑10 (MQ=255) tAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAAc > 1:3259017/1‑71 (MQ=255) aaTGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATccttttaatgg < 1:3094059‑M1/46‑12 (MQ=255) aaTGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATccttttaatgg < 1:6894610‑M1/46‑12 (MQ=255) aaTGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAAc > 1:1540917/1‑70 (MQ=255) tgtgACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAg < 1:7670755/39‑1 (MQ=255) tgtgACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTc < 1:3713894/70‑1 (MQ=255) gtgACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCAc > 1:5560550/1‑71 (MQ=255) gtgACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCAc > 1:1331213/1‑71 (MQ=255) aCAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatg < 1:81350‑M2/39‑4 (MQ=255) aCAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatg < 1:7314128‑M2/39‑4 (MQ=255) aCAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatg < 1:2686775‑M2/39‑4 (MQ=255) aCAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTACATTAAAAGGatg < 1:5697582‑M2/39‑4 (MQ=255) cAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGca < 1:4505735/71‑1 (MQ=255) cAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGca < 1:7258754/71‑1 (MQ=255) gagCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGatggacacta > 1:1824225‑M2/1‑33 (MQ=255) agCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTg > 1:1503942/1‑57 (MQ=255) gCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCTCACAgg < 1:13660/71‑1 (MQ=255) aTTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGt < 1:6084910/71‑1 (MQ=255) aTTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGt < 1:4669738/71‑1 (MQ=255) gCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTcccc > 1:4494169/1‑42 (MQ=255) gCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTcccc > 1:7002815/1‑42 (MQ=255) gCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGaa > 1:7399764/1‑52 (MQ=255) cccATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCt < 1:442032/70‑1 (MQ=255) cccATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTa > 1:5793648/1‑71 (MQ=255) ccATGATAGTGTCCATccttttaatggacactatca < 1:3063901‑M1/36‑21 (MQ=255) ccATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTa < 1:6373061/70‑1 (MQ=255) cATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACa > 1:7293977/1‑71 (MQ=255) tGATAGTGTCCATTAAAAGGatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgct < 1:826000‑M2/71‑52 (MQ=255) tGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGt < 1:26131/63‑1 (MQ=255) gATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATa > 1:4019664/1‑70 (MQ=255) gATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGCCGTTCTACATa > 1:1011849/1‑70 (MQ=255) aTAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATaa < 1:7227177/70‑1 (MQ=255) aTAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATaa < 1:6939461/70‑1 (MQ=255) aTAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCAGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATaa < 1:1576440/70‑1 (MQ=255) tAGTGTCCATccttttaatggacactatcatgggcaatggctc > 1:1824225‑M1/1‑10 (MQ=255) tAGTGTCCATTAAAAGGatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgct < 1:3526924‑M2/68‑52 (MQ=255) tAGTGTCCATTAAAAGGatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgct < 1:6292582‑M2/68‑52 (MQ=255) aGTGTCCATccttttaatggacactatcatgtgcaatggctctgtcacattaacaa > 1:3996742‑M1/1‑9 (MQ=255) aGTGTCCATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaa > 1:2630658‑M1/1‑9 (MQ=255) aGTGTCCATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaa > 1:4748424‑M1/1‑9 (MQ=255) aGTGTCCATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacatta < 1:3490702‑M1/52‑44 (MQ=255) gtgtCCATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgctgac > 1:6407660‑M1/1‑8 (MQ=255) gtgtCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAac < 1:1812703/70‑1 (MQ=255) gtgtCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAac < 1:4338653/70‑1 (MQ=255) tgtCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAacgc < 1:1329917/71‑1 (MQ=255) gtCCATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaaca < 1:4829740‑M1/52‑47 (MQ=255) tCCATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgctgaccagcc > 1:242121‑M1/1‑5 (MQ=255) ccATTAAAAGGatggacactatcatgggcaatggctctgtcacatt < 1:3094059‑M2/46‑36 (MQ=255) ccATTAAAAGGatggacactatcatgggcaatggctctgtcacatt < 1:6894610‑M2/46‑36 (MQ=255) cATccttttaatgtacactatcatgggcaatggctctgt < 1:5697582‑M1/39‑37 (MQ=255) cATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgctgaccagccgg < 1:4353398‑M1/71‑69 (MQ=255) cATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgctgaccagccg < 1:1975897‑M1/70‑68 (MQ=255) cATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgctgaccagccg > 1:4408366‑M1/1‑3 (MQ=255) cATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgt < 1:7314128‑M1/39‑37 (MQ=255) cATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgt < 1:2686775‑M1/39‑37 (MQ=255) cATccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgt < 1:81350‑M1/39‑37 (MQ=255) cATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTc < 1:1232342/55‑1 (MQ=255) aTccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgctgaccagccg < 1:1505741‑M1/69‑68 (MQ=255) aTccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgctgaccagccg < 1:3072075‑M1/69‑68 (MQ=255) ttAAAATGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAacgcttacgc < 1:6759731/71‑1 (MQ=255) ttAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCa > 1:5898539/1‑39 (MQ=255) ttAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCa > 1:622800/1‑39 (MQ=255) ttAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCa > 1:2642556/1‑39 (MQ=255) ttAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCa > 1:782376/1‑39 (MQ=255) tccttttaatggacactatcatgggcaatggctctgtcacattaacaactacagttgctgaccagccggat > 1:7519695‑M1/1‑1 (MQ=255) | ATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGGAACCTGAACTCACCGCACAGGCGTTCTACATAAAACGCTTACGC > AP009048/1241576‑1241712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |