| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 1379352 | 78 (0.960) | 11 (0.160) | 5/84 | NT | 13.9% | coding (807/1056 nt) | ycjS | predicted oxidoreductase, NADH‑binding |
| ? | AP009048 | = 1379361 | 69 (0.990) | coding (816/1056 nt) | ycjS | predicted oxidoreductase, NADH‑binding | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGGCTGGAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGCTGATGC > AP009048/1379293‑1379431 | tgGCTGGAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATa > 1:3480340‑M2/1‑69 (MQ=255)tgGCTGGAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATa > 1:7687953‑M2/1‑69 (MQ=255) gCTGGAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATaaag > 1:6006833‑M2/1‑67 (MQ=255) gAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATaaagctg > 1:6489516‑M2/1‑63 (MQ=255) gAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATaaagctg < 1:6695413‑M2/70‑8 (MQ=255) gAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATaaagct > 1:2491104‑M2/1‑63 (MQ=255) gAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTgg > 1:4710982/1‑71 (MQ=255) gAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTgg < 1:7317185/71‑1 (MQ=255) aaCGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATa < 1:243710‑M2/62‑2 (MQ=255) aaCGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTg > 1:652457/1‑71 (MQ=255) cGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCg < 1:4206909/71‑1 (MQ=255) aTTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGAt > 1:2115123/1‑55 (MQ=255) aTTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGc > 1:6356286/1‑71 (MQ=255) aTTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGc > 1:4518874/1‑71 (MQ=255) ttGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTg > 1:7082039/1‑71 (MQ=255) ttGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTg > 1:5740259/1‑71 (MQ=255) ttGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTg > 1:3389831/1‑71 (MQ=255) cACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGttt < 1:254753/71‑1 (MQ=255) aCTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGc < 1:7484640/60‑1 (MQ=255) aCTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTc < 1:7020877/71‑1 (MQ=255) aCTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTc < 1:7625797/71‑1 (MQ=255) tCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATaa > 1:617936‑M2/1‑47 (MQ=255) tCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTc < 1:303068/69‑1 (MQ=255) tCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTc > 1:830177/1‑69 (MQ=255) cAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAg > 1:4207471/1‑71 (MQ=255) cAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAg > 1:5212084/1‑71 (MQ=255) cAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAg > 1:2798786/1‑71 (MQ=255) aaCATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGAt > 1:7735637/1‑45 (MQ=255) aaCATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGAt > 1:7816834/1‑45 (MQ=255) aTCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATaaa > 1:1149318‑M2/1‑42 (MQ=255) tCCGCGAACAGTCGGTTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGAt < 1:4510750/41‑1 (MQ=255) tCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGAt < 1:849967/41‑1 (MQ=255) tCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACat < 1:2816694/71‑1 (MQ=255) tCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACat < 1:3929804/71‑1 (MQ=255) gcgAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATaaagctg > 1:2354050‑M2/1‑38 (MQ=255) gcgAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATaaagctg > 1:4135884‑M2/1‑38 (MQ=255) cgAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCt < 1:2018327/71‑1 (MQ=255) cgAACAGGCGATTATGACCGTCAGCTTTTGTGGTGATaaagctg > 1:4728234‑M2/1‑37 (MQ=255) gAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCt > 1:7684512/1‑70 (MQ=255) gAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTa > 1:433520/1‑71 (MQ=255) aCAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTtca > 1:2979741/1‑71 (MQ=255) gTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGt < 1:7850216/40‑1 (MQ=255) gTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGt < 1:162645/40‑1 (MQ=255) gTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCg < 1:2399667/71‑1 (MQ=255) tCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCt < 1:2155251/47‑1 (MQ=255) tCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTcc > 1:1240039/1‑53 (MQ=255) tCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCa > 1:6264071/1‑54 (MQ=255) gATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAg > 1:7626354/1‑53 (MQ=255) aTTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCt > 1:4900085/1‑44 (MQ=255) aTTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCt > 1:3387858/1‑44 (MQ=255) aTTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCt > 1:6574773/1‑44 (MQ=255) ttATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTaca > 1:5328093/1‑63 (MQ=255) ttATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTaca > 1:3109321/1‑63 (MQ=255) ttATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATaac < 1:22248/71‑1 (MQ=255) aTGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTTCAGCACATATCTacac > 1:148854/1‑62 (MQ=255) aTGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTacac > 1:1901568/1‑62 (MQ=255) tGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGcac < 1:2336732/51‑1 (MQ=255) tGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCg < 1:2706775/63‑1 (MQ=255) gAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTcc < 1:3027502/45‑1 (MQ=255) gAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTac < 1:7230228/58‑1 (MQ=255) gAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTac < 1:7800680/58‑1 (MQ=255) gAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTac < 1:7929937/58‑1 (MQ=255) aCGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGcac < 1:5768463/48‑1 (MQ=255) aCGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACgg > 1:3394702/1‑70 (MQ=255) aCGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGt < 1:5484237/71‑1 (MQ=255) cGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACAcc > 1:7003246/1‑58 (MQ=255) cGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGt > 1:6895728/1‑70 (MQ=255) cGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTg < 1:4757669/71‑1 (MQ=255) gTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTc < 1:5590323/40‑1 (MQ=255) gTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGt > 1:3776815/1‑69 (MQ=255) gTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTg > 1:6982348/1‑70 (MQ=255) tCAGCTTTTGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgttgagtgcaaatgacgtttc > 1:3477278‑M2/1‑17 (MQ=255) cAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAg > 1:1773962/1‑41 (MQ=255) gCTTTTGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgttga < 1:744907‑M2/52‑39 (MQ=255) gCTTTTGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgtt > 1:920926‑M2/1‑14 (MQ=255) gCTTTTGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgtt > 1:1322345‑M2/1‑14 (MQ=255) gCTTTTGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgtt > 1:3780665‑M2/1‑14 (MQ=255) gCTTTTGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgtt > 1:447784‑M2/1‑14 (MQ=255) gCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTa < 1:4869161/71‑1 (MQ=255) cTTTTGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgttgagtgca > 1:549455‑M2/1‑13 (MQ=255) cTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTaa < 1:2426567/71‑1 (MQ=255) ttttGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTaca < 1:1153518/49‑1 (MQ=255) tttGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgttgagtgcaaa < 1:6100517‑M2/56‑46 (MQ=255) tttGTGGTGATaaagctgacgttcataatcgactgttcgcggatgttgagtgcaaa < 1:2502172‑M2/56‑46 (MQ=255) ttGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTa > 1:1771093/1‑45 (MQ=255) ttGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGa > 1:1849821/1‑71 (MQ=255) ttGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGa > 1:2268440/1‑71 (MQ=255) gtggtgATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGAc < 1:6148306/70‑1 (MQ=255) ggtgATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGCt > 1:5233326/1‑71 (MQ=255) gtgATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGCt < 1:4520234/70‑1 (MQ=255) gtgATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGCt > 1:1063937/1‑70 (MQ=255) gATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATaa > 1:6607258/1‑47 (MQ=255) gATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATaa > 1:3734631/1‑47 (MQ=255) gATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGc > 1:3739516/1‑67 (MQ=255) gATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGc > 1:146038/1‑67 (MQ=255) gATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGc > 1:1986465/1‑67 (MQ=255) aTAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGAt < 1:1455436/44‑1 (MQ=255) aTAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGAt < 1:2114112/44‑1 (MQ=255) tAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGCTGATg > 1:6356924/1‑70 (MQ=255) tAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGCTGATGc < 1:7683748/71‑1 (MQ=255) | TGGCTGGAAACGTCATTTGCACTCAACATCCGCGAACAGTCGATTATGAACGTCAGCTTTTGTGGTGATAAAGCTGGTGCGACGCTGTTTCCAGCACATATCTACACCGATAACAACGGTGAATTAATGACGCTGATGC > AP009048/1379293‑1379431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |